- •Термодинаміка біологічних процесів
- •Термодинаміка рівноважних станів
- •Перший закон термодинаміки
- •1.2. Ентальпія. Закон Гесса
- •1.3. Калориметрія
- •Циліндра калориметра, відповідно
- •І енергетичні еквіваленти Qo поживних речовин
- •1.4. Другий закон термодинаміки
- •1.5. Термодинамічні потенціали
- •При досягненні термодинамічної рівноваги (t – час)
- •1.6. Зміна стандартної вільної енергії
- •1.7. Хімічний потенціал
- •1.8. Електрохімічний потенціал
- •Термодинаміка необоротних процесів
- •2.1. Зміна ентропії у відкритих термодинамічних системах
- •2.2. Швидкість продукції ентропії й дисипативна функція
- •2.3. Основні положення лінійної нерівноважної термодинаміки
- •2.4. Співвідношення взаємності Онзагера
- •2.5. Теорема Пригожина
- •2.6. Стійкість системи в рівновазі й у стаціонарному стані
- •2.7. Нелінійна термодинаміка необоротних процесів
- •2.8. Найпростіші коливальні реакції
2.8. Найпростіші коливальні реакції
Коливальні моделі широко використовуються в хімії й біології. Автокаталічні реакції зі зворотними зв’язками й динаміка чисельності популяцій описуються системою нелінійних диференціальних рівнянь.
Очевидно, перше кінетичне коливальне рівняння для хімічної реакції, що відбувається в гомогенному середовищі, написав А.Д. Лотка в 1926 році (модель хімічної реакції). Ця реакція тоді була чисто гіпотетичною, і тільки останнім часом знайдені дійсні хімічні реакції, що протікають у коливальному режимі. Вони відрізняються від схеми Лотки більшою складністю, проте в багатьох наукових дослідженнях реакція Лотки використається як деяка навчальна модель, що відбиває важливі особливості всіх періодичних реакцій.
Кінетична схема цієї реакції виглядає в такий спосіб:
k0 k1 ← k2
A → X → Y → B
У деякому обсязі перебуває в надлишку речовина А. Молекули А з деякою постійною швидкістю k0 перетворюються в молекули речовини X (тут ми маємо справу з реакцією нульового порядку). Речовина X може перетворюватися в Y. Це вже реакція другого порядку, тому що швидкість її тим більше, чим більше концентрація речовини Y. (У схемі на цю залежність указує зворотна стрілка над символом Y). Молекули Y у свою чергу необоротно розпадаються, у результаті утвориться речовина В (реакція першого порядку).
Напишемо математичну модель реакції, позначивши для простоти символами X, Y, B концентрації відповідних речовин:
dX
— = k0 – k1 XY,
dt
dY
— = k1XY – k2 Y ,
dt
dB
— = k2 Y .
dt
Тому що перші два рівняння не залежать від В, їх можна розглядати окремо.
Тепер розглянемо модель, запропоновану В. Вольтерра в 1931 році, яка описує взаємодію видів у біоценозах (модель хижак – жертва).
Нехай у деякому замкнутому районі живуть, наприклад, зайці й рисі. Зайці харчуються рослинною їжею, наявної завжди в достатній кількості. Рисі (хижаки) нехай можуть харчуватися як тільки зайцями (жертвами). Позначимо число зайців у цьому районі через X, а число рисей через Y. Числа X і Y є функції часу.
Тому що кількість їжі для зайців необмежена, ми можемо припустити, що якби зайці жили на світі одні, те їхнє число зростало б пропорційно числу наявних особин:
dX
— = k1 X .
dt
Якби на світі жили одні рисі, то поступово б вони вимерли, так як харчуватися їм не було б чим. Це математично записується так:
dY
— = – k3 Y.
dt
Нехай тепер рисі й зайці живуть спільно. Тоді можна припустити, що кількість рисей буде наростати тим швидше, чим частіше будуть відбуватися зустрічі рисей і зайців. Частота таких зустрічей характеризується величиною, пропорційної добутку XY. У підсумку ми маємо:
dX
— = k1X – k2 XY ,
dt
dY
— = k2XY – k3 Y ,
dt
де k1 – константа швидкості природного розмноження; k2 – константа взаємодії хижак – жертва; k3 – константа швидкості природного вимирання хижаків.
