«Високі договірні сторони» ділять Росію між собою: «Все, що завоюється з колишньої території Московщини, належатиме на підставі воєнного права тому, хто цим заволодіє».
(Однак Мазепа усвідомив свою помилку майже відразу після свого переходу до шведів. Покинутий своїми полковниками, передбачаючи розгром шведів, він безуспішно намагався запропонувати Петру І зрадити в його руки шведського короля і його генералів. Вже в кінці листопада 1708 року, менш ніж через місяць після переходу, миргородський полковник, майбутній гетьман Д. Апостол, один з найближчих Мазепі людей, прибув з цією пропозицією до Петру)
К шведам, кроме отряда Мазепы, позднее присоединилась часть запорожского войска под началом кошевого атамана — Константина Гордиенко в количестве до 7 тысяч человек. (весна 1709р) («Чудово, що запорожці, завжди трималися інтересів черні в боротьбі з козацькою старшиною, і на цей раз заявили таку вимогу, яке було огидно як Петру, так і Мазепі, щоб в Малоросії не було старшини і щоб весь народ був вільними козаками, як в Січі. »)
Петро І у відповідь на дії Мазепи вжив швидких і рішучих заходів:
було обрано нового гетьмана (стародубського полковника Івана Скоропадського);
в усіх церквах Московського царства Мазепі проголосили анафему (церковне прокляття);
12 листопада 1708 року в Троїцькому соборі Глухова у присутності Петра I митрополит Київський, Галицький і Малої Росії Іоасаф (Кроковський), родом зі Львова, в співслужінні інших українських архієреїв: святого архієпископа Чернігівського і Новгород-Сіверського Іоанна (Максимовича) та єпископа Переяславського Захарії (Корниловича) здійснив літургію та молебень, після чого «зрадив вічного прокляття Мазепу і його прихильників»
У той же день в Глухові була здійснена символічна страта колишнього гетьмана, яка описується в такий спосіб: «винесли на площу набиту опудала Мазепи. Прочитаний вирок про злочин і кару його; розірвані князем Меншиковим і графом Головкіна жалувані йому грамоти на гетьманський уряд, чин дійсного таємного радника і орден святого апостола Андрія Первозванного і знята з страховиськ стрічка. Потім кинули катові це зображення зрадника; всі зневажали оне ногами, і кат тягнув опудала на мотузці по вулицях і площах міським до місця страти, де і повісив »
в центральні райони Гетьманщини та на Правобережжя введено російські війська;
знищено гетьманську резиденцію м. Батурин разом із усіма жителями;
Карлу XII Мазепа обіцяв зимівлю в місті Батурині, що служив резиденцією гетьмана. Там були значні запаси провіанту і артилерії, був добре підготовлений і відданий Мазепі гарнізон, яким керував полковник Дмитро Чечель. Планам Мазепи і Карла завадили війська під проводом Меншикова. Петро І, бажаючи помститися Мазепі, проти якого опублікував маніфест, наказав Меншикову негайно атакувати його столицю м. Батурин, поки шведи не прибули на допомогу. А. Меньшиков, скористався допомогою прилуцького полковника Івана Носа, який вказав таємний хід, 3 листопада 1708 р увірвався з військами в резиденцію гетьмана Мазепи і «люди в ньому [Батурині] колишні вирубані, церкви розорені, будинки розграбовані і спалені.»
(Рукопис Михайла Погодіна)
над прихильниками Мазепи було проведено суд (до страти засуджено близько 900 представників старшини), а самого гетьмана звинувачували у намірі передати Україну Польщі та повернути унію;
після переходу на бік Мазепи 8-тисячного загону запорожців на чолі з кошовим отаманом Костем Гордієнком, навесні 1709 р. за наказом Петра І була зруйнована Запорозька Січ (14 травня 1709 р).
8 липня (27 липня) 1709р. відбулася вирішальна Полтавська битва, під час якої війська шведів і козацькі загони І. Мазепи зазнали поразки. Внаслідок цього Мазепа і його прибічники опинилися на території Молдови.
Верхом, в глуши степей нагих, Король и гетман мчатся оба. Бегут. Судьба связала их. Опасность близкая и злоба Даруют силу королю. Он рану тяжкую свою Забыл. Поникнув головою, Он скачет, русскими гоним, И слуги верные толпою
Чуть могут следовать за ним
(А. Пушкин «Полтава»)
Османська імперія відмовилася видати Мазепу російським властям. Хоча царський посланник в Константинополі Петро Толстой був готовий витратити на ці цілі 300 000 єфимків, які пропонував великому турецького візира за сприяння у видачі колишнього гетьмана.
Помер Мазепа 22 вересня 1709 в Бендерах. За розпорядженням племінника, Войнаровського, тіло його було перевезено в Галац і там перепоховали в церкві Св. Георгія.
11 березня 1710 цар маніфестом строго заборонив ображати малоросів (українців) , дорікати їх зрадою Мазепи, погрожуючи в іншому випадку жорстоким покаранням і навіть смертною карою за важливі образи.