В Оренбурге оставалось под командованием премьер – майора Останкова две роты солдат и 100 казаков, для охраны крепости и прилегающих к ней территорий.

В июле 1736 года И. К. Кирилов вместе с 200 казаками оставил Оренбург и направился вдоль реки Яик. Двигаясь к городу Самаре по новой дороге, которая от него получила название « Московскою », назначал места « под крепости » и в них « станицы нерегулярных людей оставил … ».

В 50 верстах от Оренбургской крепости, была основана Губерлинская, в ней было оставлено несколько десятков казаков, общее количество которых предполагалось увеличить до 100 человек.

В 60 верстах от Губерлинской крепости, была заложена Озерная крепость, где был оставлен небольшой гарнизон, который необходимо было увеличить до 300 казаков.

В 40 верстах, ниже по течению реки Яик, была заложена Средняя крепость, с предполагаемой численностью гарнизона в 200 казаков. В 40 верстах от нее заложили Бердскую крепость, рассчитанную на 200 казаков. В 64 верстах основали Крыловскую крепость, рассчитанную на 300 казаков. В 40 верстах основали Караульную крепость, рассчитанную на 100 казаков. В 40 верстах от нее заложили Сорочинскую крепость, с численностью гарнизона в 200 казаков. В 40 верстах основали Тоцкую крепость, рассчитанную на 200 казаков.

В 45 верстах от Тоцкой основали Бузулукскую крепость гарнизон которой должен был состоять из 400 казаков.

Пройдя 52 версты от Бузулукской крепости, И.К. Кирилов прибыл в Борскую крепость, заложенною по его приказанию поручиком П. С. Бахметевым, в которой с ним и его командой встретился.

Осмотрев, в 48 верстах от Борской, Красносамарскую крепость И.К.Кирилов направился в штаб – квартиру Оренбургской экспедиции расположенной в Самаре.

Более 3000 казаков необходимо было разместить в крепостях на новой пограничной Оренбургско – Самарской линии.

27 октября 1736 года И. К. Кирилов прибыл в Самару. Бывшая с ним команда была размещена в надлежащие квартиры, а яицкие казаки охранявшие участников экспедиции от внезапного нападения киргиз-кайсаков были отпущены до весны домой.

В начале1737 года край, находившийся в ведении Оренбургской экспедиции, стал достаточно укрепленным и более безопасным от нападений кочевников, чем до этого времени.

В январе 1737 года, ведение приказных дел было поручено казначею экспедиции Гавриле Замятнину.

В Самаре И.К.Кирилов заключил достаточное количество надежных контрактов на снабжение провиантом Оренбурга и всей пограничной линии.

З а короткое время И. К. Кирилов основал 21 крепость, он сразу же строил в них церкви. Доказательством этому служит его письменная просьба о присылке в « Новую Россию » церковных сосудов, книг и колоколов в построенные крепости на 20 церквей.

Территориальное расширение Российского государства и его закрепление в юго – восточном направлении служило также целям защиты христиан на пограничных территориях. И. К. Кирилов писал по этому поводу: « … и к тому же страждущее в Басурманских руках христианство свободу получит … ».

В Самаре за всеми административными хлопотами И. К. Кирилов не оставлял научных занятий , взял с собой из сенатского архива необходимые для работы рукописи и книги . Во время экспедиции И. К. Кирилов продолжал трудиться над « Экстрактом к пользе российской истории древней » и другими сочинениями , собирал новые документы.

Будучи крупнейшим специалистом России в области топографо-картографических работ, он и во время Оренбургской экспедиции занимался составлением географических карт. Академия наук снабжала Кирилова в Самаре необходимыми книгами и инструментами. Позднее именно в Самаре при разборе бумаг И.К. Кирилова была обнаружена рукопись его ставшего знаменитым труда « Цветущее состояние Всероссийского Государства », которую отослали в Академию Наук вместе с другими сочинениями и записками автора. О продолжавшейся до последних дней работе над текстом « Цветущего состояния » свидетельствуют вставки в рукописи о местах, изученных в ходе Оренбургской экспедиции. Своим примером И. К. Кирилов « приохотил к научным занятиям историей, географией, статистикой » молодого бухгалтера экспедиции П. И. Рычкова.

Г еодезисты сопровождавшие И. К. Кирилова в его экспедиции определяли в пунктах стоянок широту места. Геодезисты С. Орликов и Иван Шехонский принимали участие в походах полковника А. И. Тевкелева из Оренбурга в Сибирские слободы, измеряли дорогу от Верхнеяицкой пристани до Теченской слободы . В это же время геодезист Петр Чичагов произвел съемку водораздела рек Яика и Самары и составил карту .

