- •Введение
- •1. Краткий исторический очерк развития биохимии и молекулярной биологии
- •2. Объекты исследования биохимии и молекулярной биологии
- •Часть первая. Молекулярные основы и механизмы наследственности
- •Глава 1. Организация генетического аппарата клетки
- •1.1. Становление постулата «днк — носитель генетической информации»
- •1.2. Типы нуклеиновых кислот и их функции
- •1.3. Структура и функции гена. Организация генов в хромосомах
- •1.4. Генетический код
- •1.5. Репликация нуклеиновых кислот
- •Глава 2. Сохранение постоянства и изменчивость геномов
- •2.1. Явление рестрикции—модификации днк
- •2.2. Репарация днк
- •2.3. Мутационный процесс
- •2.4. Генетический обмен и рекомбинация
- •2.5. Деятельность мобильных элементов
- •Глава 3. Экспрессия генов
- •3.1. Транскрипция днк
- •3.2. Регуляция генной экспрессии на уровне транскрипции
- •3.3. Трансляция генетического кода
- •3.4. Посттрансляционная модификация белков
- •Часть вторая. Структура и функции клеточных компонентов
- •Глава 4. Биомембраны
- •4.1. Особенности организации мембранных липидов
- •4.2. Свойства полярных липидов и их агрегатов
- •4.3. Организация и функции мембранных белков
- •4.4. Характерные свойства биомембран
- •4.5. Транспорт веществ через мембраны
- •4.6. Рецепторные функции мембран
- •4.7. Генерация и проведение нервных импульсов
- •Глава 5. Клеточные полисахариды
- •5.1. Резервные полисахариды
- •5.2. Структура клеточных стенок растений
- •5.3. Структура клеточных стенок прокариот
- •5.4. Структура клеточных стенок грибов
- •Глава 6. Белки. Особенности организации и функции ферментов
- •6.1. Особенности структуры ферментных молекул
- •6.2. Специфичность ферментов
- •6.3. Механизм ферментативного катализа
- •6.4. Свойства ферментов
- •6.5. Регуляция активности ферментов
- •Глава 7. Кофакторы
- •7.1. Переносчики восстановительных эквивалентов
- •7.2. Переносчики фосфатных групп. Преобразование энергии в клетке
- •7.3. Переносчики карбоксильных групп
- •7.4. Переносчики ацильных групп
- •Часть третья. Метаболизм. Процессы, приводящие к запасанию энергии
- •Глава 8. Закономерности метаболизма
- •Глава 9. Катаболические пути
- •9.1. Окисление жирных кислот
- •9.2. Катаболизм углеводов
- •Глава 10. Брожение
- •10.1. Спиртовое брожение
- •10.2. Молочнокислое брожение
- •10.3. Реакции субстратного фосфорилирования
- •Глава 11. Цикл трикарбоновых кислот
- •11.1. Окислительное декарбоксилирование пирувата
- •11.2. Химизм цтк
- •11.3. Баланс цтк
- •11.4. Регуляция цтк
- •11.5. Другие пути окисления одно- и двухуглеродных субстратов
- •Глава 12. Дыхание
- •12.1. Характеристика компонентов дыхательной цепи
- •12.2. Окислительно-восстановительный потенциал компонентов
- •12.3. Механизм окислительного фосфорилирования
- •12.4. Энергетический баланс
- •12.5. Особенности анаэробного дыхания
- •12.6. Использование неорганических доноров электронов
- •Глава 13. Улавливание энергии света биомолекулами
- •13.1. Фотосинтез
- •13.2. Зрительное восприятие
- •13.3. Биолюминесценция
- •Часть четвертая. Метаболизм. Процессы, требующие притока энергии
- •Глава 14. Особенности биосинтеза.
- •Биосинтез углеводов
- •14.1. Закономерности обмена и биосинтеза моносахаридов
- •14.2. Биосинтез полисахаридов
- •Глава 15. Биосинтез липидов
- •15.1. Биосинтез насыщенных жирных кислот
- •15.2. Образование ненасыщенных жирных кислот
- •15.3. Биосинтез полярных и неполярных липидов
- •Глава 16. Метаболизм азотсодержащих соединений
- •16.1. Белковый обмен
- •16.2. Круговорот азота в природе
- •16.3. Фиксация азота и включение его в состав органических молекул
- •16.4. Биосинтез аминокислот
- •16.5. Расщепление аминокислот
- •16.6. Выведение аммиака из организма
- •16.7. Судьба углеродных скелетов аминокислот
- •16.8. Метаболизм нуклеотидов
- •Глава 17. Биологическая роль и биосинтез витаминов
- •17.1. Общая характеристика витаминов
- •17.2. Жирорастворимые витамины
- •17.3. Водорастворимые витамины
- •Глава 18. Биологическая роль и закономерности биосинтеза антибиотиков
- •18.1. Механизмы действия антибиотиков на клеточные мишени
- •18.2. Закономерности биосинтеза антибиотиков
- •18.3. Механизмы устойчивости микроорганизмов к антибиотикам
- •19.1. Роль ключевых промежуточных соединений в интеграции метаболизма
- •Глава 19. Интеграция метаболизма
- •19.2. Регуляция метаболизма
- •Часть пятая. Основы генетической инженерии
- •Глава 20. Создание и анализ клонотек геномов
- •20.1. Получение генов
- •20.2. Введение гена в состав вектора
- •20.3. Стратегия клонирования генов
- •20.4. Создание клонотек геномов и идентификация в них генов.
