- •Словарь основных терминов
- •Биомасса (Biomass)
- •Длинные концевые повторы, ltr (Long terminal repeats)
- •Периплазматическое пространство (Periplasmatic space)
- •Плазмидная несовместимость (Plasmid incompatibility)
- •Проект «Геном человека» (Human Genome Project)
- •Самореплицирующийся элемент (Self-replicating element)
- •Функциональное картирование (Functional cloning)
- •Цитозин
Биомасса (Biomass)
1. Клеточная масса, образующаяся в результате жизнедеятельности живых организмов.
2. Органическое вещество, которое может использоваться как источник энергии или химических соединений.
Биореактор, ферментер (Bioreactor) Устройство, в котором протекают биохимические реакции при участии живых микроорганизмов, клеточных экстрактов или ферментов. Часто этот термин относится к сосуду, в котором растут микроорганизмы.
Биотиновое мечение (Biotin labeling)
1. Присоединение молекулы биотина к молекуле другого вещества.
2. Включение биотинсодержащего нуклеотида в молекулу ДНК.
Биохимия - научная дисциплина, исследующая химический состав жи-вых существ, химические реакции в них и закономерный порядок этих реакций, обеспечивающий обмен веществ.
Блоттинг (Blotting) Перенос разделенных молекул из одной среды (например, геля) на твердый носитель (бумагу, нитроцеллюлозный фильтр).
Бокс Прибнова (Pribnow box) Нуклеотидная последовательность у прокариот, расположенная за 10 нуклеотидов до сайта инициации транскрипции. Обычно состоит из 6 нуклеотидов: ТАТААТ.
Бокс Хогнесса (Hogness fox) Нуклеотидная последовательность у эукариот, расположенная за 25 нуклеотидов до сайта инициации транскрипции. Обычно состоит из 8 нуклеотидов.
Брешь, пробел (Gap) Отсутствие одного или нескольких нуклеотидов в одной из цепей двухцепочечной ДНК.
Брожение - процесс ферментативного расщепления органических веществ, преимущественно углеводов, протекающий без использования
кислорода. Служит источником энергии для жизнедеятельности организма и играет большую роль в круговороте веществ в природе.
Быстрая амплификация концов кДНК, RASE (Rapid amplification of cDNA ends) Получение двухцепочечных концевых участков кДНК, комплементарных 3'- или 5'-концам молекул специфических мРНК (3'RACE или 5'RACE соответственно).
Вакцинация (Vaccination, preventive immunization) Введение в организм антигена с тем, чтобы индуцировать в нем выработку антител к возможному инфицирующему агенту.
Вариабельные домены (Variable domains) Участки полипептидных цепей антитела, имеющие неодинаковую аминокислотную последовательность у молекул разных антител. Отвечают за антигенную специфичность последних.
Вектор (Vector) Самореплицирующаяся молекула ДНК (например, бактериальная плазмида), используемая в генной инженерии для переноса генов от организма-донора в организм-реципиент, а также для клонирования нуклеотидных последовательностей.
Вектор. Автономно реплицирующаяся в клетке-хозяине молекула ДНК, к которой можно присоединить фрагмент ДНК, чтобы обеспечить его репликацию; например, плазмида или ДНК умеренного фага.
Вестерн-блоттинг (Western blotting) Перенос белковых молекул, разделенных с помощью гель-электрофореза, на твердую подложку.
Вирион (Virion) Вирусная частица.
Вирулентность (Virulence) - характеристика патогенное™ микроорганизма.
Вирус. Самореплицирующийся инфекционный комплекс нуклеиновой кислоты и белка, содержащий ДНК- или РНК-хромосому и требующий для своей репликации интактную клетку-хозяина.
Вирус-помощник (Helper virus) Вирулентный штамм вируса, в присутствии которого дефектный вирус может размножаться в клетке-хозяине.
Витамин. Органическое вещество, которое должно присутствовать в пище в следовых количествах; большинство витаминов представляет собой составную часть определенных коферментов.
Витамины незаменимые пищевые факторы, не использующиеся организмом в качестве источника энергии и не включающиеся в состав тканей.
Витамины — низкомолекулярные органические соединений различной химической природы, катализаторы, биорегуляторы процессов, протекающих в живом организме.
Внешний обмен — внеклеточное превращение веществ на путях их поступления и выделения.
Внутренний сайт связывания рибосомы, IRES (Internal ribosomal entry site) Нетранслируемая последовательность, расположенная после одного из кодирующих участков полицистронной мРНК, которая связывается с малой рибосомной субчастицей и образует инициирующий комплекс.
