Электронные Древа жизни

1. http://www.onezoom.org/life.html

2. http://tolweb.org/tree/

3. http://lifemap.univ-lyon1.fr/explore.html#

4. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Root&id=1&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock

Рекомендуемая литература

1. Futuyma, Douglas J. Evolution / 2005. – Chapter 2, pp. 17-43

Замечательный учебник по эволюции, в котором хорошо описана кладистика.

2. Задания Заключительного Этапа Всероссийской Олимпиады школьников по биологии / 2014. – С. 102-104

Описание кладистики в свете заданий олимпиад.

3. Зоология беспозвоночных: Функциональные и эволюционные аспекты: учебник для студ. вузов: в 4 т. Т. 1. Протисты и низшие многоклеточные / Эдвард Э. Рупперт, Ричард С. Фокс, Роберт Д. Варне; пер. с англ. Т. А. Ганф, Н.В.Ленцман, Е.В.Сабанеевой; под ред. А.А.Добровольского и А. И.Грановича. — М. : Издательский центр «Академия», 2008. — 496 с – С. 14-23

Простое описание кладистических подходов

4. Кунин Е.В. Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции/Пер. с англ. – М.: ЗАО Издательство Центр-полиграф, 2014 – 527 с.

Замечательная книга, описывающая парадигмы биологии, суть и проблемы кладистики и Древа жизни.

5. Нетрусов А.И. Микробиология. Университетский курс : учебник для студ. учреждений высш. проф. образования / А.И. Нетрусов, И.Б. Котова. – 4-е изд., перераб. и доп. – М.: Издательский центр «Академия», 2012. – 384 с. – (Сер. Бакалавриат) – С. 351-370

Хорошо описана традиционная классификация бактерий

6. Павлинов. И.Я. Введение в современную филогенетику (кладогенетический аспект). М.: изд-во КМК, 2005

Хорошая книга по логике и устройству кладистики

7. Хаусман К., Хюльсман H., Радек Р. Протистология: Руководство Под ред. С.А. Корсуна. Пер. с англ. С.А. Карпова. — М.: Товарищество научных изданий КМК, 2010. — 495 с, ил.

Хорошая книга по протистологии

8. Шаталкин А.И. Биологическая систематика – М.: Изд-во Моск. ун-та, 1988. – 184 с.

Хорошая книга по логике и устройству систематики.

Использованная литература

Учебная литература:

1. A GUIDE TO THE INTERNATIONAL BIOLOGY OLYMPIAD Edition 27.0 / Shirley Lim and Mary Oliver, editing previous versions compiled by Gérard Cobut, IBO Coordinating Centre, Prague , July 2015

2. Ciancio A. Invertebrate Bacteriology. – Springer, 2016.

3. Futuyma, Douglas J. Evolution / 2005

4. Philippe Silar. Protistes Eucaryotes : Origine, Evolution et Biologie des Microbes Eucaryotes. 2016

5. Sneath, P. H. A.; Sokal, R. R. Numerical taxonomy. The principles and practice of numerical classification. / 1973 pp. xv + 573 pp.

6. Белякова Г.А. Ботаника: в 4 т. Т. 1. Водоросли и грибы: учебник для студ. высш. учеб. заведений / Г.А. Белякова, Ю.Т. Дьякова, К.Л. Тарасов. – м.: Издательский центр «Академия», 2006a. – 320 с.

7. Белякова Г.А. Ботаника: в 4 т. Т. 2. Водоросли и грибы: учебник для студ. высш. учеб. заведений / Г.А. Белякова, Ю.Т. Дьякова, К.Л. Тарасов. – м.: Издательский центр «Академия», 2006b. – 320 с.

8. ВБО. Задания Заключительного Этапа Всероссийской Олимпиады школьников по биологии, 2014 год

9. Дзержинский Ф.Я. Зоология позвоночных: учебник для студ. учреждений высш. проф. образования/ Ф.Я. Дхержинский, Б.Д. Васильев, В.В. Малахов. – М.: Издательский центр «Академия», 2013 – 464 с.