Геодезист Михаил Пестриков, сопровождавший полковника А.И.Тевкелева в его походе на озеро Чебаркуль, в сентябре 1736 года составил карту под заглавием: « Ландкарта от Красноярской крепости тракту господина полковника Тевкелева с командою по новостроющуюся крепость Чебаркульскую … » В декабре 1736 года, прибыв в Мензелинск, он на основании работ других геодезистов составил сводную карту Башкирии, под названием: « Plankart Уфимской провинции или всему башкирскому жилью и около положенной живой линии от Волги до Сибири на 1200 верст, также прежней земляной линии от Волги до Сибири и прочему. Собрал с разных карт геодезии прапорщик Михаил Пестриков в Мензелинске . 1736 месяца декабря ».

В 1737 г. Академии был представлен ряд новых карт, в числе которых, составленная прапорщиком Алексеем Норовым «Карта Оренбургского края и порубежных с ним Татарских, Башкирских, Каракалпакских, Киргизских, Бухарских и т. д. земель».

Основное внимание И.К.Кирилов обращал на вопросы, связанные с устройством крепостей по Московской дороге на Оренбург.

И. К. Кирилов активно приглашал к поселению, на новую Оренбургско – Самарскую линию, жителей Поволжья. Желающих он приписывал к конкретной крепости, снабжал надлежащим денежным вознаграждением и провиантом в дорогу.

Вместе с И. К. Кириловым из Оренбурга в Самару прибыло несколько купцов из Средней Азии с товаром, здесь они выгодно обменяли свой товар на русский, пользующейся большим спросом на Востоке и стали ждать весны, для возвращения домой.

И ван Кириллович решил вместе с ними отправить в Ташкент Первый русский торговый караван « для основания азиатской коммерции ». В состав делегации он включил английского морского капитана Джона Элтона, чтобы он определил возможность судоходства по среднеазиатским рекам и отыскал на берегу Аральского моря, место удобное для строительства « судовой пристани ». Д. Элтон отказался от участия в экспедиции, считая 800 рублей в год недостаточным возна- гражением за свой труд.

«В Самаре в доме, в котором жил статский советник И. К. Кирилов, покоев было довольно ... , хоромы были теплые. » Всего же дом имел 5 жилых комнат « покоев ». « Из них в 4 покоях обито холстом и выбелено ».

Рядом находились « людских 2 избы , в одних очаг, 2 погреба , сарай , конюшня, трое саней … » . Многие канцелярские дела И. К. Кирилов вел в своих покоях , решая важные государственные задачи тяжело болея , накладывая резолюции прямо на подлинные письма вместо оформления протоколов, так как ни протоколиста, ни регистратора у него в штате не было. Присутствующие руководители экспедиции, секретари и подьячие занимали две людские избы на дворе. Те приказные служители, которым не хватало там места, размещались « по разным обывательским избам ».

В феврале 1737 года у Ивана Кирилловича Кирилова обострилась болезнь, чахотка причиняла большие страдания, мешала заниматься делами. Из Екатеринбурга был вызван доктор Гриф, который ему приписал строгий постельный режим. Болезнь отступила. Как только доктор уехал И.К.Кирилов, не щадя себя стал готовиться к походу в Оренбург. Со своей командой он переехал в Красносамарскую крепость, чтобы с наступлением весны следовать по всем основанным им крепостям по рекам Самаре и Яик . Болезнь вернулась с прежней силой, Иван Кириллович вынужден был вернуться в Самару. К нему выехал доктор от двора Её Императорского Величества.

Из последних сил И.К.Кирилов писал инструкции своим помощникам с наставлениями. Состояние его здоровья с каждым днем ухудшалось. В 47 лет он « жизнь свою христиански окончил ».

« В лето от Рождества Христова 1737 , месяца Апреля, 14 дня, в четверг Светлые недели. Великий рачитель и наук любитель отошел к Господу ... »

16 апреля 1737 года Иван Кириллович Кирилов был погребен « с надлежащею церемониею » в церкви Николая Чудотворца, в городе Самара.

В начале 18 в. влияние русского государства в Заволжье и на Южном Урале было незначительным. Еще Петр I обращал внимание на важность направления во внешней политике России. Но, увлеченный Персидским походом, не смог уделить должного внимания «юго-восточным делам», и до 1734 г. в азиатской политике господствовала идея «приобретения» некоторых земель Персии.

Еще в 1716 г. посольство хана Тауке в Тобольске просило о принятии киргиз - кайсаков в российское подданство. Переговоры о присоединении их к России, ввиду сложности взаимоотношений с Китаем, закончились лишь в феврале 1731 г. подписанием жалованной грамоты о принятии в подданство Младшего жуза. В конце этого же года подданство России принял и Средний жуз киргиз-кайсаков. С этого времени юго-восточное направление становится основным в азиатской политике государства. Для осуществления этой политики разрабатываются конкретные планы. Из проектов государственных деятелей А. П. Волынского, И. К. Кирилова и В. Н. Татищева в отношении обширного края правительство принимает проект Кирилова «О построении города при устье р. Ори для поданных башкирцев и пришедших вновь в подданство Киргиз-кайсацкого и Каракалпакского народа; О наряде работников для строения и снабжения оного города гарнизоном, артиллерийскими орудиями, припасами и об определении на сей предмет Уфимских прибыльных доходов сверх прежнего оклада». Этот проект объединил основные идеи этих авторов.