Водородная связь. Сравнительно слабое электростатическое притяжение между электроотрицательным атомом и атомом водорода, ковалентно связанным с другим электроотрицательным атомом.
Восстановление. Приобретение соединением электронов.
Время генерации (Generation time) Время, за которое в популяции одноклеточных организмов удваивается число клеток. Называется также временем удвоения.
Всасывание. Поступление продуктов пищеварения из кишечника в кровь.
Вставка (Insert) Сегмент ДНК, встроенный в клонирующий вектор.
Вставочная мутация. Мутация, вызванная вставкой дополнительного основания между двумя последовательно расположенными основаниями ДНК.
Вторичная структура белка — способ укладки полипептидной цепи в упорядоченную структуру.
Вторичная структура белка. Регулярная конформация остова полипептидной цепи.
Вторичный метаболит (Secondary metabolite) Вещество, не являющееся обязательным для роста или функционирования клетки, но синтезирующееся в стационарной фазе (обычно участвует в защите клеток или микроорганизмов от тех или иных воздействий).
«Вырожденные» праймеры (Degenerate primers) Синтетические олигонуклеотиды, в одном из сайтов которых находятся разные основания
Вырожденный код. Код, в котором один элемент на каком-то одном языке кодируется несколькими элементами на другом языке.
wr-Гены (vir Genes) Группа генов Ti-плазмиды, обеспечивающие перенос Т-ДНК в растительную клетку.
Высокоэнергетическое соединение. Соединение, гидролиз которого в стандартных условиях сопровождается значительным уменьшением свободной энергии.
Гамета (Gamete) Репродуктивная гаплоидная клетка многоклеточного организма.
Гаплоидный (Haploid) Термин, характеризующий организм (клетку), у которого имеется один набор хромосом.
Гаплотип (Haplotype) Комбинация аллелей на одной хромосоме диплоидного организма.
Гем – металлопорфириновый комплекс, небелковая часть гемпротеидов (гемоглобина, миоглобина, каталазы, цитохромов, пероксидаз).
Гем. Железопорфириновая простетическая группа гемопротеинов.
Гемоглобин. Гемсодержащий белок красных кровяных клеток (эритроцитов), принимающий участие в переносе О2.
Ген (Gene) Транскрибируемый участок хромосомы, кодирующий функциональный белок либо тРНК или рРНК.
Ген. Участок хромосомы, который кодирует одну или несколько полипептидных цепей или молекулу РНК.
Ген «самоубийства», «суицидальный» ген (Suicide gene) Ген, вызывающий при определенных условиях гибель собственной клетки.
Генетическая информация. Наследственная информация, содержащаяся в нуклеотидной последовательности хромосомной ДНК или РНК.
Генетический код свойственная живым организмам единая система записи наследственной информации в молекулах нуклеиновых кислот в виде последовательности нуклеотидов. Реализация генетического кода
Генетический код (Genetic code) Система записи генетической информации в виде последовательности нук-леотидов, в которой каждые три нуклеотида, составляющие кодон, кодируют одну аминокислоту. Состоит из 64 кодонов, кодирующих все 20 аминокислот и три терминирующих кодона.
Генетический код. Набор кодовых слов (триплетов) в ДНК кодирующих аминокислоты белков.
Геном совокупность генов, содержащихся в гаплоидном наборе хромо-
сом клетки. В геноме каждый ген представлен одним геном из аллели.
Геном представляет собой совокупность наследственных признаков,
локализованных в ядре клетки.
Геном (Genome) Совокупность генов гаплоидного набора хромосом данного организма.
Геном. Совокупность всех генов организма.
Геномная библиотека, банк (библиотека) генов (Genome library) Набор клонированных фрагментов ДНК, в совокупности составляющих индивидуальный (групповой, видовой) геном. Если речь идет о крупном геноме (млекопитающие), то получают хромосомоспецифич-ные библиотеки.
Генотип (Genotype) Генетическая конструкция организма, набор всех его аллелей .
Генотипирование (Genotyping) Определение всех аллелей всех локусов данной хромосомы.
Ген-регулятор (Regulator gene, represser gene) Ген, кодирующий белок-репрессор, который связывается с оператором и регулирует транскрипцию «своего» оперона.
Ген-репортер (Reporter gene) Ген, кодирующий легко выявляемый продукт. Такие гены используют, например, для того, чтобы убедиться, что данная генетическая конструкция успешно введена в клетку, орган или ткань.
