Лекция_6_БИ_М_2014
.pdf
Какие результаты выдает BLAST…
•BLAST выдает “неожидаемые” выравнивания
-отличные от случайных
•Допущения
-Случайные последовательности
-Постоянный композиционный состав
•Выводы
-“Неожидаемая схожесть” подразумевает эволюционную гомологию
Эволюционная гомология: происхождение от общего предка Не всегда подразумевает подобную функцию
41
Критерии качества выравнивания
üКоличество идентичных (похожих) аминокислот/нуклеотидов
–Для белков – более 25% id при длине > 100 aa
–Для ДНК – более 70% id при длине > 100 nt
üДлина выравнивания
üВероятность наблюдать такое сходство случайным образом
–Зависит от базы данных
üScore – общая мера сходства:
–Зависит от программы
Родной BLAST – NCBI
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi)
Four components to a BLAST search
(1)Choose the sequence (query)
(2)Select the BLAST program
(3)Choose the database to search
(4)Choose optional parameters
Then click “BLAST”
Step 1: Choose your sequence
Sequence can be input in FASTA format or as accession number
Example of the FASTA format for a BLAST query
Step 2: Choose the BLAST program
Какую программу BLAST выбрать?
Программа |
Query |
Тип БД |
Сравнивает |
|
|
|
|
Blastn |
ДНК |
ДНК |
ДНК |
|
|
|
|
Blastp |
белок |
белок |
белки |
|
|
|
|
Blastx |
ДНК |
белок |
белки |
|
|
|
|
Tblastn |
белок |
ДНК |
белки |
|
|
|
|
Tblastx |
ДНК |
ДНК |
белки |
|
|
|
|
Choose the BLAST program
Program Input |
Database |
|
blastn |
DNA |
1 |
DNA |
||
blastp |
protein |
1 |
protein |
||
blastx |
DNA |
6 |
protein |
||
tblastn |
protein |
6 |
DNA |
||
tblastx |
DNA |
36 |
DNA |
||
DNA potentially encodes six proteins
5’ CAT CAA
5’ ATC AAC
5’ TCA ACT
5’ CATCAACTACAACTCCAAAGACACCCTTACACATCAACAAACCTACCCAC 3’
3’ GTAGTTGATGTTGAGGTTTCTGTGGGAATGTGTAGTTGTTTGGATGGGTG 5’
5’ GTG GGT
5’ TGG GTA
5’ GGG TAG