Set rotation position at geometric center («Установить позицию вращения в геометрическом центре»)
Set rotation position at atom under mouse («Установить позицию вращение на атоме под мышью»)
Set rotation position at eye («Установить позицию вращения на уровне глаз»)
Keep rotation position at center of view («Оставить позицию вращения в центре отображения»)
Show connecting atoms for selection («Показать связанные атомы для выделения»)
Hide selection («Скрыть выделение»)
New polygon connecting selected atoms («Новый многогранник с соединением выбранных атомов»)
Show connecting atoms («Показать связанные атомы»)
Hide connecting atoms («Скрыть связанные атомы»)
Isolate atom / polyhedra under mouse («Изолировать атом/многогранник под мышью»)
Редактор жесткого тела Примечание. Недоступно в topas p
Редактор жесткого тела (рис. 6-1) предназначен для создания, просмотра и редактирования жестких тел и структур. В нем можно открыть и сохранить файлы в формате INP format ( –INP, –STR, –RGD). Кроме того, можно загрузить файлы облака ( –CLD). Обратитесь к техническому справочному руководству для более подробной информации.
Верхняя область Browser («Браузер») может быть показана/скрыта с помощью пункта меню Load/Hide. В области Preview можно предварительно просмотреть текущий выбранный файл (только для чтения).
В основную область просмотра можно загрузить один или несколько файлов (щелчок левой кнопкой мыши по имени файла). Соответствующее определение структуры/жесткого тела отображается в окне Editor («Редактор») слева от основной области. Страница Loaded («Загруженное») в окне Options позволяет посмотреть все загруженные файлы. Выделенные элементы можно удалить клавишей Del.
Редактор позволяет создавать новые жесткие тела и структуры или менять загруженные. Основная область обновляется при выборе пункта меню Update или при нажатии Alty+F1. Новое жесткое тело или изменения можно сохранить используя пункты Save («Сохранить») и Save As («Сохранить как»).
Пункт меню First Guess Z-matrix («Первая предполагаемая Z-матрица») можно использовать для преобразования определения жесткого тала в декартовских или дробных координатах в более удобное внутреннее описание координат. Представление в виде Z-матрицы выдается во временном окне вывода.
Пункт меню Add torsion angle («Добавить угол поворота») позволяет ввести уточняемый угол поворота между двумя выбранными атомами.
В основной области можно использовать большинство функций, доступных в окне просмотра структуры (см. раздел 5).
Редактор жесткого тела
Окно справки
В окне Essential Help («Справка») (рис. 7-1) можно отобразить начальное окно и пользовательскую информацию. Здесь будет отображаться все файлы *.RTF в папке \TOPAS4\Essential Help. Файлы*.RTF можно создать с помощью Microsoft Word.
Пункт меню Help/Essential Help можно использовать для показа и закрытия окна справки.
Окно справки
Работа в gui-режиме и режиме запуска
По умолчанию используетя GUI-режим («режим пользовательского интерфейса»). Режим запуска включается, если входной файл (*.INP) задается командой меню Launch - Set INP File.
Входные файлы содержат всю информацию для управления TOPAS в режиме запуска. Их можно изменить в текстовом редакторе (подробная информация указана в техническом справочном руководстве). Блокнот задан в качестве редактора по умолчанию. Пользователь может задать свой редактор в пункте меню Launch – Editor. Редактирование можно производить, выбрав пункт меню Launch - Edit INP File. В режиме запуска результаты уточнения всегда записываются в выходной файл (*.OUT), который сохраняется в том же формате, что и файл INP. Выходной файл можно просмотреть, выбрав пункт меню Launch - Edit OUT File.
Поскольку в режиме запуска процесс уточнения полностью управляется с помощью входного файла, нижеперечисленные окна в рабочей области не будут влиять на процесс:
Диалоговое окно поиска пиков (раздел 3.3.4)
Диалоговое окно подробной информации о пиках (раздел 3.3.5)
Окно параметров (раздел 4)
Сканирования, загруженные из режима запуска, помещаются в окно параметров для графического отображения. Редактирование этих записей не влияет на процесс подбора, который управляется только из файла INP.
Примечание. Можно работать одновременно в GUI-режиме и в режиме запуска. Выбор входного файла кнопкой Launch в окне подбора позволяет переключаться между режимом пользовательского интерфейса и режимом запуска.