Іі тисячоліття

В наступні століття Католицька церква неодноразово здійснювали спроби подолати східну схизму, зокрема на Ліонському (1274) та Флорентійському (1438) соборах, проте ці спробу щоразу зазнавали невдачі. Натомість у XVI столітті католицизм зазнав чергової хвилі розколу, викликаної Реформацією — рухом за оновлення християнства. Реформація стала реакцією на ряд негативних явищ, що мали місце в католицькій церкві у попередні століття і призвела до виділення нових гілок християнства, зазвичай окреслюваних збірним терміном протестантизм — лютеранство (Мартін Лютер, 1517), англіканство (король Генріх VIII, 1534) і кальвінізм (Жан Кальвін, 1536), що поширилися головним чином у Німеччині, Англії, Нідерландах і Скандинавських країнах.

Відповіддю на реформаційний рух з боку Католицької церкви стала Контрреформація, в ході якої Церква здійснила ряд важливих внутрішніх реформ. Були засновані перші семінарії для підвищення морального та інтелектуального рівня майбутніх священиків, спрямовані на викорінення зловживань реформи торкнулися цілого ряду чернечих орденів. Ряд богословських концепцій було уточнено в ході Тридентського собору.

З географічними відкриттями XVI-XVII століття Католицька церква розпочала активну місіонерську діяльність у країнах Нового світу і в Азії. Поширення католицизму відбувалося також шляхом укладання уній між Римо-католицькою церквою з православними спільнотами, найбільш значимою з яких була Берестейська унія (1596), внаслідок якої повстала Українська греко-католицька церква.

Велика французька революція викликала нові труднощі в історії католицизму. У 1790 була прийнята «Громадянська конституція духовенства», що закріпила за державою абсолютний контроль над Церквою. Тенденція до секуляризації спостерігалася і в інших європейських країнах, супроводжуючись розоренням монастирів та репресіями прости духівництва.

У XIX столітті Католицька церква зазнала новий підйом. Була відновлена католицька ієрархія в ряді протестантських країн, відновлювали позиції чернечі ордени та згромадження. Перший Ватиканський собор (1869-1870 рік) прийняв Догмат про непомильність Папи, що викликав, однак незгоду частини католиків, що відділилися у старокатолицизм. У той же час революційні процеси в Італії призвели до створення єдиної держави, ліквідації в 1870 році Папської держави і позбавлення Папи світської влади. Світський статус Апостольського престолу залишалося неврегульованим до 1929 року, коли в результаті Латеранської угоди було створено держава Ватикан.

У XX столітті Церква піддалася жорстоким гонінням в Радянському Союзі, Мексиці і республіканській Іспанії. Починаючи з 1920-х років радянська влада приступила до знищення Католицької церкви в країні; були розстріляні, репресовані і вислані з країни практично всі священнослужителі та активні парафіяни. В часи Другої світової війни Католицька церква намагалася триматися нейтралітету для збереження життя віруючих і своєї незалежності. Безліч католицьких священиків і ченців пройшли через нацистські концтабори, частина з них загинула, деякі з них згодом канонізовано.

У повоєнний час значною подією в історії католицизму став Другий Ватиканський собор, декларації якого були спрямовані на пошук взаєморозуміння з іншими християнськими конфесіями та релігіями. Зокрема Папа римський Павло IV і патріарх Константинопольський Атенагор анульовани взаємні анафеми 1054 року. Реформі піддалося також богослужіння, зокрема дозволено служіння меси на національних мовах. Незгодні з реформою богослужіння сформували рух католиків-традиціоналістів, частина з них у 1980-х роках опинилася у стані розколу.