- •Оглавление
- •Глава 1. Архитектура вычислительных систем 11
- •Глава 2. Реализация параллельных алгоритмов 63
- •Глава 3. Надежность и живучесть вычислительных систем 96
- •Глава 4. Библиотека параллельных программ 120
- •Глава 5. Граф-схемы параллельных алгоритмов 150
- •Глава 6. Исследование информационных граф-схем со скалярными весами для планирования параллельных вычислений 182
- •Глава 7. Исследование информационных граф-схем решаемых задач с векторными весами для планирования параллельных вычислений 204
- •1.Количественные характеристики, применяемые для оценок параметров вычислительных систем
- •Глава 1. Архитектура вычислительных систем
- •Для случая неоднородной системы номинальное быстродействие выразится как
- •Здесь – вероятность выбора j-й операции, , . Для однородной вс её быстродействие по Гибсону выразится соотношением
- •Для неоднородной вс это быстродействие может быть определено, как
- •1.1.1. Вопросы к разделу 1.1.
- •2.Понятие о современных вычислительных системах
- •Пример графа регулярной вычислительной системы представлен на рисунке 1.2.1.
- •Примечание: Для регулярной вычислительной системы
- •2.1. Вопросы к разделу 1.2.
- •3.Структура современных вычислительных систем
- •3.1.Схема обмена с помощью структуры «Общая шина»
- •3.2.Схема обмена с помощью структуры «Линейка»
- •3.3.Вычислительная система, имеющая структуру типа «Кольцо»
- •3.4.Схема обмена с помощью структуры типа «Решётка»
- •1.3.5. Схема обмена с помощью структуры типа «Двумерный тор»
- •3.1.Схема обмена с помощью структуры типа «n-мерный двоичный гиперкуб» или «nD-куб»
- •3.2.Реализация обмена с помощью структуры типа «Обобщенный nD-куб»
- •3.3.Структура вс типа «n-мерный обобщённый тор»
- •3.4.Структура вс с сетью типа «Циркулянт»
- •1.3.10. Вычислительная система «Максимальный обхват»
- •1.3.11. Вычислительные системы со структурой сетей типа «Симметричные графы»
- •На рисунке 1.3.11. Представлена вс с симметричным графом.
- •1.3.12. Вычислительные системы с сетью связей типа «Гомоморфные графы»
- •1.3.13. Вычислительные системы с сетью связей типа «Граф л(n,V,g)»
- •1.3.14. Структура вычислительной системы типа «Бинарное дерево t0(n) глубины n»
- •1.3.15. Структура вычислительной системы типа «Мультидерево глубины n и ширины k t1(n,k)»
- •3.5. Вопросы к разделу 1.3
- •4.Коммуникационные среды вычислительных систем
- •Коммуникационная среда должна удовлетворять следующим требованиям:
- •4.1.Коммуникационная среда на основе масштабируемого когерентного интерфейса sci
- •4.2.Коммуникационная среда на основе технологии Myrinet
- •1.4.3. Краткая характеристика коммуникационной среды QsNet II
- •4.3. Вопросы к разделу 1.4
- •5.Коммутаторы вычислительных систем
- •1.5.1. Типы коммутаторов
- •5.1. Управление коммутаторами
- •5.2. Алгоритмы определения маршрутов
- •5.3. Дедлоки в составных коммутаторах
- •5.4.Вопросы к разделу 1.5
- •6.Процесс функционирования вычислительных систем
- •6.1. Вопросы к разделу 1.6.
- •7.Принципы технической реализации вс
- •1.7.1. Вопросы к разделу 1.7
- •1.8. Архитектурные особенности вс
- •1.8.1. Архитектурные свойства вс
- •1.8.2. Схема обмена информацией между ветвями параллельных алгоритмов
- •7.1.Опыт применения методики крупноблочного распараллеливания сложных задач
- •7.2.Архитектурные аспекты при создании ос вс
- •7.3.Структурные характеристики вс
- •7.4.Классификация структур вс
- •7.5.Вопросы к разделу 1.8.