В мае 1734 г. последовала высочайшая резолюция на проект обер-секретаря Сената И. К. Кирилова. Была учреждена Экспедиция, в начале названная Известной, а затем Оренбургской под руководством Кирилова (происходил из мещан; получил образование и, как человек грамотный, поступил на службу в подьячие в Сыскной приказ, затем был переведен капитаном в Сенат, где на смышленого канцеляриста обратил внимание Пётр I; по его протекции стал секретарем, 12 сентября 1727 г. назначен обер-секретерем Сената). В помощники Кирилову был определен переводчик Коллегии иностранных дел А. И. Тевкелев. Начальник Оренбургской экспедиции был наделен широкими властными правами военно-политического, экономического и административного характера.

Цель экспедиции заключалась в организации экономических, торговых и политических связей с народами Средней Азии и, в конечном счете, присоединение их к России. Для этого необходимо было решить задачи укрепления государственного влияния в Заволжье и на Южном Урале, основную массу населения которых составляли башкиры. Постройка торгового города-крепости и военно-пограничных линий в юго-восточной части империи были составными частями плана Кирилова по укреплению позиций государства в неспокойной Башкирии и прилегающих к ней степных районах. Без подготовки этого плацдарма невозможно было осуществлять дальнейшее продвижение России на Восток.

Кроме этого, план Кирилова предусматривал ряд частных задач. Так как государственная казна испытывала острую нужду в золоте и серебре, то за счет проникновения на Южный Урал и в Среднюю Азию правительство предполагало ее пополнить. Кирилов планировал на территории Башкирии построить ряд железоделательных и медных заводов, в его планах уделялось внимание и добыче соли в Соль-Илецке. Для армии, готовящейся к войне с Турцией, предполагалось «лошадей от обеих Орд на всю российскую кавалерию за душевую мену на сукна российских фабрик и другие безделки получать».

Состав экспедиции был многочисленным. В нее входили специалисты разных профессий: строители, канцеляристы, мастера горного дела, географы, этнографы, ботаники, картографы; 130 офицеров и около 3500 солдат.

В рамках этого плана предпринимались усилия по завершению строительства Новой Закамской укрепленной линии, начатой еще в 1731 г., и формированию четырех ландмилицких полков, поселенных в укреплениях от Алексеевска и на Северо-Восток по рекам Соку и Кондурче вплоть до крепости Черемшанской, где соединялась со старой Закамской засечной чертой (построена еще в середине XVII в.).

В ноябре 1734 г. Кирилов с частью состава экспедиции прибыл в Уфу и начал готовиться к переходу через центральную часть Башкирии на место закладки будущего торгового города-крепости. Согласно плану Кирилова, город в устье р. Орь нужен был не только для сдерживания непростых отношений башкир с киргиз-кайсаками, но и для открытия кратчайшего пути из России в Среднюю Азию и Индию для свободной торговли. Для того, чтобы к весне 1735 г. подготовить материалы для строительства Оренбурга и провиант для строителей города и солдат гарнизона в декабре-январе 1734-1735 гг. при впадении реки Урляды в Яик (Урал) была основана пристань, названная Верхояицкой (ныне г. Верхнеуральск). Там же была построена небольшая крепость, в которую в 1735 г. были отправлены две роты солдат из сибирских полков.

В 1736 г. она подверглась нападению со стороны башкир, личный состав гарнизона был перебит, а крепость и пристань сожжены. Только через год, в 1737 г., крепость была восстановлена на новом месте (в одной версте ниже по реке Яик). Поэтому Верхнеуральскую крепость можно считать первой на Оренбургской военно-пограничной линии. В этом же 1735 г. из Екатеринбургских заводов на эту своеобразную военную продовольственную базу прислали артиллерийские припасы, а из Исетских слобод — продовольствие. Из Верхнеяицка материалы для строительства Оренбурга сплавлялись по реке Яик до устья Ори.

