- •Биофизика
- •1. Биофизика как наука. Предмет, задачи и объект исследования биофизики. Философские проблемы биофизики.
- •5. Химическая реакция с обратной связью. Построение простейшей математической модели. Определение координат особых точек, их типа и степени устойчивости.
- •6. Модель "Хищник – Жертва". Определение координат особых точек, их типа и степени устойчивости.
- •7. Мультистационарность. Понятие о биологических триггерах. Способы переключения в триггерных системах. Понятие о бифуркациях.
- •8. Автоколебательные процессы в биологических системах. Их свойства и условия возникновения.
- •10. Динамический хаос. Его характеристика. Динамический хаос и самоорганизующиеся системы. Значение динамического хаоса для самоорганизующихся систем.
- •11. Первый и второй законы термодинамики. Их формулировка и физический смысл. Обратимые и необратимые процессы.
- •12. Понятие термодинамического равновесия. Равновесные и неравновесные системы. Критерии эволюции системы к состоянию термодинамического равновесия.
- •13. Принципы экстремумов в термодинамике. Их сущность и значение.
- •14. Энтропия. Её физический смысл с позиций термодинамики и молекулярной физики. Связь энтропии и информации.
- •15. Изменение энтропии в открытых системах. Определение скорости продукции энтропии в открытых системах.
- •16. Понятие термодинамического равновесия. Общие свойства систем вблизи термодинамического равновесия.
- •17. Сравнительная характеристика стационарного состояния и термодинамического равновесия. Критерии эволюции системы к стационарному состоянию. Теорема Пригожина.
- •19. Скорость продуцирования энтропии вблизи стационарного состояния системы. Теорема Пригожина.
- •20. Общие свойства систем вдали от термодинамического равновесия.
- •21. Диссипативные структуры: их классификация. Условия возникновения диссипативных структур. Характеристика отдельных видов диссипативных структур.
- •22. Информация в биологии.
- •23. Феномен белка в биофизике. Уникальность строения и свойств белка.
- •24. Элементарные взаимодействия в белках. Их виды. Ковалентные, координационные связи и силы Ван-дер-Ваальса. Их характеристика.
- •25. Элементарные взаимодействия в белках. Водородные связи и гидрофобные взаимодействия. Их характеристика.
- •26. Первичная структура белка. Пептидная связь и её свойства. Пространственная конфигурация полипептидной цепи. Факторы её определяющие. Карты Рамачандрана.
- •27. Вторичная структура белка. Типы вторичной структуры, их особенности. Образование вторичной структуры белка.
- •28. Третичная структура белка. Классификация белков по типу третичной структуры.
- •29. Физическая теория фазовых переходов. Понятие фазового перехода. Типы фазовых переходов. Образование и разрушение пространственной структуры белка с позиции теории фазовых переходов.
- •30. Денатурация белка. Её термодинамическая характеристика. Этапы денатурации белка. Механизмы денатурации. Способы денатурации.
- •32. Механизмы ферментативного катализа на примере работы сериновых протеаз.
- •33. Конформационные изменения в белке. Их значение для работы белка.
- •34. Внутримолекулярная динамика белка. Изменения конформации гемоглобина при оксигенации. Роль аллостерических регуляторов.
- •35. Прогнозирование и дизайн белковых структур.
- •37. Законы поглощения электромагнитного излучения веществом. Спектрофотометрия, её физические основы.
- •38. Спектроскопические методы в биофизике. Их физические основы, задачи спектроскопии, классификация спектроскопических методов.
- •39. Метод электронного парамагнитного резонанса. Физические принципы и применение в изучении биополимеров.
- •40. Метод ядерного магнитного резонанса. Физические принципы и применение в изучении биополимеров.
- •41. Метод мессбауэровской спектроскопии. Его физические принципы и использование в изучении биополимеров.
- •42. Использование поляризованного света в изучении биополимеров.
- •43. Рентгеноструктурный анализ. Его физические принципы и использование при изучении биополимеров.
- •45. Фазовые переходы в биологических мембранах. Их характеристика и функциональное значение.
- •46. Свободнорадикальное окисление в биологических мембранах. Характеристика процесса и его значение для клетки.
- •47. Транспорт веществ через мембраны. Термодинамическая характеристика процесса. Ионное равновесие в мембранных системах. Уравнение Нернста для равновесного потенциала.
- •48. Электродиффузионная теория пассивного транспорта. Уравнение Нернста-Планка. Его вывод и решение.
- •49. Пассивный транспорт неполярных веществ. Уравнение Нернста-Планка для транспорта неполярных веществ. Закон Фика. Механизмы транспорта неполярных соединений.
- •50. Уравнение Гольдмана. Его вывод и физический смысл. Понятие проницаемости и проводимости мембраны.
- •51. Классификация транспорта веществ через мембраны. Термодинамическая и биологическая характеристика отдельных видов транспорта.
- •52. Ионный транспорт через каналы. Основные свойства ионных каналов. Общий план строения ионного канала. Физические принципы работы ионного канала.