- •Глава 2. Реализация параллельных алгоритмов
- •2.1. Реализация параллельных алгоритмов
- •2.1.1. Определение параллельного алгоритма
- •7.6.Организация динамического распараллеливания в суперскалярных микропроцессорах
- •2.1.3. Предварительная выборка команд и предсказание переходов
- •7.7.Декодирование команд, переименование ресурсов и диспетчеризация
- •7.8.Исполнение команд
- •2.1.6. Работа с памятью
- •2.1.7. Завершение выполнение команды
- •2.1.8. Направления развития суперскалярной архитектуры
- •7.9.Мультитредовая модель выполнения программы
- •7.10.Аппаратные и программные средства, необходимые для мультитредовой архитектуры
- •2.1.11. Специфика мультитредовых моделей распараллеливания
- •2.1.12. Вопросы к разделу 2.1
- •2.2.Организация распараллеливания на уровне программных модулей
- •2.2.1. Примеры организации вычислений на уровне программных модулей
- •2.2.2. Решение системы линейных уравнений методом Гаусса с помощью вс типов «решётка» и «линейка»
- •2.2.3. Исполнение алгоритма Гаусса на «решётке» n*n вm
- •2.2.4. Исполнение алгоритма Гаусса на «линейке», состоящей из n вм
- •2.2.5. Показатели эффективности параллельных алгоритмов
- •2.2.6. Понятие о сложных задачах
- •2.2.7. Вопросы к разделу 2.2
- •Глава 3. Надежность и живучесть вычислительных систем
- •8.Основные задачи создания отказоустойчивых систем
- •8.1.Вопросы к разделу 3.1
- •9.Классификация типов отказоустойчивости сложных систем и ее критерии
- •9.1.Вопросы к разделу 3.2
- •10.Способы обеспечения отказоустойчивого функционирования вс
- •3.3.1. Диагностическое тестирование вс
- •3.3.3. Способы восстановления отказоустойчивых вс
- •10.1.Вопросы к разделу 3.3
- •3.4. Построение живучих вс на основе экспоненциально- надежностного подхода
- •3.4.1. Показатели надежности вс
- •10.2. Методика расчета показателей надежности вс
- •3.4.3. Живучесть вс
- •3.4.4. Вопросы к разделу 3.4
- •11.Построение живучих вс, работоспособных в расчетном диапазоне кратностей отказов
- •3.6.1. Горячий резерв
- •3.6.2. Репликация
- •3.6.3. Кластеры высокой готовности
- •3.5.1. Вопросы к разделу 3.5
- •3.6. Реализация модели отказоустойчивых систем
- •4.1.2. Принципиальная схема программирования в OpenMp
- •11.2. Описание основных конструкций open mp
- •4.1.4. Способы построения параллельных программ
- •4.1.6. Вопросы к разделу 4.1
- •4.2. Основы построения библиотеки mpi
- •4.2.1. Основные понятия
- •4.2.2. Структура программ в mpi
- •4.2.3. Определение структуры приходящего сообщения
- •4.2.4. Определение базовых характеристик коммуникационной сети
- •11.4.Анализ тупиковых ситуаций при обмене
- •4.2.6. Организация передачи-приёма сообщений без блокировки
- •4.2.7. Реализация отложенных запросов на взаимодействие
- •4.2.8. Сравнительная оценка различных способов обмена данными
- •4.2.9. Использование глобальных операций в mpi
- •4.2.10. Взаимодействие процессов в mpi
- •4.2.11. Вопросы к раделу 4.2
- •Глава 5. Граф-схемы параллельных алгоритмов
- •5.1. Представление параллельных алгоритмов в виде граф-схем
- •5.1.1. Преобразование последовательных алгоритмов в параллельные
- •5.1.2.Использование граф-схем для представления параллельных алгоритмов
- •5.1.3. Вопросы к разделу 5.1
- •5.2.1. Вычисление матриц следования, расширенных матриц следования и матриц следования с транзитивными связями
- •5.2.2. Вопросы к разделу 5.2
- •11.5.Построение матрицы логической несовместимости.
- •5.3.2. Построение матрицы логической несовместимости операторов
- •5.3.3. Вопросы к разделу 5.3
- •5.4.1. Построение множеств взаимно независимых операторов.
- •5.4.2. Вопросы к разделу 5.4
- •Глава 6. Исследование информационных граф-схем со скалярными весами для планирования параллельных вычислений
- •6.1. Численные характеристики информационных граф-схем со скалярными весами
- •6.1.1 Определение ранних и поздних сроков окончания выполнения операторов.
- •11.6.Определение функций плотности загрузки, и минимальной загрузки для информационных граф-схем
- •6.1.3. Вопросы к разделу 6.1
- •6.2.1. Распределение операторов по вм вычислительной системы с общим полем памяти для информационной граф-схемы
- •6.2.2. Распределение операторов по вм вычислительной системы с общим полем памяти для информационно-логической граф-схемы
- •При срабатывании условного оператора «один», дуги 1.1 требуется 10 вм. Время решения задачи составит 22 условные единицы.