- •20.5. Секвенирование днк
- •Глава 21. Практическое использование методов генетической инженерии
- •21.1. Получение эукариотических белков и решение проблем
- •Экспрессии чужеродных генов
- •21.2. Локализованный мутагенез и белковая инженерия
- •21.3. Достижения генетической инженерии в конструировании штаммов-продуцентов биологически активных веществ
- •21.4. Генетическая инженерия на службе медицины и сельского хозяйства
4.5. Транспорт веществ через мембраны
Жизнедеятельность клетки связана с постоянным обменом ее содержимого с окружающей средой. Точно так же и внутри клетки происходит перемещение веществ между органеллами или компартментами. Все эти события связаны с преодолением основного барьера для веществ — мембраны, ограничивающей органеллу или саму клетку. При этом следует помнить, что главная функция биомембран — избирательность транспорта для различных - веществ и ионов. Возможные способы транспорта через мембраны можно разделить на 4 основных типа: пассивная диффузия, облегченная диффузия, активный транспорт и цитозы.
Пассивная диффузия. Это процесс транспорта через мембраны веществ из области с большей их концентрацией в область с меньшей концентрацией (по химическому градиенту), в котором не принимают участия транспортные белки и не затрачивается энергия. С помощью такого способа через мембрану транспортируются малые незаряженные молекулы, например молекулы газов, некоторые анестезирующие вещества, а также вода. Чтобы пересечь бислой, молекула должна преодолеть поверхностное натяжение на границе мембраны, проникнуть в бислой, продиффундировать через него и выйти с противоположной стороны, вновь преодолев энергетический барьер на границе раздела фаз. Этим и объясняется избирательная проницаемость липидного бислоя для небольших молекул неэлектролитов. Удивительным является факт весьма легкого и быстрого проникновения воды через мембраны: показано, что молекуле воды требуется для пересечения бислоя всего 1 мкс. Для объяснения этого феномена в последнее время появляются основанные на некоторых экспериментальных данных предположения о том, что в мембранах все же существуют какие-то белковые проводящие пути для воды, либо молекулы воды пользуются локальными дефектами в структуре бислоев.
Перемещение одних только молекул воды через полупроницаемую мембрану можно рассматривать как частный вид диффузии — осмос. Под осмосом понимают переход молекул воды из области с высоким водным потенциалом и низкой концентрацией растворенного вещества в область с низким водным потенциалом и высокой концентрацией растворенного вещества (рис. 4.9). В этом случае молекулы воды будут переходить из гипотонического раствора в гипертонический до тех пор, пока не наступит равновесие и оба раствора не станут изотоническими по отношению друг к другу.
Чтобы обозначить величину уменьшения водного потенциала, вызванного присутствием растворенных веществ, используют термин «осмотическое давление». Под осмотическим давлением понимают давление, которое следует приложить к раствору, чтобы остановить осмотическое поступление воды в него через полупроницаемую мембрану. Повышение концентрации растворенного вещества увеличивает осмотическое давление и уменьшает водный потенциал раствора.
Перемещение воды через плазматические мембраны клеток в соответствии с законами осмоса создает организмам немалые проблемы, особенно для водных обитателей. Поэтому осморегуляция (поддержание водного потенциала в клетке на постоянном уровне) является важной стороной функциональной деятельности большинства организмов, и на ее осуществление зачастую тратится значительная доля запасенной клеткой энергии.
Скорость диффузии веществ через мембраны зависит от многих причин: растворимости вещества в мембране, коэффициента диффузии в мембране, а также разности концентрации вещества снаружи и внутри клетки (градиента концентрации) (рис. 4.10).