Гены «домашнего хозяйства» (Housefold genes) Набор основных структурных генов, обеспечивающих жизнедеятельность клетки.
Гетерозигота (Heterozygote) Организм, в геноме которого имеются одна или несколько пар различающихся аллелей.
Гетерологичный зонд (Heterologous probe) Сегмент ДНК одного организма, использующийся для скрининга библиотеки сходных ДНК другого организма.
Гетеромерный белок (Heteromeric protein) Белок, состоящий из двух и более разных полипептидных цепей (субъединиц).
Гибридизация (Hybridization) Отжиг двух полинуклеотидных цепей, часто из разных источников, с образованием ДНК/РНК - или ДНК/ДНК-гибридов, стабилизируемых водородными связями.
Гибридизация ДНК (DNA hybridization) Спаривание двух молекул ДНК, часто из разных источников, благодаря образованию водородных связей между комплементарными нуклеотидами. Используется для выявления специфических нуклеотидных последовательностей в препарате ДНК.
Гибридный белок, химерный белок (Fusion protein) Продукт клонированных совместно двух или более кодирующих последовательностей из разных генов. Представляет собой одну полипептидную цепь.
Гибридный ген (Hybrid gene, chimeric gene) Ген, состоящий из частей двух или нескольких генов и экспрес-сирующийся как единое целое с образованием гибридного (химерного) белка.
Гибридома (Hybridoma) Гибридная клеточная линия, полученная при слиянии нормальных антителообразу-ющих клеток (лимфоцитов) и миеломных клеток. Обладает способностью к неограниченному росту и синтезу моноклональных антител.
З'-гидроксильная группа (З'-hydroxyl group) Гидроксильная группа, связанная с 3'-атомом углерода сахарного остатка (рибозы или дезоксирибозы) концевого нуклеотида молекулы нуклеиновой кислоты.
Гидролиз. Расщепление молекулы на две или несколько меньших молекул в реакции с водой.
Гидрофильный. «Водолюбивый»; так говорят о полярных или заряженных молекулах либо о группах, которые ассоциируются с водой.
Гидрофобный. «Ненавидящий воду»; так говорят о неполярных молекулах или группах, которые не растворимы в воде.
Гипервариабельный участок (Hypervariable region) Сайт вариабельной части тяжелой или легкой цепи молекулы иммуноглобулина, характеризующийся большей изменчивостью у антител разной специфичности по сравнению с другими ее сегментами - каркасными участками.
Гистоны – белки с повышенным содержанием основных аминокислот, связаны с ядерной ДНК. Разделяются на 5 классов: Н1, Н2А, Н2В (богаты лизином), Н3 и Н4 (богаты аргинином).
Гистоны. Группа основных белков, связанных с хромосомами эукариотических клеток.
Гликоген - полисахарид, образованный остатками глюкозы; основной
запасной углевод человека и животных. Гликоген откладывается в виде гранул в цитоплазме клеток. При недостатке в организме глюкозы гликоген под воздействием ферментов расщепляется до глюкозы, которая поступает в кровь.
Гликогенолиз — процесс распада гликогена.
Гликогеногенез — биосинтез гликогена.
Гликолиз - метаболический путь анаэробного распада глюкозы до пиро-
виноградной кислоты.
Гликолиз. Тип брожения, при котором глюкоза расщепляется на две молекулы пирувата.
Гликолиз — процесс распада глюкозы в анаэробных условиях, конечным продуктом которого является молочная кислота.
Гликолипиды сложные липиды, содержащие углеводный компонент, аминоспирт сфингозин и остаток жирной кислоты. К ним относятся цереброзиды, ганглиозиды и сульфолипиды.
Гликолипиды - сложные липиды, содержащие остатки сахаров. Гликолипиды являются структурными компонентами клеточных мембран.
Гликолипиды — сложные эфиры ВЖК и сфингозина, в состав которых входит углеводная компонента.
Гликозилирование (Glycosylation) Ковалентное присоединение сахарного остатка к белковой молекуле.
Гликопротеиды – молекулярные комплексы углеводов и белков, соединенные ковалентно. Например, иммуноглобулины, церулоплазмин, трансферрин, фибриноген, протромбин, рибонуклеаза, гонадотропины.
Глиоксилатный цикл. Разновидность цикла лимонной кислоты, используемая бактериями и рядом растительных клеток для превращения ацетата в сукцинат и в конечном итоге в новый углевод.
