Est секвенування: плюси і мінуси

Переваги

Відносно недорого

Впевненість, що послідовність походить від транскрипції генів

Інформація про тканини на стадії розвитку

Недоліки

Немає регуляторної інформації

Зазвичай менше 60% генів, знайдених в колекції EST

Розташування послідовності в геномі невідомі

Перевага EST секвенування геномної послідовності є те, що EST секвенування є відносно недорогим способом знайти багато генів, яких експресія не відома. Крім того, оскільки бібліотеки кДНК складаються з певної тканини на певній стадії розвитку, типи генів і кількість кожного гена послідовно дає вказівку відносного достатності цих послідовностей на цьому етапі розвитку тканини. Недоліком EST секвенування в порівнянні з геномним секвенуванням є те, що немає інформації про висхідні чи спадні регуляторні послідовності з EST секвенування. Крім того, обширне секвенування з безлічі різних тканин, а найбільша EST колекції містять менше 60% генів у геномі. Крім того, EST секвенування не дає ніякої інформації про місцезнаходження послідовності на хромосомі.

Послідовність анотацій (Sequence annotation)

Анотація виконується коли послідовність завершена

Комп'ютерні програми використовуються для пошуку наступного:

Генів

Екзонів і інтронив

Регуляторних послідовностей

Повторювальні елементів

Після того як геном повністю секвеновано, це може бути анотовано. Ця операція виконується спочатку за допомогою комп'ютерних програм, які призначені для пошуку генів, використовуючи свої екзони і інтрони, регуляторні послідовності, такі як TATA бокси і polyAсайти , і повторювані елементи. Як тільки гени ідентифіковані, інші програми для пошуку гомологів у інших видів. У розділі, присвяченому біоінформатиці описується, як ці програми працюють .

Висновки1

Проект Геному Людини

Цілі

Автоматизовані секвенатори

Стратегії секвенування

Секвенування на основі картування

Секвенування всього геному методом дробовика

Гібридний метод

Таким чином в цій главі, ми обговорили цілі проекту Генома Людини і досягнення. Ми розглянули важливість автоматизованих інструментів секвенування для великомасштабного секвенування. Ми також описали різні стратегії для проведення геномного секвенування, в тому числі картографічних, дробовика, і гібридні підходи.

Висновки2

Кроки у великомасштабному секвенуванні

Велико-вставочні бібліотеки

Процес секвенування

Обробка

Точність і охоплення

EST секвенування

Послідовність анотацій

Ми пішли через етапи великомасштабного секвенування проектів, у тому числі створення велико-вставочних бібліотеки, процес секвенування, і обробку. Потім ми описали два параметри, точність і охоплення і вплив зміни кожного параметра на вартість і складність завершення проекту секвенування . Ми описали використання EST секвенуваня, щоб визначити послідовності тільки транскрипції генів. Нарешті, ми торкнулися використання комп’ютерних програм для анотацій, щоб коментувати завершення секвенування.