Лекция_5_БИ_М_2014

Часть 1

•Введение.

•Скорости замен и время дивергенции.

–Гипотеза молекулярных часов.

–Теория нейтральной эволюции.

•Филогенетические деревья.

•Построение и анализ Филогенетических деревьев.

–выбор последовательностей

–множественное выравнивание,

–выбор и применение модели замен

–построение дерева

–Анализ дерева

Филогенетические деревья: анализ

Bootstrapping - широко используемый подход оценки качества (надёжности, устойчивости) топологии дерева

Насколько будет устойчив полученный порядок ветвления, в версиях оригинального набора данных со случайно переставленными столбцами?

•Для такого анализа случайным образом многократно формируется искуственная выборка, содержащая колонки множественного выравнивания и имеющая его размер.

•Производят 100 (до 1000) выборок.

•Оценивают процент случаев сохранения каждой клады.

•Это называетс «бутстрэп поддержка»

•>70% считается достоверным.

Филогенетические деревья: анализ

Bootstrap

Филогенетические деревья: анализ

MEGA. maximum parsimony + bootstrap

Bootstrapping - широко используемый подход оценки качества (надёжности, устойчивости) топологии дерева