Це нелінійні диференціальні рівняння. Помітна схожість рівнянь хімічної моделі Лотки й біологічної моделі Вольтерра. У стаціонарному режимі
dX dY
— = 0 і — = 0 ,
dt dt
і тоді стаціонарна чисельність жертв і хижаків становитиме відповідно:
k3 k1
X0 = — , Y 0 = — .
k2 k2
Розв'язки диференціальних рівнянь будуть такими:
X = X0 + x eωt та Y = Y0 + y eωt,
де x і y – малі відхилення від стаціонарної точки: x << X0 і y << Y0; ω – частота коливань чисельності X і Y. Підставивши розв'язки у диференціальні рівняння й нехтуючи величинами високих порядків, отримуємо рівняння для частоти:
ω x + k3 y = 0 та –k1 x + ω y= 0.
Характеристичне рівняння для визначення частоти ω має вигляд:
ω2 + k1 k3 = 0.
Тоді розв'язок цього рівняння дає:
_________
ω1,2 = ± і √ k1 k3 .
Отже, популяції жертв X і хижаків Y циклічно змінюються з однаковою частотою навколо стаціонарної точки X0 і Y0. Зміну чисельності жертв X і хижаків Y подають у вигляді фазового портрету (рис. 2.3).
Рис. 2.3. Фазова траєкторія зміни чисельності жертв X і хижаків Y:
0 – особлива точка (центр), яка визначає стаціонарний стан системи
Дослідження системи показують, що траєкторії поблизу особливої точки є концентричними еліпсами, а сама точка є центром. Розглянута модель Вольтерра й удалині від особливої точки має замкнуті траєкторії, щоправда, форма цих траєкторій уже відрізняється від еліпсоїдальної (рис. 2.4).
Рис. 2.4. Фазова площина перемінних X і Y.
Особлива точка типу центр є нестійкою точкою. Нехай коливання X (t) і Y(t) відбуваються таким чином, що зображувана точка, рухається на фазовій площині по траєкторії 1 (рис. 2.4). У момент, коли точка перебуває в положенні М, ззовні в систему додається деяка кількість особин Y, така, що зображувана точка перескакує із точки М у точку М'. Після цього, якщо система знову надана сама собі, коливання X і Y уже будуть відбуватися з більшими амплітудами, чим колись, і зображувана точка буде рухатися по траєкторії 2. Це означає, що коливання в системі нестійкі: вони назавжди змінюють свої характеристики при зовнішній дії.
На рис. 2.5 наведені графіки X (t) і Y(t), які легко можуть бути отримані при рішенні системи диференціальних рівнянь за допомогою електронної аналогової установки. Із цього малюнка видно, що як X (t) ,так і Y (t) являються періодичними функціями часу, причому максимум чисельності жертв X завжди випереджає максимум чисельності хижаків Y.
Рис. 2.5. Залежність чисельності хижаків Y і жертв X від часу
Звернемося тепер до експериментальних даних. На рис. 2.6 наведений добре відомий приклад коливання чисельності північно-американського зайця, і рисі в Канаді. Ці криві побудовані на підставі даних про число шкурок, що надходили у контори по заготівлі хутра. Видно, що періоди коливань чисельності зайців (жертв) і рисей (хижаків) приблизно однакові й порядку 9-10 років. При цьому максимум чисельності зайців випереджає, як правило, максимум чисельності рисі на 1 рік. Звичайно, криві, узяті з життя, мають не настільки правильну форму, як криві, отримані на підставі математичної моделі. Але це й не дивно: на практиці потрібно враховувати не тільки взаємини основних партнерів по взаємодії: зайців і рисей, але й наявність інших хижаків і жертв у Канаді, різні кліматичні умови, удачливість мисливців, які поставляли шкурки, і т.п.
Періоди коливань чисельності зайців (жертви) і рисей (хижаки) приблизно однакові і складають 9 – 10 років. При цьому максимум чисельності зайців випереджає, як правило, максимум чисельності рисей на один рік.
Рис. 2.6. Криві чисельності зайців і рисей в Канаді
Близькі до моделі Вольтерра – Лотки фазові траєкторії є характерними для багатьох автокаталічних реакцій. Можливі більш складні типи дисипативних структур з іншими фазовими траєкторіями.