10. Дробышевский Станислав Достающее звено [Электронный ресурс] / ÛRL: http://antropogenez.ru/zveno/ (дата обращения 21.01.2017)

11. Зоология беспозвоночных: Функциональные и эволюционные аспекты: учебник для студ. вузов: в 4 т. Т. 1. Протисты и низшие многоклеточные / Эдвард Э. Рупперт, Ричард С. Фокс, Роберт Д. Варне; пер. с англ. Т. А. Ганф, Н.В.Ленцман, Е.В.Сабанеевой; под ред. А.А.Добровольского и А. И.Грановича. — М. : Издательский центр «Академия», 2008. — 496 с.

12. Зоология беспозвоночных: Функциональные и эволюционные аспекты: учебник для студ. вузов : в 4 т. Т. 2. Низшие целомические животные / Эдвард Э. Рупперт, Ричард С. Фокс, Роберт Д. Варне; пер. с англ. Т. А. Ганф, Н.В.Ленцман, Е.В.Сабанеевой; под ред. А.А.Добровольского и А. И.Грановича. — М. : Издательский центр «Академия», 2008. — 448 с.

13. Зоология беспозвоночных: Функциональные и эволюционные аспекты: учебник для студ. вузов : в 4 т. Т. 3. Членистоногие / Эдвард Э. Рупперт, Ричард С. Фокс, Роберт Д. Варне; пер. с англ. Т. А. Ганф, Н.В.Ленцман, Е.В.Сабанеевой; под ред. А.А.Добровольского и А. И.Грановича. — М. : Издательский центр «Академия», 2008. — 496 с.

14. Кунин Е.В. Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции/Пер. с англ. – М.: ЗАО Издательство Центр-полиграф, 2014 – 527 с.

15. Малахов В.В. Программа лекций, 2014

16. Нетрусов А.И. Микробиология. Университетский курс : учебник для студ. учреждений высш. проф. образования / А.И. Нетрусов, И.Б. Котова. – 4-е изд., перераб. и доп. – М.: Издательский центр «Академия», 2012. – 384 с. – (Сер. Бакалавриат)

17. Павлинов И.Я. Кладистический анализ (методологические проблемы). – М.: Изд.-во МГУ, 1990. – 160 с. : ил.- ISBN 5-211-00918-5

18. Павлинов. И.Я. Введение в современную филогенетику (кладогенетический аспект). М.: изд-во КМК, 2005.

19. Тимонин А.К. Ботаника : в 4 т. Т. 4. Систематика высших растений: учебник для студ. высш. учеб. заведений В 2 кн. /А.К. Тимонин, Д.Д. Соколов, А.Б. Шипунов. – М.: Издательский центр «Академия», 2009. – 352 с.

20. Хаусман К., Хюльсман H., Радек Р. Протистология: Руководство Под ред. С.А. Корсуна. Пер. с англ. С.А. Карпова. — М.: Товарищество научных изданий КМК, 2010. — 495 с, ил.

21. Шаталкин А.И. Биологическая систематика – М.: Изд-во Моск. ун-та, 1988. – 184 с.

В обложке использована иллюстрация из книги Ч. Дарвина Происхождение видов путем естественного отбора. 2-е изд., доп. – СПб.: Наука, 2011. 568 с.

Статьи:

1. Adl S. M. et al. The Revised Classification of Eukaryotes//J. Eukaryot. Microbiol. – 2012. – Т. 59. – №. 5. – С. 429-493.

2. APG III. Angiosperm Phylogeny Group (2009) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III // Botanical Journal of the Linnean Society : журнал. — Лондон, 2009. — Т. 161, № 2. — С. 105—121.

3. APG IV. Byng J. W. et al. An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV //BOTANICAL JOURNAL OF THE LINNEAN SOCIETY. – 2016. – Т. 181. – №. 1. – С. 1-20.

