- •Оглавление
- •Введение
- •1. Общие принципы организации везикулярного транспорта
- •1.1. Понятие о везикулярном транспорте: определение, его роль в клетке и в организме в целом
- •1.2. Общее представление об основных транспортных путях: биосинтетическом (экзоцитозном) и эндоцитозном. Ретроградный и антероградный транспорт
- •1.3. Основные стадии транспортного процесса
- •1.4. Малые гтфазы, принципы их действия
- •1.5. Формообразование и везикулярный транспорт. Роль липидов и белков
- •1.6. Методологические подходы к изучению везикулярного танспорта
- •2.Характеристика основных транспортных путей
- •2.1. Биосинтетический и экзоцитозный путь
- •2.1.1. Основные компартменты биосинтетического пути: эндоплазматический ретикулум и аппарат Гольджи
- •2.1.2. Прохождение грузов через аппарат Гольджи. Обзор современных гипотез
- •2.1.3. Транс-сеть аппарата Гольджи – основная сортирующая стадия биосинтетического пути
- •2.1.4. Секреторный, или экзоцитозный путь
- •2.2. Эндоцитозный путь. Общая характеристика
- •2.2.1. Пути входа макромолекул в клетку
- •2.2.2. Основные компартменты эндоцитозного пути. Ранние, рециклирующие и поздние эндосомы. Мультивезикулярные тела (мвт). Лизосомы
- •2.2.3. Общие принципы организации эндоцитозного пути
- •2 .2.4. Ранние эндосомы ― главная сортирующая стадия эндоцитозного пути. Возможные механизмы сортировки на путь рециклирования и лизосомной деградации
- •2.2.5. Проблемы идентификации ранних и поздних эндосом. Современные представления об организации эндоцитозного пути. Роль мультивезикулярных эндосом и лизосом
- •3. Формирование транспортных пузырьков
- •3.1. Окаймления и их типы
- •3.2. Сорi окаймление
- •3.3. Copii-окаймление
- •3.4. Клатриновые окаймления. Строение адапторных комплексов семейства ар и gga. Клатрин
- •3.4.1. Сборка gga- и ap1-зависимых окаймлений
- •3.4.2. Сборка aр3 окаймления
- •3.4.3. Aр4 окаймление
- •3.4.4. Сборка и разборка ар2-окаймления
- •3.4.5. Динамин – атипичная гтФаза. Динамин-подобные белки
- •3.4.6. Механизмы сортировки грузов в клатрин-окаймленные ямки
- •3.4.7. Окаймления. Заключение
- •4. Регуляция слияния мембран
- •4.1. Характеристика компонентов системы nsf-snap-snare
- •4.1.1. Принцип действия snare-комплекса
- •4.2.1. Первый цикл после синтеза de novo
- •4.3. Взаимодействие rab-белков и snare в ходе слияния мембран. 3 фазы слияния
- •4.4. Полное слияние и полуслияние (semifusion). Механизм «kiss-and-run». Реорганизация липидных бислоев в процессе слияния
- •4.6. Роль ионов кальция в регуляции слияния
- •5.1. Роль rab-белков в транспортировке грузов
- •6. Липиды и везикулярный транспорт
- •6.1. «Трансмембранная» ассиметрия распределения липидов в мембранах
- •6.2. Латеральная ассиметрия распределения липидов в мембранах
- •6.3. Липиды и формообразование
- •6.4. Фосфатидилинозитиды как регуляторы транспортных процессов
- •6.4.1. Фосфоинозитиды и экзоцитозный путь
- •6.4.2. Фосфоинозитиды на эндоцитозном пути. Механизм действия Vps34
- •6.4.3. Механизм действия фосфорилированых форм PtdIns
- •7. Роль убиквитинирования в регуляции везикулярного транспорта белков
- •7.1. Типы убиквитинирования: моно-, мульти- и полиубиквитинирование
- •7.2. Убиквитин-конъюгирующая система. Деубиквитинирование. Убиквитин-узнающие домены
- •7.3. Убиквитинирование и регуляция эндоцитоза. Убиквитинирование белков-грузов и регуляторных белков
- •7.4. Убиквитин-подобные белки, их роль в транспортных процессах. Связь убиквитин-зависимых механизмов сортировки белков с направлением инвагинации мембраны
- •7.5. Убиквитинирование. Заключение
- •9. Роль цитоскелета в позиционировании органелл и транспортных процессах
- •9.1. Типы цитоскелета, их основные свойства
- •9.2. Цитоскелет и позиционирование органелл
- •9.3. Цитоскелет в транспортных процессах
- •9.3.1. Цитоскелет и транспорт по антероградному пути
- •9.3.2. Цитоскелет и эндоцитозный путь
- •9.3.3. Роль цитоскелета и везикулярного транспорта в обеспечении пигментации кожи и мимикрии
- •10. Везикулярный транспорт в митозных клетках
- •11. Регуляция эндоцитоза рецепторов эфр как пример функционирования транспортной машинерии
- •12. Эндоцитоз и передача сигнала
- •13. Патологии, связанные с нарушением функционирования транспортных систем
- •Заключение
- •Библиографический список
1.2. Общее представление об основных транспортных путях: биосинтетическом (экзоцитозном) и эндоцитозном. Ретроградный и антероградный транспорт
Практически все компартменты клетки связаны друг с другом транспортными путями. До недавнего времени лишь митохондрии исключались из этого списка. Однако и на их мембранах были обнаружены некоторые регуляторные транспортные белки (хотя прямых доказательств слияния мембран транспортных везикул и митохондрий нет).
