Репарація некомплементарних пар основ – місметчів

Незважаючи на редагування помилок під час реплікації, певна кількість невірно спарених основ залишається у синтезованих ланцюгах ДНК. Зрозуміло, що при репарації таких місметчів (mismatch) з двох некомплементарних нуклеотидів замінити слід саме той, що входить до синтезованого, а не до матричного ланцюга.

Рис. 9.26. Система репарації місметчів mutHLSU.

У бактеріальній клітині за репарацію місметчів відповідає так звана система mutHLSU. По бактеріальному геному розподілені (на середній відстані 256 пар основ) короткі паліндромні послідовності CTAG, у складі яких аденін піддається постреплікативному метилюванню. Але певний час після реплікації метильованим є лише матричний (материнський) ланцюг. Саме за цей час і спрацьовує система репарації (рис. 9.26): білок, що позначається як mutS, впізнає місметч і рекрутує білок mutL, останній взаємодіє з двома білками mutН, які зв'язуються з тетрануклеотидними паліндромними сайтами по обидва боки від місметча. У складі утвореного комплексу mutН набуває ендонуклеазної активності й робить одноланцюговий розріз у неметильованому ланцюзі в межах одного з сайтів (один з двох сайтів обирається випадково). Далі геліказа mutU (той самий білок, що й uvrD, див. вище) розплітає подвійну спіраль, а екзонуклеаза руйнує ланцюг від розрізу до місметча і трохи далі. Нарешті, прогалина заповнюється ДНК-полімеразою ІІІ, і одноланцюговий розрив зашивається лігазою.

Система mutHLSU є консервативною, гомологічні білки присутні також і в еукаріотів. Білки еукаріотичної системи репарації місметчів пов'язані з реплісомою та ланцюгами ДНК, що синтезуються, тобто спрацьовують безпосередньо під час реплікації.

Репарація без репарації

Іноді в клітині активуються процеси, які прийнято також називати репарацією, хоча насправді вони є засобом здійснити реплікативний синтез ДНК, “не звертаючи уваги“ на пошкодження її структури. Реплікативна машинерія зазвичай зупиняється, зустрічаючи пошкодження у складі матриці. Якщо таких пошкоджень надто багато, й істинні репараційні системи не встигають їх виправити, перемикання на неточний синтез ДНК дає клітині шанс на виживання. Пошкодження при цьому залишаються і, як наслідок, дають велику кількість мутацій. Усі процеси такого типу зазвичай об'єднують під назвою SOS-репарації.

Рис. 9.27. Постреплікативна (рекомбінаційна) репарація.

У прокаріотів перемикання на неакуратний синтез, який дозволяє долати перешкоди, відбувається завдяки взаємодії з реплісомою певних білків, синтез яких активується у відповідь на несприятливі умови (наприклад, ультрафіолетове опромінювання) і які “загрубляють“ роботу ДНК-полімерази. Крім того, долати невеликі одноланцюгові прогалини при SOS-репарації допомагає ДНК-полімераза ІІ – полімераза низької точності синтезу. Аналогічно, перемикання на полімерази низької точності (див. вище) відбувається й в еукаріотів при наявності в матриці пошкоджених основ, піримидинових димерів тощо.

Інший шлях здійснити реплікацію через тиміновий димер у складі матриці отримав назву постреплікативної (рекомбінаційної) репарації. При наявності тимінового димера реплісома може його обійти (не зовсім зрозуміло, як), залишивши прогалину у ланцюзі, що синтезується (рис. 9.27). У цьому випадку на місце прогалини шляхом гомологічної рекомбінації (див. наступний розділ) вставляється ділянка сестринської молекули ДНК. Прогалина, що залишається при цьому у сестринській молекулі, легко заповнюється ДНК-полімеразою. Таким чином, як і при SOS-репарації, пошкодження залишається і може бути виправлено пізніше завдяки ексцизійній репарації.