Команды

Один из принципов работы RasMol заключается в том, что каждому действию соответствует команда, набираемая в командном окне. Существует множество команд, позволяющих выделить отдельные атомы, визуализировать их с использованием различных моделей, окрасить в различные цвета.

Основные команды представлены в таблице 4.1.

Таблица 4.1 – Основные команды

Команда	Эффект					Комментарии
	Память компьютера		Графическое окно
	цвет	выделение	рисует	стирает	цвет
А. Выделение
select <множество>	–	+	–	–	–
restrict <множество>	–	+	–	+	–
Б. Рисование
backbone <число>	–	–	+	–	–	остовная модель
wireframe <число>	–	–	+	–	–	проволочная модель
cpk <число>	–	–	+	–	–	шариковая модель
spacefill	–	–	+	–	–	натуральная модель
В. Ластики
backbone off	–	–	–	+	–
wireframe off	–	–	–	+	–
cpk off	–	–	–	+	–	стирает и spacefill
Г. Изменение цвета
color <цвет>	+	–	–	–	+
color <цвет по RGB>	+	–	–	–	+

"+" - изменение; "–" – нет изменения

select <множество> - выделяет множество (после выделения в командном окне появляется количество выделенных атомов, либо сообщение о том, что ни один атом не выделен);

restrict <множество> - выделяет множество и стирает из графического окна всё остальное;

wireframe 50 – добавляет к изображению в графическом окне проволочную модель выделенного множества с толщиной линий 50;

wireframe off – стирает из графического окна проволочную модель выделенного общества;

backbone 70 – добавляет к изображению в графическом окне остовную модель выделенного множества с толщиной линий 70;

cpk 200 – добавляет к изображению в графическом окне шариковую модель выделенного множества с диаметром шариков 200;

color <цвет> - окрашивает выделенное множество в указанный цвет, если при этом атомы не были изображены в графическом окне, то они не окрасятся (сначала необходимо визуализировать их);

define <имя> <множество> - определяет имя множества;

save pdb <имя файла> - сохраняет список выделенных атомов в формате PDB

select within(3.5,124:а) and water

save pdb waters_hbonded_to_aa_124A.pdb

Для того, чтобы произвести команду над каким-либо множеством, его нужно задать. Способы задания множества:

- один атом: ser15:a.og (атом OG из серина 15 цепи А)

- все атомы заданного остатка: 15:a

- все атомы диапазона остатков: 10-28:a

- все атомы цепи А: *:a

- все Сα атомы: *.ca

- все: all

- ничего (пустое множество): none (restrict none очищает графическое окно)

- все атомы белка: protein

- все атомы воды: water

- все остовные атомы: backbone

- все атомы кислорода: oxygen, азота: nitrogen, железа: iron

- все атомы цепи ДНК: dna, РНК: rna

- все атомы цистеина: cys

- атомы серы остатков цистеина: cys.sg

Так же для задания множества могут быть использованы простейшие логические операторы:

логическое «или»: запятая или «or» – 15:a,17:a,19:a (все атомы трёх остатков)

логическое «и», пересечение множеств: «and» – ser and *:a (все атомы всех серинов из цепи А)

логическое «не», дополнение к множеству: «not» – not protein (все атомы небелковой природы)

Отдельное внимание стоит уделить оператору «within»:

within(4.5,dna) – множество атомов, расположенных ближе 4,5 А от ДНК

ser and within(5.0,dna and backbone) – множество атомов серина, расположенных ближе 5 А от остова ДНК

select water and within(3.9,ser:15a.og) cpk 200 – выведет в графическое окно в виде шариков диаметром 200 все атомы, находящиеся ближе 3,9 А от данного атома

Операторы можно использовать как отдельно, так и в различных комбинациях. Примеры:

*:b and *.ca,*.cb

dna and not backbone

(leu,met,val,ile) and *.1 and backbone

not (protein,dna,water)

select protein or dna

select not water

select within(3.5,his)

Чтобы лучше понять принцип работы с операторами, попробуйте сами определить, какие команды выполняются при использовании комбинаций операторов, приведенных выше.