4. Cannon J. T. et al. Xenacoelomorpha is the sister group to Nephrozoa //Nature. – 2016. – Т. 530. – №. 7588. – С. 89-93.

5. Cavalier-Smith T. The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa //International journal of systematic and evolutionary microbiology. – 2002. – Т. 52. – №. 2. – С. 297-354.

6. Efron B., Halloran E., Holmes S. Bootstrap confidence levels for phylogenetic trees //Proceedings of the National Academy of Sciences. – 1996. – Т. 93. – №. 23. – С. 13429-13429.

7. Fink G., Szewczak-Harris A., Löwe J. SnapShot: The Bacterial Cytoskeleton //Cell. – 2016. – Т. 166. – №. 2. – С. 522-522. e1.

8. Fuerst J. A., Sagulenko E. Beyond the bacterium: planctomycetes challenge our concepts of microbial structure and function //Nature Reviews Microbiology. – 2011. – Т. 9. – №. 6. – С. 403-413.

9. Giribet G. Genomics and the animal tree of life: conflicts and future prospects //Zoologica Scripta. – 2016. – Т. 45. – №. S1. – С. 14-21.

10. Hassanin A. Phylogeny of Arthropoda inferred from mitochondrial sequences: strategies for limiting the misleading effects of multiple changes in pattern and rates of substitution //Molecular phylogenetics and evolution. – 2006. – Т. 38. – №. 1. – С. 100-116.

11. Hug L. A. et al. A new view of the tree of life //Nature Microbiology. – 2016. – Т. 1. – С. 16048.

12. Jékely G., Paps J., Nielsen C. The phylogenetic position of ctenophores and the origin (s) of nervous systems //EvoDevo. – 2015. – Т. 6. – №. 1. – С. 1-9.

13. Modesto S. P., Anderson J. S. The phylogenetic definition of Reptilia //Systematic biology. – 2004. – Т. 53. – №. 5. – С. 815-821.

14. Nikitin M. Bioinformatic prediction of Trichoplax adhaerens regulatory peptides //General and comparative endocrinology. – 2015. – Т. 212. – С. 145-155.

15. O'Leary M. A. et al. The placental mammal ancestor and the post–K-Pg radiation of placentals //Science. – 2013. – Т. 339. – №. 6120. – С. 662-667.

16. Oscoz J., Tomás P., Durán C. New records of Eunapius fragilis (Leidy, 1851) and Ephydatia fluviatilis (Linnaeus, 1759)(Porifera, Spongillidae) in Ebro River Basin (N Spain) //Limnetica. – 2009. – Т. 28. – С. 0185-188.

17. Passamaneck Y., Halanych K. M. Lophotrochozoan phylogeny assessed with LSU and SSU data: evidence of lophophorate polyphyly //Molecular phylogenetics and evolution. – 2006. – Т. 40. – №. 1. – С. 20-28.

18. Ruggiero M. A. et al. A higher level classification of all living organisms //PloS one. – 2015. – Т. 10. – №. 4

19. Spang A. et al. Complex archaea that bridge the gap between prokaryotes and eukaryotes //Nature. – 2015. – Т. 521. – №. 7551. – С. 173-179

20. Springer MS, Meredith RW, Gatesy J, Emerling CA, Park J, Rabosky DL, et al. () Macroevolutionary Dynamics and Historical Biogeography of Primate Diversification Inferred from a Species Supermatrix // PloS one. – 2012. – Т. 7. – №. 11. – e49521.

21. T. Cavalier-Smith The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa // UK International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2002. 52, 297–354

22. Trautwein M. D. Wiegmann, B. M., Beutel, R., Kjer, K. M., & Yeates, D. K. Advances in insect phylogeny at the dawn of the postgenomic era //Annual review of entomology. – 2012. – Т. 57. – С. 449-468.