11 апреля 1735 г. Кирилов во главе основных сил экспедиции выступил из Уфы в поход к реке Орь для закладки Оренбурга. В походе его сопровождали 15 пехотных рот, 350 казаков (из них 100 яицких), 600 мещеряков, 100 башкир. Кроме обычного вооружения в отряде имелись 23 медные и 1 чугунная пушки, 2 гаубицы, 2 медные мортиры. Этот поход проходил в очень сложных условиях очередного восстания башкирского населения, которое активно противодействовало отрядам Кирилова. Так, нападению подвергся Вологодский полк подполковника Чирикова, который шел на соединение с главными силами экспедиции. В результате боя сам Чириков, полковой священник, лекарь, 18 драгун и 42 человека служащих были убиты. Таким образом, Кирилову пришлось заниматься подавлением восстания и многими другими административными вопросами, что изменило некоторые планы экспедиции.

Лишь 6 августа 1735 г. отряд Кирилова вместе с посольством Абулхаир хана достиг реки Орь, где 15 августа (по другим данным 12) заложил крепость «у устья Орского над Яиком город Оренбург с десятью бастионами». 30 августа в крепость была введена команда, а 31 августа установлена артиллерия. В этот же день было совершено богослужение и произведено три выстрела из пушки в честь нового города России. Затем Кирилов отправил посольство Абулхаир хана с подарками императрицы в Степь. Сам начальник экспедиции 7 сентября 1735 г. поспешил с частью войск обратно в Уфу. Его помощник Тевкелев с воинской командой был отправлен на Сибирскую дорогу для поимки и наказания башкир, разграбивших обоз, предназначенный для Оренбурга. В новой крепости был оставлен воинский гарнизон из 10 рот солдат во главе с подполковником Чемодуровым, строители города и на положении атамана султан Эрали.

Кирилов, исходя из сложившейся обстановки, несколько изменил план своих действий. В 1736 г. он вместе с воинской командой, двигаясь по реке Белой по Нагайской дороге, жестоко подавлял восставших башкир, вершил казни и сжигал их жилища. Далее он повернул на Запад к истоку реки Самары. Двигаясь вдоль нее, он выбирал места для новых укреплений, где оставлял небольшое количество солдат и казаков. Из этих укреплений стала образовываться Самарская линия, предназначенная не только для осуществления пограничных функций, но и для обеспечения охраны подвоза рабочей силы, материалов и провианта для строительства новых крепостей в западной части новой оренбургской пограничной линии. При этом штаб экспедиции переносится в Самару, так как Кирилов считал, что руководить обустройством нового края оттуда удобнее в условиях продолжающихся волнений в Башкирии.

В этом же 1736 г. в Зауральской части Башкирии Тевкелевым при большой организаторской роли В. Н. Татищева строятся крепости Миасская, Челябинская, Чебаркульская, Еткульская (1737) и др. Таким образом, башкирские земли теперь охватываются не только с юго-запада, но и с востока и юго-востока крепостными укреплениями, тем самым обеспечивается строительство будущих крепостей на Уйской и Верхояицкой пограничных линиях.

Кирилов, занимаясь устройством края, начинает работу по переселению крестьян (в основном из Среднего Поволжья) и отставных солдат на земли вблизи Самарской укрепленной линии для развития земледелия в новых местах. Тем самым он пытался частично решить проблему продовольственной базы для обеспечения воинских команд, число которых в крае должно было неуклонно возрастать.

В начале 1737 г. Кирилов стал готовиться к походу в Оренбург и хлопотать о снаряжении в Ташкент первого торгового каравана. Его планам не суждено было сбыться. 14 апреля

1737 г. И. К. Кирилов умер от чахотки. Он был погребен при церкви св. Николая Чудотворца в Самаре.

10 мая состоялся именной указ о назначении начальником Оренбургской экспедиции В. Н. Татищева. Он продолжил строительство укрепленных линий. Перенес строительство Оренбурга на новое место. Решал множество других задач — от открытия первых школ до организации нового войска крещеных калмыков с центром в Ставрополе (ныне г. Тольятти Самарской области). В период его руководства экспедиция была переименована в Оренбургскую комиссию. В. Н. Татищев наладил с лета 1738 г. караванную торговлю с купцами из Средней Азии через Орскую крепость. После Татищева Оренбургскую комиссию возглавили В. А. Урусов и И. И. Неплюев, которые продолжили осуществлять план, задуманный Кириловым. И. И. Неплюев основал новые крепости, в том числе Троицк и Оренбург.

В 1743 г. Оренбург менял свое местонахождение трижды. Современный город находится на месте крепости, заложенной Неплюевым. Неплюев является подлинным основателем Оренбургского казачьего войска и основным устроителем Оренбургского края. В 1744 г. создана Оренбургская губерния; канцелярия Оренбургской комиссии была реорганизована в губернскую канцелярию, десятилетняя деятельность Оренбургской экспедиции закончилась. Последствия ее деятельности значительны. Россия прочно обосновалась в Заволжье и на Южном Урале, а в дальнейшем и в Средней Азии. У истоков этих изменений находилась Оренбургская экспедиция Ивана Кирилловича Кирилова.