- •53. Регуляция работы ионных каналов. Механизмы регуляции. Фармакологическая блокада ионных каналов.
- •54. Облегчённая диффузия. Характеристика процесса.
- •55. Мембранный потенциал покоя. Его механизмы. Расчёт величины мембранного потенциала.
- •56. Мембранный потенциал действия. Механизмы и общие свойства мембранного потенциала действия. Расчёт величины мембранного потенциала действия.
- •57. Модель Ходжкина-Хаксли. Её характеристика и значение для биофизики клетки.
- •58. Молекулярные механизмы сопряжения окисления и фосфорилирования.
- •59. Молекулярные механизмы активного транспорта.
- •60. Молекулярная организация сократительного аппарата миофибрилл.
- •61. Мостиковая гипотеза мышечного сокращения. Рабочий цикл мостика, его этапы. Механизмы механохимического сопряжения в сократительном аппарате.
- •62. Механика и энергетика мышечного сокращения.
- •63. Миграция энергии и электронов в биологических структурах.
- •64. Фотобиологические процессы. Их значение для живой материи. Классификация фотобиологических процессов. Общие закономерности фотобиологических процессов.
- •65. Фотопревращения бактериородопсина. Их характеристика.
- •66. Фотоинформационные и фоторегуляционные процессы.
- •67. Фотодеструктивные процессы. Их общая характеристика. Фотосенсибилизация, её виды и механизмы. Основные типы фотодеструктивных изменений в биологических молекулах.
- •69. Фотодеструктивные процессы. Действие ультрафиолетового излучения на нуклеиновые кислоты. Механизмы фотореактивации и фотозащиты.
- •70. Фотодеструктивные процессы. Их общая характеристика. Действие ультрафиолетового излучения на белки.
- •71. Виды ионизирующих излучений. Их физическая характеристика. Понятие дозы ионизирующего излучения. Виды дозиметрических показателей.
- •72. Действие ионизирующего излучения на вещество.
- •75. Действие ионизирующего излучения на биологические макромолекулы. Механизмы радиационного повреждения макромолекул. Модификация радиочувствительности.
- •76. Действие ионизирующего излучения на клеточном уровне.
65. Фотопревращения бактериородопсина. Их характеристика.
Бактериородопсин – пигмент пурпурных мембран галофильных бактерий. Он создаёт трансмембранный градиент протонов за счёт энергии света, далее этот градиент используется для синтеза АТФ.
Бактериородопсин состоит из хромофорной группы ретиналя, присоединённой к Лиз-216 белковой группы опсина.
До поглощения кванта света ретиналь находится у наружной поверхности мембраны, протон электростатически связан с асп-85. При поглощении кванта света, ретиналь переходит в возбуждённое состояние, происходит его цис-транс изомеризация, протон остаётся на асп-85 и затем выделяется на поверхность мембраны. В новом положении ретиналь контактирует с асп-86 у внутренней поверхности мембраны, забирает протон от асп-86, что приводит к обратному изменению конформации. Асп-86 протонируется из внутренней среды.
Таким образом, цепь переноса:
![]()
Перенос протона бактериородопсином обеспечивается изменением его конформации под действием света.
66. Фотоинформационные и фоторегуляционные процессы.
Фотоинформационные процессы обеспечивают взаимодействие организма с окружающей средой. Фотоинформационные процессы имеют триггерный, нелинейный характер. Свет служит лишь сигналом, запускающим сложную цепь биохимических изменений, которые приводят к определённому биологическому эффекту.
При процессах зрительной рецепции принимают участие зрительные пигменты, главным из которых является родопсин. Родопсин содержится в мембранах дисковидных структур палочковых рецепторов сетчатки глаза. Родопсин состоит из ретиналя и опсина, но опсин отличается от такового бактерий.
-
При поглощении кванта света ретиналем происходит его изомеризация и передача протона другим аминокислотам опсина.
-
Опсин меняет свою конформацию и переходит в физиологически активное состояние.
-
Активированный опсин фосфорилирует трансдуцин, вызывая его активацию при участии ГТФ. Активированный трансдуцин, в свою очередь, фосфорилирует фосфодиэстеразу, переводя её в активное состояние. Фосфодиэстераза катализирует процесс расщепления цГМФ. Этот этап ответственен за эффект усиления, так как одна активированная молекула фосфодиэстеразы может расщепить много тысяч молекул цГМФ.
-
Снижение уровня цГМФ приводит к инактивации Na+ каналов в мембране. Происходит гиперполяризация мембраны, гиперполяризация распространяется электротонически к пресинаптической мембране и вызывает выделение медиатора.
-
В темноте снова происходит регенерация родопсина.
Для фоторегуляторных процессов характерен практически тот же механизм. Во всех процессах обязательно наличие фотохрома, воспринимающего свет, цепи передачи и усиления сигнала и конечного акцептора, ответственного за реализацию эффекта. Конечным эффектом в фоторегуляторных процессах может быть изменение мембранной проницаемости для ионов или гормонов, передача возбуждения на ферменты с изменением их активности, или передача возбуждения на субстрат с последующей его модификацией.