23. Алёшин В. В. Филогения беспозвоночных в свете молекулярных данных: перспективы завершения филогенетики как науки //Тр. Зоол. ин-та РАН. – 2013. – С. 9-38.

24. В.В.Малахов Революция в зоологии: новая система билатерий // «Природа». – 2009. – №3. – С. 40-55

25. Марков А. Новооткрытый микроб заполняет брешь между прокариотами и эукариотами // http://elementy.ru

26. Сюткин А.С.. Пятибратов М.Г., Федоров О. В. Жгутики галофильных архей: различия в надмолекулярной организации // Успехи биологической химии, т. 54, 2014, с. 103–132

27. Ястребов С. Черепахи грозят перевернуть эволюционное древо рептилий [Электронный ресурс] // URL: http://elementy.ru/novosti_nauki/432138/Cherepakhi_grozyat_perevernut_evolyutsionnoe_drevo_reptiliy

28. Ястребов С. Геном гребневиков говорит в пользу двукратного возникновения нервной системы у животных [Электронный ресурс] // URL: http://elementy.ru/novosti_nauki/432159/Genom_grebnevikov_govorit_v_polzu_dvukratnogo_vozniknoveniya_nervnoy_sistemy_u_zhivotnykh

1 «Ничто в биологии не имеет смысла, кроме как в свете эволюции»

2 Филогенетические древа (дендрограммы) бывают разных видов (филограммы, кладограммы, фенограммы и пр.), но по сути они отражают одно и то же: степень близости одних групп относительно других. Однако, делают это на различных принципах. В данном пособии все деревья отражают эволюционное родство.

3 О необходимости выбора из нескольких вариантов деревьев см. разделы 6-7

4 В данном пособии используются оба представленных варианта

5 некоторые ученые несколько расширяют данное понятие

6 Мы считаем белую окраску плезиоморфией на основании знаний о морфологии квадратиков – ближайших родственников фейсиков (см. о внешней группе в разделах 5-7)

7 Объект имеет собственные признаки. Соответственно, сам является наименьшей группой. Причем, в рамках рассматриваемого древа монофилетической (см. далее)

8 В рамках некладистических направлений иногда считается также монофилетической (в широком смысле)

9 Одна кладистическая гипотеза может описывать несколько вариантов эволюции. Например, см. деревья б-1) и б-2) рис. 8

10 Подробнее см. раздел 7

11 Под серой будем понимать равномерно-серую окраску

12Метод попарного внутригруппового невзвешенного среднего

13 i, j, k, x, y– произвольные объекты из таблицы расстояний

14 В случае равенства нескольких дистанций предпочтительней формировать кластер из ещё не включенных куда-либо исходных объектов. В противном случае выбор произволен.

15 Появляются на втором круге

16 Последний Универсальный Общий Предок

17

18 Оба образованы флагеллином, однако макроструктура различна. Возможно, произошли конвергентно

19 Есть гистоноподобные белки

20 Об одной из них см. раздел 3. Для дальнейшего изучения проблемы см. Кунин, 2014

21 Сокращения от первых букв входящих в них более маленьких групп

22 Включены только распространённые или выделяющиеся представители

23 В таблице полужирным шрифтом выделены синапоморфии, характерные дл данной группы

24 Не путать с амебоидными формами в других группах, особенно, в Rhizaria

25 В настоящее время монофилетичность подвергается сомнению

26 В настоящее время монофилетичность подвергается сомнению

27 Скорее всего являются парафилетической группой

28 Кишечнополостные без гребневиков

29 Разные авторы по-разному определяют состав групп Lophotrochozoa и Spiralia. Мы будем считать данные названия синонимами

30 Кроме Щупальцевых

31 Хотя некоторые зоологи до сих пор придерживаются данной концепции, выявляя недостатки «экдизозойной» гипотезы

32 Olfactorii – обонятельный

33 Группа филогении покрытосеменных

34 Названия некоторых групп по Тимонину, 2009

36