III. '''Приезд Константинопольского патриарха'''
Теперь решающее слово было за Константинополем. Но в Стамбуле в это время происходили весьма драматические события. Незадолго до приезда Иоакима в Россию там был низложен патриарх Иеремия II Транос, на место которого турки поставили Пахомия. Последний, в свою очередь, также вскоре был изгнан и заменен Феолиптом, сумевшим заплатить турецким властям немалую сумму за патриаршую кафедру. Но и Феолипт недолго пробыл на патриаршестве. Он также был смещен, после чего из ссылки в Стамбул возвратили Иеремию.
Но Иеремия вернулся из ссылки буквально на пепелище: храмы были разграблены, денежные средства разворованы, патриаршая резиденция отобрана турками за долги. Патриарший собор за долги Феолипта также был отобран мусульманами и обращен в мечеть. Нужно было устраивать новую патриархию: кафедральный храм, резиденцию. Но денег на все это у Иеремии не было. Однако опыт Иоакима Антиохийского показал: можно обратиться в богатую Москву, которая столь уважает Восточных Патриархов, что в деньгах не откажет.
Иеремия выехал в Москву. Этой поездке суждено было стать судьбоносной для Русской Церкви. Иеремия в 1588 году так же, как и Иоаким, сначала отправился в Западную Русь, откуда поехал далее, в Московию. В Речи Посполитой патриарху Константинопольскому также довелось стать свидетелем крайнего ухудшения положения православных. Тем большим был контраст, когда Иеремия прибыл в блистательную столицу православного царства.
Патриарха Иеремию приняли пышно, с максимальными почестями. Ввиду стремительных перемен на Константинопольской кафедре все переговоры о Московском патриархате Годунову пришлось начинать сначала. Но изменения произошли не только в Стамбуле, но и в Москве. К этому времени конфликт между Годуновым и митрополитом Дионисием закончился в 1587 году низложением последнего (Дионисий ввязался в боярский заговор и вместе с другими противниками Годунова выступил перед царем Феодором с безнравственным предложением развестись с Ириной Годуновой по причине ее бесплодия). На место Дионисия был возведен Ростовский архиепископ Иов, которому и суждено было стать впоследствии первым русским Патриархом .
Иова историки нередко представляют как послушного исполнителя воли Бориса Годунова и чуть ли не соучастника его интриг. Едва ли это справедливо. Иов, несомненно, был человеком святой жизни. То, что Церковь причислила его к лику святых в 1989 году, когда праздновалось 400-летие Московского патриаршества, – это, конечно, не случайность, связанная с юбилеем. Канонизация Иова готовилась еще в середине XVII века, при первых Романовых, не любивших Годунова, при котором их род сильно пострадал. Но в середине XVII века прославление не успели подготовить, а при Петре I, упразднившем патриаршество, канонизировать первого русского Патриарха уже было невозможно по политическим мотивам.
Факты подтверждают, что святитель Иов вовсе не был послушным слугой Годунова, а при случае мог и резко возразить Борису. Это подтверждает знаменитый эпизод, связанный с попыткой Годунова открыть в Москве некое подобие университета на западноевропейский манер. Иов решительно воспротивился этому: пример вовлечения тысяч православных недорослей в католичество через иезуитские школы Речи Посполитой был слишком свеж и нагляден. Годунов тогда был вынужден отступить.
Иов был настолько яркой личностью, что еще в молодости был замечен Иоанном Грозным. Будущий Патриарх пользовался огромным авторитетом и у Феодора Иоанновича. Иов отличался огромным умом и великолепной памятью, был весьма начитан. Причем все это сочеталось с глубоко духовным устроением души святителя. Но даже если предположить, что, проводя Иова в митрополиты, а затем и в Патриархи, Годунов действовал по политическим соображениям, это отнюдь не бросает тени на св. Иова. Ведь Борис выступал за утверждение патриаршества в Москве, усиление престижа Русской Церкви и Русского государства. Поэтому неудивительно, что в предстоятели Русской Церкви, которой скоро суждено было стать патриархатом, был выдвинут Борисом именно Иов как человек самых выдающихся качеств. Какие бы политические цели Годунов ни преследовал, дело утверждения патриаршества на Руси, совершаемое через него, было в конечном счете проявлением Промысла Божия, а не плодом чьего-либо расчета. Борис Годунов стал, по сути, орудием этого Промысла.