- •6.2.3. Распределение операторов по вм вычислительной системы с распределённой памятью для информационной граф-схемы
- •6.2.4. Реализация диаграмм для общепринятых способов обмена данными между вм вычислительной системы с распределённой памятью для информационной граф-схемы
- •6.2.5. Вопросы к разделу 6.2
- •Глава 7. Исследование информационных граф-схем решаемых задач с векторными весами для планирования параллельных вычислений
- •7.1 Информационная граф-схема решаемых задач с векторными весами вершин
- •7.1.1 Понятие об неоднородных системах
- •7.1.2. Основные определения, используемые для неоднородных вс
- •7.1.3. Вопросы к разделу 7.1
- •Литература
11.2. Описание основных конструкций open mp
Спецификация OpenMP определяет набор прагм. Прагма – это директива компилятора, указывающая, как обрабатывать код, следующий за прагмой.
#pragma omp parallel, одна из наиболее важных прагм, определяющая область параллельности.
В рассматриваемой библиотеке используется модель параллельного выполнения «ветвление-слияние». Программа OpenMP начинается как единственный поток выполнения, называемый начальным потоком. Когда поток встречает параллельную конструкцию, он создает новую группу потоков, состоящую из себя и неотрицательного числа дополнительных потоков, и становится главным в новой группе. Все члены новой группы (включая главный) выполняют код внутри параллельной конструкции. В конце параллельной конструкции имеется неявный барьер. После параллельной конструкции выполнение пользовательского кода продолжает только главный поток. Число потоков в группе, выполняющихся в области параллельности, можно контролировать несколькими способами. Один из них – использование переменной среды OMP_NUM_THREADS. Другой способ – вызов процедуры omp_set_num_threads(). Еще один способ – использование выражения num_threads в сочетании с прагмой parallel.
В OpenMP поддерживаются две основных конструкции разделения работы для указания того, что работу в области параллельности следует разделить между потоками группы. Эти конструкции разделения работы – циклы и разделы.
Прагма #pragma omp for используется для циклов;
Прагма #pragma omp sections используется для разделов – блоков кода, которые могут быть выполнены параллельно.
Прагма #pragma omp barrier дает всем потокам указание ожидать друг друга перед тем, как они продолжат выполнение за барьером. Как было отмечено выше, в конце области параллельности имеется неявный барьер.
Прагма #pragma omp master дает компилятору указание о том, что следующий блок кода должен выполняться только главным потоком.
Прагма #pragma omp single показывает, что следующий блок кода должен выполняться только одним потоком группы; этот поток не обязательно должен быть главным.
Прагма #pragma omp critical может использоваться для защиты блока кода, который должен выполняться одновременно только одним потоком.
Конечно, все эти прагмы имеют смысл только в контексте прагмы parallel (области параллельности).
OpenMP предоставляет ряд процедур, которые можно использовать для получения сведений о потоках в программе. В их число входят omp_get_num_threads(), omp_set_num_threads(), omp_get_max_threads(), omp_in_parallel() и другие. Кроме того, предоставляется ряд процедур блокировки, которые можно использовать для синхронизации потоков.
Все директивы OpenMP располагаются в комментариях и начинаются с одной из следующих комбинаций: !$OMP, C$OMP или *$OMP (напомним, что строка, начинающаяся с одного из символов «!», «C» или «*» по правилам языка Фортран считается комментарием). В дальнейшем изложении при описании конкретных директив для сокращения записи мы иногда будем опускать эти префиксы, хотя в реальных программах они, конечно же, всегда должны присутствовать. Все переменные окружения и функции, относящиеся к OpenMP, начинаются с префикса OMP_ . Для определения параллельных областей программы используется пара директив
!$OMP PARALLEL
< параллельный код программы >
!$OMP END PARALLEL
Для выполнения кода, расположенного между данными директивами, дополнительно порождается OMP_NUM_THREADS-1 нитей, где OMP_NUM_THREADS – это переменная окружения, значение которой пользователь, вообще говоря, может изменять. Процесс, выполнивший данную директиву (нить-мастер), всегда получает номер 0. Все нити исполняют код, заключенный между данными директивами. После END PARALLEL автоматически происходит неявная синхронизация всех нитей, и как только все нити доходят до этой точки, нить-мастер продолжает выполнение последующей части программы, а остальные нити уничтожаются. Параллельные секции могут быть вложенными одна в другую. По умолчанию вложенная параллельная секция исполняется одной нитью.
Необходимую стратегию обработки вложенных секций определяет переменная OMP_NESTED, значение которой можно изменить с помощью функции OMP_SET_NESTED.
