1635 Г. Ишей напал на Кузнецкий острог. Были погибшие среди служилых.

С 1638 г. кыргызы склоняются к ойратам. Совершают набеги на русские земли. Алтан-хан не хочет силовым путём заставить кыргызов жить в мире, т.к. не хочет портить с ними отношения. Баатар-хунтайджи сразу предложил русских режим двоеданничества, но позже объявил кыргызов своими кыштымами. С середины XVII в. кыргызы – троеданцы.

Русское правительство решает прибегнуть к более решительным силовым действиям. Готовится масштабный поход в Кыргызскую землицу под руководством знающего тамошние условия Якова Тухачевского. Собранное кое-как (из-за корысти воевод) войско в 870 человек выступило летом 1641 г. и достигло р.Абакан. Там было решено построить острог. Против них выступили князья Ишей, Иженей Мерген, Кочебай, Бектен и тубинские князья. Первый натиск окончился для них поражением, но на следующий день русские получили более сильный удар, и стали отступать, прикрываясь от кыргызских стрел ранее взятыми в плен кыргызскими женщинами и детьми. Когда удалось оторваться от кыргызов, между служилыми вспыхнула ссора: служилые из разных городов не желали подчиняться Тухачевскому, они забрали добычу, его ограбили и ушли в Кузнецк. С небольшим отрядом Тухачевский сумел основать Ачинский острог.

1642 г. И.Кобыльский с отрядом из Ачинского острога ходил на кыргызов, разбил Ишея и других. Те согласились платить ясак. Долго обсуждали вопрос о кыштымах (система двоеданства). После этого на некоторое время установилось затишье. Последовала серия переговоров и принятие шерти от части князей. Уклонившиеся князья Бектен и Сенжей позже также давали шерть после того, как на них повлиял старший князь – Кочебай. Сговорчивость кыргызов объяснялась давлением сразу с нескольких сторон – хотогойтов, русских, ойратов, а также бурят.

Разгром алтын-хана

С 1650-х гг. усиливается нажим со стороны алтын-хана. Русские же оказать действенную, военную помощь кыргызам не хотели, т.к. это могло привести к масштабной войне с хотогойтами, что не могло не сказаться отрицательно на отношении к ним.

1652 г. Лоджан Омбо Эрдэни алтан-хан занял кыргызские земли и собирал алман.

1663-1665 гг. алтын-хан разгромлен ойратами, и отступил в Хонгорай. Он начал грабить население. Часть населения просила помощи у русских. В конце концов, из-за давления со стороны русских воевод, алтын-хан вынужден был покинуть пределы Хонгорая.

В этот тяжёлый для кыргызов период на сцену истории выступает сын Ишея – князь Ереняк (Иринек) – с 1665 года его имя появляется в летописях.

В 1666 г. Ереняк впервые нападает на русских и их ясачных в Канской землице и занимает Удинский острог (правда, трофеи у него потом отбили). Ереняк склоняется к ойратам, как и большая часть кыргызов.

В 1667 г. снова приходит алтын-хан. Русские помочь не могут, но тут в Минусу приходят ойратские войска Сенге-тайши. Ереняк участвует в разгроме алтан-хана ойратами. Таким образом, ойраты смогли сделать то, что не смогли русские. Следовательно, их престиж повысился, а русских – упал. Большинство кыргызов стало платить ясак исключительно ойратам. После победы над хотогойтами Сенге послал послов в Красноярск. Начались переговоры. Ойраты требовали выдать кыргызских кыштымов, оставшихся в подданстве русских, и алман с качинцев и аринцев. Русские послов арестовали, ссылаясь на грабёж ойратами русских уездов. После этого летом 1667 г. ойраты и кыргызы осадили Красноярск. Гарнизон понёс большие потери, окрестности Красноярска были разграблены. В плен попали несколько казаков (в т.ч. атаман Кольцов). Побили с русской стороны 125 служилых, 43 крестьянина и 17 подгородных татар. Только когда послов пообещали отпустить, осада была снята.

Большая часть населения Среднего Енисея против русских, т.к. 1) те не смогли оказать военную помощь против разорений от алтын-хана, 2) корыстные воеводы стремились брать больше ясака, в т.ч. с кыргызов, которые его по шерти платить не должны были как степняки.