Існує інший різновид коливальних систем, поведінка яких на фазовій площині описується стійким граничним циклом. Коливання в таких системах будуть стійкими відносно відхилень, які викликані певними добавками в систему. До таких моделей коливальних біологічних процесів можна віднести фотосинтез і гліколіз.
Коливальні системи володіють рядом важливих і цікавих особливостей. Одна з них – здатність до взаємної синхронізації, коли і з безлічі слабко зв'язаних коливальних процесів виникає гармонія періодичного явища.
Доречно сказати про ідею Н. Вінера, пов'язану з існуванням мозкових хвиль. На енцефалограмі, що реєструє біоструми мозку, можна помітити періодично повторні піки, що слідують один за одним із частотою близько 9 Гц. Це так званий α-ритм мозку, що, очевидно, управляє багатьма нервовими процесами. Зокрема, стробування зображення оком відбувається із частотою 9-10 Гц. Н. Вінер уважає, що α-ритм формується в результаті взаємної синхронізації безлічі елементарних генераторів біострумів, розташованих у мозку й що мають, цілком ймовірно, біохімічну природу.
Таким чином, складні системи організується за принципом синхронізації багатьох коливальних малих систем, що становлять разом одну більшу синхронну систему к л а с т е р (англійське слово cluster означає «об'єднання по загальній ознаці»). Можна стверджувати, що принцип строгої синхронізації окремих коливальних процесів є загальним принципом, що забезпечує доцільну діяльність складної коливальної системи і поєднує всі ці процеси.
Існує воістину чудова властивість автоколивальних систем, про яку свого часу говорив Н. Вінер – автоколивальні системи здатні до автоматичної взаємної синхронізації, якщо вони зв'язані між собою. Виходить, якщо зв'язати в одну систему автоколивальні системи, то не потрібно думати про спеціальні пристрої, які забезпечать синхронізацію, – вона виникає сама.
Біологічний годинник – що це таке? Мабуть можна говорити, що біологічний годинник і є тією потужною синхронізуючою системою, яка задає ритим всім іншими системам.
Останні роки докладно досліджується робота серця – однієї із самих досконалих коливальних систем, створених природою. Правильність роботи серця визначається синхронною роботою цілих груп м'язів, що забезпечують поперемінне скорочення шлуночків і передсердь. Синхронізацію цієї роботи забезпечує спеціальний орган, так званий синусний вузол, що виробляє з певною частотою синхронізуючі імпульси електричної напруги. Якщо синхронний режим скорочення серцевих м'язів порушується, то можуть наступити так звані фібриляції – хаотичні судороги окремих волокон серцевого м'яза, які, якщо не прийняти екстрених заходів, приводять до загибелі організму. Термінові міри полягають у вимушеній синхронізації серця за допомогою спеціального масажу або ж за допомогою електричних імпульсів від лабораторного генератора. Іноді мініатюрний електронний генератор синхронізуючих імпульсів навіть вживлюється в організм. Синхронізація коливань серцевого м'яза відбувається на фізіологічному рівні, у ній головну роль грає нервова система.
У житті окремих клітин і колективів клітин коливання й синхронізація цих коливань також мають місце. Виявляється, що різні органели клітини – ядро, рибосоми, мітохондрії – коливаються, змінюючи свою форму й об'єм.
Можливі більш складні типи дисипативних структур, коли через зміну в часі концентрацій і порушення просторової гомогенності виникають біжучі хвилі, які поширюються в об'ємі. Такі хвилі утворюють різної форми спіралі. Автохвильові процеси спостерігаються в численних активних біологічних системах.
Першу найпростішу модель збудливого середовища було запропоновано Н. Вінером і Ф. Розенблютом (1946). Рух хвиль збудження спостерігається в живій тканині, яка складається зі збудливих клітин. Виникнення хвиль збудження та їх поширення визначаються характерними властивостями елементів активного середовища.
Кожен елемент може перебувати у трьох станах (збудження, рефрактерності та спокою) і має запас енергії (у вигляді мембранного потенціалу чи енергії окиснення), яка використовується для поширення збудження на значні відстані. Перехід між цими станами відбувається з певною періодичністю, що визначає автохвильовий процес в активному середовищі.
