Лекция_6_БИ_М_2014
.pdf
Какую программу выбрать?
|
|
ДНК |
Белок |
|
Локализацию в |
|
|
|
Изученного |
|
родном геноме |
гомолога |
|
|
Свой ген или гомолога в |
|
Ортологичный локус |
|
в близком виде |
|
определенном геноме |
|
|
|
|
|
Возможно, весьма |
BLAST |
Похожую, возможно, |
|
||
удаленного гомолога |
|
некодирующую, ДНК |
Гомолога с заданной функцией Белок-кодирующий ген в
последовательности
Дополнительные программы
üДНК:
–megaBLAST – другой алгоритм для сравнения ДНК. Оптимизирован для длинных похожих последовательностей. Оптимален для поиска хитов в родном геноме или очень близких видах
–Discontiguous megaBLAST – аналогично, параметры подобраны для более далеких видов
üБелок:
–PSI-BLAST (Position-Specific Iterated -BLAST) поиск
удаленных белковых гомологов с использованием
PSSM (position-specific scoring matrix)
–PHI-BLAST (Pattern-Hit Initiated -BLAST) ищет
гомологичные белки, удовлетворяющие заданному
паттерну
Step 3: choose the database
nr = non-redundant (most general database) dbest = database of expressed sequence tags dbsts = database of sequence tag sites
gss = genomic survey sequences
protein databases
nucleotide databases
Step 4a: Select optional search parameters
organism
Entrez! 
algorithm
page 107
Этап 4a: Изменения необязательных параметров
Максимальное кол-во выравниваний в выдаче
Вероятность нахождения последовательностей с таким же скором по случайным причинам
Scoring matrix
Этап 4a: Изменения необязательных параметров
Автоматическая подстройка под параметров под короткие последовательности
Для белка стандартно - 3, можно установить 2 для короткого белка, или 4-5 для более точного поиска
Автоматическая подстройка под контекстные особенности организмов (GC состав)
Этап 4a: Изменения необязательных параметров
Замаскировать low-complexity
районы
Стандартный input
Промежуточная страница - СD
Output - I