Если значение переменной OMP_DYNAMIC установлено в 1, то с помощью функции OMP_SET_NUM_THREADS пользователь может изменить значение переменной OMP_NUM_THREADS, а значит и число порождаемых при входе в параллельную секцию нитей.
Значение переменной OMP_DYNAMIC контролируется функцией OMP_SET_DYNAMIC.
Необходимость порождения нитей и параллельного исполнения кода параллельной секции пользователь может определять динамически с помощью дополнительной опции IF в директиве !$OMP PARALLEL IF( <условие> ) Если <условие> не выполнено, то директива игнорируется и продолжается обработка программы в прежнем режиме.
Мы уже говорили о том, что все порожденные нити исполняют один и тот же код. Теперь нужно обсудить вопрос, как разумным образом распределить между ними работу. OpenMP предлагает несколько вариантов. Можно программировать на самом низком уровне, распределяя работу с помощью функций OMP_GET_THREAD_NUM и OMP_GET_NUM_THREADS, возвращающих номер нити и общее количество порожденных нитей соответственно. Например, если написать фрагмент вида:
IF( OMP_GET_THREAD_NUM() .EQ. 3 ) THEN
< код для нити с номером 3 >
ELSE
< код для всех остальных нитей >
ENDIF ,
то часть программы между директивами IF - ELSE будет выполнена только нитью с номером 3, а часть между ELSE – ENDIF – всеми остальными. Как и прежде, этот код будет выполнен всеми нитями, однако функция OMP_GET_THREAD_NUM() возвратит значение 3 только для нити с номером 3, поэтому и выполнение данного участка кода для третьей нити и всех остальных будет идти по-разному. Если в параллельной секции встретился оператор цикла, то, согласно общему правилу, он будет выполнен всеми нитями, т.е. каждая нить выполнит все итерации данного цикла. Для распределения итераций цикла между различными нитями можно использовать директиву
!$OMP DO [опция [[,] опция]:]
!$OMP END DO ,
которая относится к идущему следом за данной директивой оператору DO.
Опция SCHEDULE определяет конкретный способ распределения итераций данного цикла по нитям:
STATIC [,m] – блочно-циклическое распределение итераций: первый блок из m итераций выполняет первая нить, второй блок - вторая и т.д. до последней нити, затем распределение снова начинается с первой нити; по умолчанию значение m равно 1;
DYNAMIC [,m] – динамическое распределение итераций с фиксированным размером блока: сначала все нити получают порции из m итераций, а затем каждая нить, заканчивающая свою работу, получает следующую порцию опять-таки из m итераций;
GUIDED [,m] – динамическое распределение итераций блоками уменьшающегося размера; аналогично распределению DYNAMIC, но размер выделяемых блоков все время уменьшается, что в ряде случаев позволяет аккуратнее сбалансировать загрузку нитей;
RUNTIME – способ распределения итераций цикла выбирается во время работы программы в зависимости от значения переменной OMP_SCHEDULE.
Выбранный способ распределения итераций указывается в скобках после опции SCHEDULE, например:
!$OMP DO SCHEDULE (DYNAMIC, 10)
В данном примере будет использоваться динамическое распределение итераций блоками по 10 итераций. В конце параллельного цикла происходит неявная барьерная синхронизация параллельно работающих нитей: их дальнейшее выполнение происходит только тогда, когда все они достигнут данной точки. Если в подобной задержке нет необходимости, то директива END DO NOWAIT позволяет нитям уже дошедшим до конца цикла продолжить выполнение без синхронизации с остальными. Если директива END DO в явном виде и не указана, то в конце параллельного цикла синхронизация все равно будет выполнена. Рассмотрим следующий пример, расположенный в параллельной секции программы:
!$OMP DO SCHEDULE (STATIC, 2)
DO i = 1, n
DO j = 1, m
A( i, j) = ( B( i, j-1) + B( i-1, j) ) / 2.0
END DO
END DO
!$OMP END DO
В данном примере внешний цикл объявлен параллельным, причем будет использовано блочно-циклическое распределение итераций по две итерации в блоке. Относительно внутреннего цикла никаких указаний нет, поэтому он будет выполняться последовательно каждой нитью.
Параллелизм на уровне независимых фрагментов оформляется в OpenMP с помощью директивы SECTIONS - END SECTIONS:
!$OMP SECTIONS
< фрагмент 1>
!$OMP SECTIONS
< фрагмент 2>
!$OMP SECTIONS
< фрагмент 3>
!$OMP END SECTIONS
В данном примере программист описал, что все три фрагмента информационно независимы, и их можно исполнять в любом порядке, в частности, параллельно друг другу. Каждый из таких фрагментов будет выполнен какой-либо одной нитью. Если в параллельной секции какой-то участок кода должен быть выполнен лишь один раз (такая ситуация иногда возникает, например, при работе с общими переменными), то его нужно поставить между директивами SINGLE - END SINGLE. Такой участок кода будет выполнен нитью, первой дошедшей до данной точки программы.