У табл. 1 наведене зведення відомих автохвильових процесів, які спостерігаються в біологічних і хімічних системах. З табл. 1 видно, що найбільш швидкі процеси пов'язані з поширенням електричних імпульсів - сигналів, що служать для регуляції біологічних процесів. Це нервові імпульси, швидкі хвилі в нейронних мережах мозку, хвилі збудження в м'язах. Середні швидкості процесів спостерігаються в хімічних реакціях; малі швидкості – іноді усередині живих клітин, вони пов'язані з механізмами нем'язової рухливості.
Умови, необхідні для виникнення процесів самоорганізації. можуть бути сформульовані в такий спосіб:
1. Система є термодинамічно відкритою, тобто може обмінюватися речовиною й енергією із зовнішнім середовищем.
2. Динамічні рівняння системи нелінійні.
3. Відхилення від рівноваги перевищують критичне значення (яке може бути й нулем).
4. Мікроскопічні процеси в системі відбуваються кооперативно (самоузгоджено).
Таблиця 1.
Експериментально спостережувані автохвильові процеси
Об'єкт |
Тип АХ-процесу |
Швидкість БФ або БІ |
Характерний розмір, довжина хвилі |
Окиснення броммалонової кислоти у присутності каталізуючих іонів церію або заліза (реакція Білоусова-Жаботинського)* Аксон кальмара Ламелла нормальних фібробластів миші Ікра прісноводної риби ("хвиля" вивільненого кальцію) Неоднорідна активність ферментів у цитоплазмі Плазмодій міксоміцета Культура тканини з міофібрил Провідна система серця* М'яз міокарду собаки* Дельтовидний м'яз собаки Гладенькі м'язи Нейронна сітка*: швидкі хвилі повільні хвилі Популяція амебоподібних клітин Коралові полипи |
СА, СХ, КСХ БІ, ПЦ, ДС БФ, БІ
БІ
БІ
ДС БІ, СА, СХ БІ БФ, БІ, ПЦ БІ БІ БІ
КСХ, БІ БІ БІ, ПЦ БІ |
0-10 см/с 21 м/с
0,2 мкм/с
8 мкм/с
0 30 мкм/с 50-200 мкм/с 25-300 см/с 30 см/с 5 м/с 5-10 см/с
10-50 см/с 2-5 мм/хв 40 мкм/с 50 см/с |
1-10 мм 2-6 см
10 мкм
-
- 3-5 мм 10-20 мкм 1,5-150 см 3 см 5 см -
2-12 см 6-25 мм 1 см 1 см |
Умовні позначення. БІ, БФ - поширення збурювання у вигляді біжучого імпульсу або біжучого фронту; ПЦ - генерація хвиль автономними джерелами імпульсу активності, так званими провідними центрами; ДС - стаціонарні неоднорідні розподіли кінетичних змінних у просторі; КСХ - квазістохастичні хвилі; СА - синхронні автоколивання у всьому просторі; СХ - спіральні хвилі.
* У цих системах можливі процеси, що мають етапи, на яких зміни перемінних відбуваються з сильно відмінними часовими характеристиками; у них можуть здійснюватися різні класи АХ-процесів.
У літературі широко обговорюється питання про можливу роль дисипативних структур. За І. Пригожиним, походження життя могло бути пов'язано із серією послідовних біфуркацій, які привели до створення систем з підвищеною упорядкованістю. М. Ейген запропонував гіпотезу про спеціальні дисипативні структури, так звані гіперцикли, утворення яких стало необхідним етапом еволюційного розвитку біологічних об'єктів (рис. 2.7). Гіперцикл – це об'єднання самовідтворюваних елементів обмеженого розміру в нову стійку систему, якій притаманна узгоджена в часі еволюція.
Рис. 2.7. Схематичне зображення чотирьох еволюційних етапів –
від простого неорганічного матеріалу до біологічних систем
На останок необхідно зробити попередження. Не можна думати, що яка-небудь сама загальна теорія, самі загальні принципи, самі досконалі моделі, що опираються навіть на всю могутність обчислювальних машин, звільнять нас від кропіткого вивчення самих біологічних або яких-небудь інших об’єктів, від великої кількості вимірювань різних величин, на основі аналізу яких і створюються самі моделі.
