- •Оглавление
- •Введение
- •1. Общие принципы организации везикулярного транспорта
- •1.1. Понятие о везикулярном транспорте: определение, его роль в клетке и в организме в целом
- •1.2. Общее представление об основных транспортных путях: биосинтетическом (экзоцитозном) и эндоцитозном. Ретроградный и антероградный транспорт
- •1.3. Основные стадии транспортного процесса
- •1.4. Малые гтфазы, принципы их действия
- •1.5. Формообразование и везикулярный транспорт. Роль липидов и белков
- •1.6. Методологические подходы к изучению везикулярного танспорта
- •2.Характеристика основных транспортных путей
- •2.1. Биосинтетический и экзоцитозный путь
- •2.1.1. Основные компартменты биосинтетического пути: эндоплазматический ретикулум и аппарат Гольджи
- •2.1.2. Прохождение грузов через аппарат Гольджи. Обзор современных гипотез
- •2.1.3. Транс-сеть аппарата Гольджи – основная сортирующая стадия биосинтетического пути
- •2.1.4. Секреторный, или экзоцитозный путь
- •2.2. Эндоцитозный путь. Общая характеристика
- •2.2.1. Пути входа макромолекул в клетку
- •2.2.2. Основные компартменты эндоцитозного пути. Ранние, рециклирующие и поздние эндосомы. Мультивезикулярные тела (мвт). Лизосомы
- •2.2.3. Общие принципы организации эндоцитозного пути
- •2 .2.4. Ранние эндосомы ― главная сортирующая стадия эндоцитозного пути. Возможные механизмы сортировки на путь рециклирования и лизосомной деградации
- •2.2.5. Проблемы идентификации ранних и поздних эндосом. Современные представления об организации эндоцитозного пути. Роль мультивезикулярных эндосом и лизосом
- •3. Формирование транспортных пузырьков
- •3.1. Окаймления и их типы
- •3.2. Сорi окаймление
- •3.3. Copii-окаймление
- •3.4. Клатриновые окаймления. Строение адапторных комплексов семейства ар и gga. Клатрин
- •3.4.1. Сборка gga- и ap1-зависимых окаймлений
- •3.4.2. Сборка aр3 окаймления
- •3.4.3. Aр4 окаймление
- •3.4.4. Сборка и разборка ар2-окаймления
- •3.4.5. Динамин – атипичная гтФаза. Динамин-подобные белки
- •3.4.6. Механизмы сортировки грузов в клатрин-окаймленные ямки
- •3.4.7. Окаймления. Заключение
- •4. Регуляция слияния мембран
- •4.1. Характеристика компонентов системы nsf-snap-snare
- •4.1.1. Принцип действия snare-комплекса
- •4.2.1. Первый цикл после синтеза de novo
- •4.3. Взаимодействие rab-белков и snare в ходе слияния мембран. 3 фазы слияния
- •4.4. Полное слияние и полуслияние (semifusion). Механизм «kiss-and-run». Реорганизация липидных бислоев в процессе слияния
- •4.6. Роль ионов кальция в регуляции слияния
- •5.1. Роль rab-белков в транспортировке грузов
- •6. Липиды и везикулярный транспорт
- •6.1. «Трансмембранная» ассиметрия распределения липидов в мембранах
- •6.2. Латеральная ассиметрия распределения липидов в мембранах
- •6.3. Липиды и формообразование
- •6.4. Фосфатидилинозитиды как регуляторы транспортных процессов
- •6.4.1. Фосфоинозитиды и экзоцитозный путь
- •6.4.2. Фосфоинозитиды на эндоцитозном пути. Механизм действия Vps34
- •6.4.3. Механизм действия фосфорилированых форм PtdIns
- •7. Роль убиквитинирования в регуляции везикулярного транспорта белков
- •7.1. Типы убиквитинирования: моно-, мульти- и полиубиквитинирование
- •7.2. Убиквитин-конъюгирующая система. Деубиквитинирование. Убиквитин-узнающие домены
- •7.3. Убиквитинирование и регуляция эндоцитоза. Убиквитинирование белков-грузов и регуляторных белков
- •7.4. Убиквитин-подобные белки, их роль в транспортных процессах. Связь убиквитин-зависимых механизмов сортировки белков с направлением инвагинации мембраны
- •7.5. Убиквитинирование. Заключение
- •9. Роль цитоскелета в позиционировании органелл и транспортных процессах
- •9.1. Типы цитоскелета, их основные свойства
- •9.2. Цитоскелет и позиционирование органелл
- •9.3. Цитоскелет в транспортных процессах
- •9.3.1. Цитоскелет и транспорт по антероградному пути
- •9.3.2. Цитоскелет и эндоцитозный путь
- •9.3.3. Роль цитоскелета и везикулярного транспорта в обеспечении пигментации кожи и мимикрии
- •10. Везикулярный транспорт в митозных клетках
- •11. Регуляция эндоцитоза рецепторов эфр как пример функционирования транспортной машинерии
- •12. Эндоцитоз и передача сигнала
- •13. Патологии, связанные с нарушением функционирования транспортных систем
- •Заключение
- •Библиографический список
9. Роль цитоскелета в позиционировании органелл и транспортных процессах
9.1. Типы цитоскелета, их основные свойства
Как известно, поддержание формы клетки, способность изменять ее при действии различных внешних факторов, в том числе механических, клеточная подвижность и клеточное деление обеспечивается цитоскелетом. Состоя из длинных белковых полимеров, цитоскеле́т фактически является очень динамичным внутриклеточным каркасом. Он важен также для позиционирования (поддержания взаимного расположения) органелл и везикулярного транспорта.