Одно из базовых понятий OpenMP – классы переменных. Все переменные, используемые в параллельной секции, могут быть либо общими, либо локальными. Общие переменные описываются директивой SHARED, а локальные директивой PRIVATE. Каждая общая переменная существует лишь в одном экземпляре и доступна для каждой нити под одним и тем же именем. Для каждой локальной переменной в каждой нити существует отдельный экземпляр данной переменной, доступный только этой нити. Предположим, что следующий фрагмент расположен в параллельной секции:
I = OMP_GET_THREAD_NUM()
PRINT *, I
Если переменная I в данной параллельной секции была описана как локальная, то на выходе будет получен весь набор чисел от 0 до OMP_NUM_THREADS-1, идущих, вообще говоря, в произвольном порядке, но каждое число встретиться только один раз. Если же переменная I была объявлена общей, то единственное, что можно сказать с уверенностью – мы получим последовательность из OMP_NUM_THREADS чисел, лежащих в диапазоне от 0 до OMP_NUM_THREADS-1 каждое. Сколько и каких именно чисел будет в последовательности заранее сказать нельзя. В предельном случае, это может быть даже набор из OMP_NUM_THREADS одинаковых чисел I0. Предположим, что все процессы, кроме процесса I0, выполнили первый оператор, но затем их выполнение по какой-то причине было прервано. В это время процесс с номером I0 присвоил это значение переменной I, а поскольку данная переменная является общей, то одно и то же значение затем и будет выведено каждой нитью.
Целый набор директив в OpenMP предназначен для синхронизации работы нитей. Самый распространенный способ синхронизации – барьер.
!$OMP BARRIER .Все нити, дойдя до этой директивы, останавливаются и ждут пока все нити не дойдут до этой точки программы, после чего все нити продолжают работать дальше.
Две директивы MASTER - END MASTER выделяет участок кода, который будет выполнен только нитью-мастером. Остальные нити пропускают данный участок и продолжают работу с выполнения оператора, расположенного следом за директивой END MASTER.
С помощью директив
!$OMP CRITICAL [ (<имя_критической_секции>) ]
...
!$OMP END CRITICAL [ (< имя_ критической_секции >) ],
оформляется критическая секция программы. В каждый момент времени в критической секции может находиться не более одной нити. Если критическая секция уже выполняется какой-либо нитью P0, то все другие нити, выполнившие директиву для секции с данным именем, будут заблокированы, пока нить P0 не закончит выполнение данной критической секции. Как только P0 выполнит директиву END CRITICAL, одна из заблокированных на входе нитей войдет в секцию. Если на входе в критическую секцию стояло несколько нитей, то случайным образом выбирается одна из них, а остальные заблокированные нити продолжают ожидание. Все неименованные критические секции условно ассоциируются с одним и тем же именем.
Частым случаем использования критических секций на практике является обновление общих переменных. Например, если переменная SUM является общей и оператор вида SUM=SUM+Expr находится в параллельной секции программы, то при одновременном выполнении данного оператора несколькими нитями можно получить некорректный результат. Чтобы избежать такой ситуации можно воспользоваться механизмом критических секций или специально предусмотренной для таких случаев директивой ATOMIC:
!$OMP ATOMIC
SUM=SUM+Expr .
Данная директива относится к идущему непосредственно за ней оператору, гарантируя корректную работу с общей переменной, стоящей в левой части оператора присваивания.
Поскольку в современных параллельных вычислительных системах может использоваться сложная структура и иерархия памяти, пользователь должен иметь гарантии того, что в необходимые ему моменты времени каждая нить будет видеть единый согласованный образ памяти. Именно для этих целей и предназначена директива
!$OMP FLUSH [ список_переменных ]. Выполнение данной директивы предполагает, что значения всех переменных, временно хранящиеся в регистрах, будут занесены в основную память, все изменения переменных, сделанные нитями во время их работы, станут видимы остальным нитям, если какая-то информация хранится в буферах вывода, то буферы будут сброшены и т.п.
Поскольку выполнение данной директивы в полном объеме может повлечь значительных накладных расходов, а в данный момент нужна гарантия согласованного представления не всех, а лишь отдельных переменных, то эти переменные можно явно перечислить в директиве списком.
