З неполярними (гідрофобними) радикалами,
З полярними (гідрофільними) радикалами.
[1]. До першої групи відносяться α-амінокислоти з:
аліфатичним (аланин, валін, лейцин, ізолейцин, метіонін),
ароматичним (фенилаланин, триптофан) бічними радикалами.
Бічні ланцюги в гідрофобних амінокислотах особливим чином взаємодіють з оточуючими молекулами води, такі сполуки проявляють дуже близькі властивості, які лише слабо залежать від будови бічних ланцюгів.
[2]. До другої групи належать α-амінокислоти, у яких в радикалі є полярні функціональні групи, здатні до іонізації (іоногенні) або не здатні переходити в іонний стан (неіоногенні) в умовах організму.
Наприклад, в тирозині гідроксильна група іоногенна (має фенольний характер), в серині — неіоногенна (має спиртову природу).
[2.1]. Полярні α-амінокислоти з іоногенними групами в радикалах в певних умовах можуть знаходитися в іонному стані, тобто нести негативний або позитивний заряди.
У білках іоногенні групи радикалів, як правило, розташовуються на поверхні макромолекул і обумовлюють іонні (електростатичні) взаємодії.
[2.2]. В ролі полярних неіоногенних груп в радикалах часто виступають спиртові гідроксильні або амідні групи.
Полярні неіоногенні радикали можуть розташовуватися як на поверхні, так і всередині білкових молекул. Вони беруть участь в утворенні водневих зв'язків з іншими полярними групами.