Глицериды - сложные эфиры глицерина и жирных кислот. В некоторых
случаях одна из гидроксильных групп глицерина образует эфирную
связь с фосфорной кислотой (глицерофосфолипиды).
Глобулярный белок. Растворимый белок, полипептидная цепь которого плотно свернута в пространстве с образованием глобулы.
(3-1,3-глюканаза ((i-l,3-glucanase) Растительный фермент, синтезируемый клетками растений в ответ на проникновение в них патогенных грибов. Гидролизует определенные компоненты клеточной стенки последних. Синтезируется также некоторыми бактериями.
Глобулярные белки – белки с шарообразной формой молекулы, растворимы в воде. К ним относятся, например, все ферменты, альбумины, гистоны.
Глюкогенные аминокислоты. Аминокислоты, углеродная цепь которых может быть превращена в процессе метаболизма в глюкозу или гликоген.
Глюконеогенез - метаболический путь биосинтеза глюкозы из пировиноградной кислоты.
Глюконеогенез — синтез глюкозы из неуглеводных источников.
Глюконеогенез. Биосинтез новых углеводов из неуглеводных предшественников.
Гомеостаз — поддержание нормального постоянного внутреннего состояния организма.
Гомозигота по доминантному гену (Homozygous dominant) Организм, у которого оба аллеля данного локуса доминантны.
Гомозигота по рецессивному гену (Homozygous recessive)
Организм, у которого оба аллеля данного локуса рецессивны.
Гомозиготность (Homozigosis) Наличие идентичных аллелей в одном или нескольких локусах. Клетка или организм с такими аллелями называется гомозиготой.
Гомологичные хромосомы (Homologous chromosomes)
Хромосомы, включающие идентичные наборы генов, одинаково расположенных друг относительно друга. Образуются в результате дупликации пар родительских хромосом.
Гомологичные (Homologous) Происходящие из одного источника или имеющие сходную структуру или эволюционное происхождение.
Гомологичные белки. Белки с одинаковой функцией и сходными свойствами у разных видов организмов, например гемоглобины.
Гомомерный белок (Homomeric protein) Белок, состоящий из двух или более идентичных полипептидных цепей (субъединиц).
Гомополимер (Homopolymer) Полимер, состоящий из одинаковых мономерных единиц.
Гормон. Химическое вещество, которое синтезируется в следовых количествах эндокринной тканью и выполняет роль посредника в регулировании функции другой ткани или органа.
Гормоны - биологически активные вещества, вырабатываемые в организме специализированными клетками или органами (железами внутренней секреции) и оказывающие целенаправленное влияние на деятельность других органов и тканей.
Группа несовместимости (Incompatibility group) Группа плазмид, представители которых могут сосуществовать в одной клетке.
Группа совместимости (Compatibility group) Группа плазмид, члены которой не способны сосуществовать в одной бактериальной клетке.
Гуанин, G (Guanine) Пуриновое основание, комплементарное цитозину. Одно из четырех азотистых оснований, входящих в состав ДНК и РНК.
Гуморальный иммунный ответ (Humoral immune response) Синтез антител В-клетками иммунной системы в ответ на присутствие в организме чужеродных антител.
Дальтон – единица молекулярной массы белков и нуклеиновых кислот, равная 1/12 массы атома углерода. 1 Да=1,661. 10-24 г.
Двойная гетерозигота (Double heterozygote) Организм, гетерозиготный одновременно по двум генным локусам.
Двойная спираль. Спираль, образованная двумя комплементарными антипараллельными цепями ДНК или РНК.
Двойной кроссинговер (Double crossingover) Кроссинго-вер, происходящий одновременно в двух точках пары гомологичных хромосом.
Двухцистронный вектор (Dicistronic vector) Клонирующий вектор, предназначенный для экспрессии двух генов в одной клетке млекопитающих. Гены находятся под контролем одного промотора и сигнала полиаде-нилирования.
Дегалогенирование (Degalogenation) Отщепление атома галогена (хлора, иода, брома, фтора), обычно при биодеградации.
Дегидрогеназы – ферменты, относящиеся к классу оксидоредуктаз. Субстрат, на который они действуют, является донором протона.
Дегидрогеназы. Ферменты, катализирующие удаление из субстрата двух атомов водорода.
Дезаминирование отщепление аминогруппы от азотсодержащего органического соединения (аминокислоты, азотистого основания и др.). По механизму реакции различают окислительное, гидролитическое и др. виды дезаминирования.
