8. Які функціональні сайти має рибосома? з яких етапів складається елонгаційний цикл рибосоми?

Рибосома має три сайти зв*язування, які розташовані між двома субодиницями: антикодонові частини тРНК взаємодіють з мРНК і маленькою субодиницею. Рибосома має три такі сайти:

А-сайт, на яому відбувається зв*язування аа-тРНК;

Р-сайт, де з рибосомою взаємодіє пептиди-тРНК ( тРНК, до якої приєднаний ланцюг, що синтезується);

Е-сайт (від exit), на якому міститься деаміноацильована тРНК перед її виход з рибосоми.

Акцепторні частини, що розсташованні А і Р-сайтах, наближені одна до одної і взаємодіють з великою частиною в зоні пептидитрансферазного центру. Кількість контактів тРНК у А-сайті є меншою ніж кількість контактів тРНК у Р-сайті.

Елонгаційний цикл – по триплетне зчитування рибосомою інформації з мРНК та відповідному приєднанні амінокислот до поліпептидного ланцюга.

Кожен елонгаційний крок складається з трьох оперцій:

Перша операція циклу – зв'язування аа-тРНК з А-сайтом.

Друга операція – транспептидація – перенос пептидила з петидил-тРНК на амінокислоту у складі аа-тРНК.

Третя операція – транслокація – переміщення рибосоми на один кодон вздовж .

Далі починається наступний елонгаційний цикл.

9. Яка роль факторів елонгації в процесі біосинтеза білка?

Відбір аа-тРНК на першому етапі, коли молекули мають швидко звільнятися, а також рибосомальний рух при транслокації, вказують на потребу у певній відкритій(рухливій структурі рибосоми).Транспептидація ж вимагає жорсткої форми для фіксації субстратів. Для вирішення цих задач потрібна полегшена реалізація відкритих форм рибосоми на першому та третьому етапах елонгаційного циклу, яка відбувається за рахунок двох факторів елонгації EF1, EF2. Обидва фактори належать до родини G-білків, або GTP-зв*язу вальних процесів. Фактор EF має три домени, і може існувати у закритому і відкритому стані. У комплексі з GDP - відкрита конформація EF. Заміна GDP на GTP призводить до формування закритої структури.

10. Структура і функціональна роль сигнальних послідовностей при синтезі білків.

Сигнальна послідовність – це послідовність з 15-25 амінокислот, що знаходиться на N-кінці поліпептида.

Характеристика сигнальної послідовністі Довжина 15-25 ак, локалізована на N-кінці поліпептида. Вона має утворювати α-спіраль, має містити мінімум 5 гідрофобних амінокислот з Gly. Заряди навколо гідрофобної області орієнтують сигнальну послідовність.

Дві основні функції:

1) Направляти поліпептид в ЕР, взаємодіяти як із сигнальним

апаратом, так і з апаратом транслокації.

2) Запобігти передчасному згортанню поліпептида шляхом.

11. Описати посттрансляційні модифікації білків після їх синтезу на рибосомі.

Посттрансляційні модифікації:

1) Протеолітичне розщеплення – розщеплення пептидних зв*язків, відщепення окремих фрагментів.

2) Формування дисульфідних зв’язків –формування дисульфід них зв*язків між цистеїнами.

3) Додавання груп:

-глікозилювання – ковалентне приєднання цукрів;

-фосфорилювання – ковалентне приєднання цукру;

-ацетилювання – додування ацетильних груп.

4) Модифікація амінокислот:

-гідроксилювання Pro (в ER);

-метилювання Lys.