Расчёты и преобразования

http://molbiol.ru/scripts/#a_1

Нуклеотидные последовательности (НП) >>>

Операции с НП >>>

Чтение вслух НП >>>

Трансляция НП >>>

Предсказание НП по аминокислотной >>>

Поиск редких кодонов в кодирующей НП >>>

Случайная последовательность, мутагенез, перестановки НП >>>

Трёхбуквенный-однобуквенный код >>>

Анализ последовательности белка >>>

Вычисления >>>

Расчёт параметров PCR >>>

Спектрофотометрическое измерение концентрации нукл. кислот >>>

Пересчёт скорости вращения в ускорение >>>

Вычисление времени роста бактерий >>>

Связь биологического количества dNTP’s с радиоактивностью >>>

Конверсия >>>

Конверсия: масса - моли (для белков) >>>

Конверсия: масса - моли (для нукл. кислот) >>>

Конверсия ДНК/белок >>>

Пересчёт молярного количества в молярную концентрацию >>>

Конверсия единиц измерения >>>

Прописи растворов >>>

Программы были подготовлены специально для "Практической молекулярной биологиии". Были автоматизированы те расчёты, которые реально полезны в лабораторной практике. Все программы написаны на JavaScript, для пользователей это означает, что если сохранить страницу на собственном компьютере, то программой можно будет пользоваться не выходя в интернет.

Нуклеотидные последовательности

Операции с нуклеотидной последовательностью

Форма проводит простые манипуляции с нуклеотидной последовательностью (чтение в обратную сторону, чтение комплементарной, перевод в двухцепочечную). Она понимает стандартные обозначения полиморфных нуклеотидов. Можно проводить как одиночное преобразование, так и несколько преобразований одновременно.

Чтение вслух нуклеотидной последовательности

Форма читает вслух последовательность. Можно произвольно задать скорость чтения, выбрать русского или английского диктора. Есть команды "пауза" и "начать сначала". Понимаются стандартные обозначения полиморфных нуклеотидов.

Предсказание нуклеотидной последовательности по аминокислотной

Предсказание нуклеотидной последовательности по белковой. Учитывается частота встречаемости кодонов в лабораторных организмах: Homo sapiens, Mus musculus, Drosophila melanogaster, Arabidopsis thaliana, Saccharomyces cerevisiae, Pichia pastoris, Escherichia coli.

Трансляция нуклеотидной последовательности

Форма проводит трансляцию нуклеотидной последовательности в выбранных рамках считывания, при этом правильно воспринимает полиморфные нуклеотиды. Можно выбирать несколько рамок одновременно. Можно переключаться между трёхбуквенным и однобуквенным кодом.

Поиск редких кодонов в кодирующей последовательности

Одна из проблем при экспрессии белков связана с редкими кодонами в кодирующей последовательности. Кроме интерактивной формы, позволяющей проанализировать частоты встречаемости кодонов в конкретной последовательности, на сайте имеется таблица частоты встречаемости кодонов в распространённых лабораторных организмах.

Случайная последовательность, мутагенез, перестановки НП

Для моделирования или оценки работы компьютерных программ анализа удобно использовать случайные нуклеотидные последовательности. Идея программы взята с "The Sequence Manipulation Suite" /P. Stothard/. Кроме того, можно устроить перестановку определенной последовательности или её мутагенез.

Трёхбуквенные-однобуквенные аминокислотные последовательности

Облегчает жизнь, когда требуется перевести однобуквенную аминокислотную последовательность в трёхбуквенную (например, когда код толком не помнишь), или наоборот - переписать трёхбуквенную (например, для ввода в компьютер). Однобуквенная запись по желанию - прописными или строчными буквами. Заодно программа считает молекулярный вес белка. Идея программы взята с "The Sequence Manipulation Suite" /P. Stothard/.

Анализ последовательности белка

Программа рассчитывает брутто-формулу (с учетом естественного содержания изотопов), процентный состав, изоэлектрическую точку, заряд при заданном pH и молекулярный вес белков (авторы: Клименков Виталий, Широкая Александра, Авдей Алексей; http://vitalonic.narod.ru/biochem/index.html).