Дезаминирование — процесс отщепления аммиака.
Дезаминирование. Ферментативное удаление аминогрупп из аминокислот.
Дезоксирибоза (Deoxyribose) Пятиуглеродный моносахарид, входящий в состав ДНК.
Дезоксирибозим (Deoxyribozyme) Молекула ДНК, обладающая каталитической активностью.
Дезоксирибонуклеаза I, ДНКаза I (Deoxyribonuclease I, DNase I) Фермент, расщепляющий двухцепочечную ДНК. Используется для очистки препаратов РНК и бесклеточных экстрактов.
Дезоксирибонуклеиновая кислота, ДНК (Deoxyribonucleic acid, DNA) Полимер, состоящий из дезоксирибонукле-тидов; видоспецифичный носитель генетической информации.
Дезоксирибонуклеотиды. Нуклеотиды, содержащие в качестве пентозного компонента 2-дезокси-D-рибозу.
Декарбоксилирование - отщепление карбоксильной группы карбоновой
кислоты в виде углекислого газа.
Декарбоксилирование — процесс отщепления оксида углерода (IV).
Делеция (Deletion) Выпадение участка хромосомы из ее внутренней области.
Делеционная мутация. Мутация, возникшая в результате утраты одного или большего числа нуклеотидов из гена.
Денатурация - любые изменения природной (нативной) структуры молекулы белка, нуклеиновой кислоты и других биополимеров, не сопровождающиеся разрывом прочных ковалентных химических связей. Денатурация ведет к изменению физических, химических и биологических свойств биополимера. Может быть полной и частичной, обратимой и необратимой.
Денатурация – процесс разрушения пространственной структуры (нативной конформации) белков и нуклеиновых кислот с потерей ими физико-химических и биологических свойств. Вызывается денатурирующими агентами: физическими – температура, давление, ультразвук, ионизирующее излучение; химическими – кислоты, щелочи, органические растворители, детергенты, амиды, тяжелые металлы, алкалоиды.
Денатурация (Denaturation) 1. Расхождение цепей двухцепочечной молекулы ДНК или РНК. 2. Нарушение нативной конформации биологических макромолекул в результате разрушения нековалентных (водородных) связей.
Денатурация. Частичное или полное расплетание полипептидной цепи (цепей) белка с утратой его специфической природной конформации.
Денатурированный белок. Белок, утративший свою природную конформацию под воздействием какого-либо стабилизирующего фактора, например при нагревании.
Дерепрессия (Derepression) Индукция транскрипции гена в результате подавления функций репрессора — блокирования его связывания с промотором.
Диабет сахарный. Болезнь, вызванная нарушением метаболизма из-за нехватки инсулина и характеризующаяся трудностью транспорта глюкозы из крови в клетки при нормальных концентрациях глюкозы.
Диазотроф (Diazotroph) Организм, способный фиксировать азот.
Диализ. Удаление молекул малого размера из раствора макромолекул за счет диффузии первых в воду через полупроницаемую мембрану.
Диаминопимелиновая кислота (Diaminopimelic acid) Непосредственный предшественник L-лизина у бактерий и растений, один из компонентов клеточной стенки у некоторых бактерий.
Дигидрофолатредуктаза (Dihydrofolatereductase) Фермент, катализирующий образование тетрагидрофолиевой кислоты.
Дидезоксннуклеотид, ddNTP (Dideoxynucleotide) Полученный искусственным путем нуклеозидтрифосфат, лишенный 2'- и З'-гидроксильных групп при углеродных атомах сахарного кольца.
Дикий тип (Wild type) Наиболее часто встречающийся в природной популяции фенотип с признаками, детерминируемыми «нормальными» (немутантными) аллелями.
Диплоид (Diploid) Организм, клетки которого содержат два гомологичных набора хромосом.
Дисульфидная связь (Bisulphide bond) Ковалентная связь между двумя атомами серы, входящими в молекулы цистеина. Стабилизирует третичную структуру полипептидных цепей.
Дисульфилный мостик. Ковалентная поперечная связь, образующаяся между цистеиновыми остатками двух полипептидных цепей.
Дитиотрейтол (Dithiothreitol) Низкомолекулярный ти-олсодержащий восстанавливающий агент. Добавляется в буферные растворы в низкой концентрации для предотвращения окисления сульфгидрильных групп в белках. В высоких концентрациях используется для восстановления дисульфидных связей.