Выделяют несколько основных типов цитоскелета. Это полимеры актина, состоящие из двух спирально скрученных цепочек, которые образуют микрофиламенты диаметром 7 нм; они формируют кортикальный (подмембранный) цитоскелет, стресс-фибриллы и фибриллы растущего края (ламеллиподии). Второй тип представлен микротрубочками – полыми цилиндрами диаметром 20 нм, образованными параллельно лежащими протофиламентами, состоящими из димеров альфа- и бета-тубулина, выстроенных по принципу «голова к хвосту». Промежуточные филаменты могут образовываться разными белками (виментиновые, кератиновые и т. д.) и имеют диаметр в среднем около 13 нм, за что и получили свое название. Также к цитоскелету можно отнести сети из белка спектрина, способного взаимодействавать с другими типами цитоскелета и мембранами компартментов. Спектриновая сеть подстилает плазматическую мембрану, придавая ей большую механическую прочность, и окружает фактически все органеллы – эндосомы, аппарат Гольжди и т. д., которые оказываются заключенными в своеобразную «авоську». Спектрин играет важную роль в сигнальных внутриклеточных процессах.
Микрофиламенты (или F-актин) собираются под контролем белков, называемых факторами нуклеации и элонгации. Актин может связывать АТФ, и в АТФ-связанном состоянии микрофиламенты стабильны. Гидролиз АТФ и потеря фосфатной группы приводит к дестабилизации МФ. Таким образом, формируемые из актина структуры высокодинамичны, и могут легко перестраиваться под контролем АТФ, ионов Mg2+ и актин-связывающих белков (ABPs). Поскольку присоединение мономеров при росте цепи происходит только с одного конца, микрофиламенты приобретают свойство полярности. Актиновые МФ способны формировать очень сложные структуры в контексте всей клетки.
Димеры тубулина, составляющие микротрубочки (МТ), связывают ионы Mg2+ и ГТФ. Так называемый N-сайт (non-exchangable) на бета-тубулине, нагруженный ГТФ и магнием, поддерживают стабильность димера. ГТФ-связывающий сайт на альфа-тубулине называется E-сайтом (exchangable), поскольку связанный с ним ГТФ может гидролизоваться. Пока альфа-тубулин содержит ГТФ, МТ растет, а после гидролиза – деполимеризуется. Циклы гидролиза ГТФ лежат в основе феномена динамической нестабильности МТ, когда фаза деполимеризация (катастрофа, catastrophe) сменяется паузой и затем ростом (спасение, resque). Существует ряд белков, способных модулировать стабильность МТ. Поскольку димеры могут диссоциировать с двух концов МТ, а встраиваться – только с одного (так называемый «плюс-конец»), то микротрубочки, как и микрофиламенты, тоже обладают полярностью.
МТ образуют в клетках более простые системы, чем актин. Наиболее распространена так называемая радиальная организация, когда минус-концы микротрубочек сходятся в околоядерной области, как правило, на центросоме, а плюс-концы направлены к периферии, хотя нуклеация МТ, по всей видимости, может происходить не только на центросоме. В некоторых типах клеток МТ могут располагаться параллельно друг другу.
Тубулин может подвергаться пострансляционным модификациям, наиболее известные из них – детирозинирование (отщепление концевого остатка тирозина) и ацетилирование Lys40 альфа-тубулина. Физиологическое значение этих модификаций не вполне ясно. До последнего времени не были известны ацетилтрансферазы, работающие на МТ, зато показано, что деацетилированием занимается белок, принадлежащий к семейству гистоновых деацетилаз, HDAC6. Если подавить ее активность, то все МТ в клетке вскоре будут ацетилированы. Поскольку в норме ацетилтрансфераза предпочитает полимеризованный тубулин, а HDAC6 работает преимущественно на плюс-конце, то долгоживущие, стабильные МТ будут ацетилированы больше, чем динамичные. Поэтому ацетилирование часто рассматривают как маркер стабильности МТ.
Описание основных свойств цитоскелета было бы неполным без упоминания так называемых цитоскелетных моторов – белков или белковых комплексов, обладающих АТФазной активностью и способностью использовать энергию гидролиза для перемешения по полимеру. На актиновых микрофиламентах работают моторы миозины, а на МТ – два семейства моторов: обеспечивающий движение к минус-концу динеин, и в основном плюс-концевые моторы кинезины. Взаимодействие с ними позволяет активно перемещать везикулы и агрегаты молекул.
Существует предположение, что феномен динамической нестабильности, т. е. циклы укорочения/роста МТ, позволяет эффективнее осуществлять поиск и захват мишеней (напр., кинетохор хромосом, интернализующихся эндосом), поскольку после частичной разборки направление восстанавливающейся МТ уже отличается от предыдущего. Как правило, в стадии роста плюс-конец МТ кэпируется комплексом из нескольких белков, одним из которых является белок CLIP170 (cytoplasmic linker protein), который первые он был идентифицирован как белок эндосом, и лишь впоследствии выяснилась его связь с динамичными МТ. CLIP170 и другие кэпирующие белки, захватывая вновь сформированыые эндосомы, передают их затем динеину, тем самым делая возможным активный транспорт эндосом по МТ.
Свойства микротрубочек и их регуляция – огромная область исследований, далеко выходящая за рамки этого пособия. Белков и факторов внешней и внутриклеточной среды, способных влиять на организацию и свойства цитоскелета, великое множество, поэтому мы будем касаться только тех из них, которые имеют непосредственное отношение к основной теме.