Тем не менее, два пути рассматриваются в качестве основных: это путь, который проходят образующиеся de novo белки, после синтеза на рибосомах попадающие в люмен (внутреннее пространство) ЭПР, упаковывающиеся там, в транспортные везикулы и направляемые к цис-цистерне АГ. Этот участок пути получил название биосинтетического. Проходя через АГ, белки модифицируются, и по достижении последней цистерны или тубуло-везикулярной транс-сети АГ (TGN, trans-Golgi network, транс-Гольджи), сортируются и упаковываются в везикулы, судьба которых может быть различна. Так, если белки должны секретироваться во внешнюю среду, они упаковываются в крупные (до 500 нм) неправильной формы секреторные ганулы, и тогда этот участок пути называется секреторным. Если же белки должны просто встроиться в плазматическую мембрану (ПМ) и функционировать там (в этом случае транспортные везикулы формируются из определенных доменов последней цистерны), то применяют термин «экзоцитоз», хотя оба эти названия часто не разделяют, и обе части пути от ЭПР до ПМ называют в общем случае экзоцитозным. Везикулы, образованные в транс-Гольджи, могут направляться в эндосомы и лизосомы. Таким образом, пункт конечного назначения может находиться как вне клетки, так и внутри нее, однако в любом случае он начинается в клетке. Исторически этот путь целиком называют «антероградным». Наиболее существенным является то, что основной сортирующей станцией антероградного пути являются мембраны TGN.
Противоположный ему путь, «ретроградный», или эндоцитозный, начинается с плазматической мембраны. Этот путь, обеспечивающий связь клетки с внешней средой, используют макромолекулы и частицы, не способные проникать непосредственно через мембрану, а также многие трансмембранные белки. Эти макромолекулы, после упаковки в пузырьки, или первичные эндосомы, отпочковываются от плазматической мембраны в ходе процесса, называемого интернализацией. Первичные эндосомы, несущие разный груз, сливаются, и их содержимое оказывается в так называемых ранних эндосомах, являющихся основной сортирующей станцией эндоцитозного пути, дающей начало нескольким транспортным путям. Во-первых, груз, доставленный в ранние эндосомы, может быть упакован в пузырьки, возвращающиеся на мембрану (путь рециклирования). Во-вторых, из ранних эндосом берет начало трансцитозный путь, в ходе которого груз переносится через цитоплазму в немодифицированном виде и доставляется на сторону, противоположную месту входа. Примером может служить перенос иммуноглобулинов через эндотелиальные клетки, выстилающие кишечник. Альтернативой трансцитозу и рециклированию является путь лизосомной деградации, связанный с попаданием грузов в поздние эндосомы, или прелизосомы, и далее в лизосомы. Этот путь наиболее важен тем, что его проходят многие сигнальные рецепторы. Терминологически, под эндоцитозным путем часто понимают именно путь лизосомной деградации, хотя доля грузов, эндоцитируемых клеткой и проходящих этот путь, весьма мала (порядка 10–20 %) по сравнению с путем рециклирования. Частным случаем эндоцитоза с доставкой в лизосомы является фагоцитоз. Пути рециклирования и лизосомной деградации осуществляются во всех клетках, тогда как такие пути, как трансцитоз или фагоцитоз реализуется в основном в определенных типах клеток. Интересно, что в поляризованных клетках существуют две независимые, неспособные сливаться друг с другом, субпопуляции ранних эндосом – апикальные и базолатеральные, тогда как популяция поздних эндосом только одна (рис. 1).
Рис. 1. Схематичное представление основных внутриклеточных транспортных путей:
АГ – аппарат Гольджи, ЭПР – эндоплазматический ретикулум; Лиз – лизосомы, Ф – фагосома; аРЭ и бРЭ – апикальная и базолатеральная РЭ -ранняя эндосома, соответственно; мит – митохондрия; ПЭ – поздняя эндосома; СГ – секреторная гранула; эп – экзоцитозный пузырек. Существует и путь, ведущий от плазматической мембраны в ЭПР и АГ
Ретроградный и антероградные пути существуют не изолированно, имея много точек пересечения. Так, подавляющее большинство лизосомных гидролаз доставляется из TGN в лизосомы не напрямую, а через поздние эндосомы. Некоторые лизосомные ферменты включаются в ранние эндосомы, а другие, секретируясь, затем проходят весь эндоцитозный путь, прежде чем достигнуть основного места своей работы. С другой строны, от эндосом также могут отщепляться везикулы, переносящие груз в транс-Гольджи.