Облегченная диффузия. Этот вид транспорта осуществляется с помощью транспортных белков по электрохимическому градиенту (разность электрических потенциалов и концентраций веществ) без затрат энергии. Это селективный перенос веществ — вещество будет транспортировано через мембрану лишь в том случае, если для него в мембране имеется функционирующий транспортный белок. Поскольку в облегченной диффузии задействованы белки, этот процесс, в отличие от пассивной диффузии, может достигать эффекта насыщения. Стадия насыщения (рис. 4.10) характеризует состояние, когда все транспортные белки для данного вещества насыщены субстратом и скорость транспорта этого вещества достигает максимума.
С помощью облегченной диффузии через мембрану транспортируются многие вещества, в том числе гидрофильные молекулы: углеводы, аминокислоты, нуклеотиды, различные ионы и др. При этом скорость транспорта значительно превышает скорость пассивной диффузии (рис.4.10). Принципиально возможны два пути переноса веществ и ионов через мембрану: с помощью переносчиков и каналов. Поскольку трансмембранное перемещение белков в биомембранах не обнаружено, предложена модель, описывающая работу переносчиков — механизм «пинг-понг». Согласно этому механизму, транспорт веществ связан с конформационными изменениями в структуре белка-переносчика, которые индуцируются связыванием транспортируемого вещества (рис. 4.11).
Работу каналов можно рассмотреть на примере ацетилхолинового рецептора. Этот интегральный белок находится в основном в мембранах нервномышечных соединений скелетных мышц. Он состоит из пяти субъединиц четырех типов и открывается в ответ на связывание ацетилхолина (нейромедиатор). При взаимодействии с ацетилхолином канал открывается, что связано с изменением конформации субъединиц, и пропускает определенные ионы (Na+ , K+ , Ca2+ и некоторые другие), остается в таком положении 1 мс, а затем закрывается. Селективное перемещение катионов изменяет трансмембранный потенциал, в результате чего происходит электрическое возбуждение мышечной клетки, что приводит к сокращению мышцы. Изучение структуры ацетилхолинового рецептора показало, что пять белковых субъединиц встроены в бислой определенным образом: они организованы вокруг центральной поры диаметром 3 нм, через которую и транспортируются катионы. Непроницаемость канала для анионов и в три раза большую проницаемость для катионов, чем для незаряженных молекул, можно объяснить электростатическими взаимодействиями, возникающими благодаря присутствию в воротах канала биполярных или отрицательно заряженных групп.
Особым типом транспорта веществ в ходе облегченной диффузии является использование ионофоров, действие которых изучено на искусственных мембранах. Под ионофорами понимают низкомолекулярные вещества пептидной природы, избирательно транспортирующие через мембраны ионы. Различают ионофоры-каналообразователи (грамицидин А, амфотерицин B и др.) и ионофоры-переносчики (валиномицин, энниатины, боверицин).
Валиномицин представляет собой антибиотик депсипептидной природы, организованный по типу ионной «ловушки». В неполярных растворителях конформация валиномицина напоминает собой браслет, внутренняя полость которого точно подогнана под размеры ионов калия. Внешняя сфера валиномицина гидрофобна, в результате чего он способен перемещаться в липидном бислое и транспортировать через него ионы.
Хорошо изученным примером ионофоров-каналообразователей служит грамицидин А. Это антибиотик пептидной природы, состоящий из 15 аминокислот. Две молекулы грамицидина могут пронизывать мембрану в виде двойной спирали или образуя димер «голова к голове». В таких конформациях молекулы грамицидина А формируют полый цилиндр, по которому могут перемещаться ионы металлов.
В биологических мембранах ионофорный тип транспорта до сих пор не обнаружен.
Активный транспорт. Это сопряженный с потреблением энергии перенос молекул или ионов через мембрану против электрохимического градиента, в котором задействованы транспортные белки. Благодаря активному транспорту в жизнеспособных клетках между двумя сторонами мембраны поддерживается разность потенциалов, т. е. электрический заряд, при этом у большинства изученных клеток внутреннее содержимое заряжено отрицательно по отношению к внешней среде.
Активный транспорт сопряжен со значительными затратами энергии: некоторые клетки тратят более трети всей запасенной энергии для создания ионного градиента на мембране. Это необходимо для таких жизненно важных процессов, как осморегуляция, генерация и передача нервных импульсов, перенос в клетки питательных веществ (сахаров, аминокислот и др.).
Разнообразные системы активного транспорта отличаются друг от друга, в первую очередь тем, что служит для них источником энергии: АТР, ионный градиент, фосфоенолпируват, видимый свет. Наиболее хорошо изученной системой активного транспорта является натрий-калиевая (Na+/K+)-АТР-аза, функционирующая в плазматических мембранах животных клеток. Этот интегральный белок состоит из двух субъединиц: бульшая представлена полипептидом, имеющим участки связывания для ионов натрия и АТР на цито плазматической поверхности, а ионов калия — на наружной; меньшая субъединица является гликопротеином. Работа (Na+/K+)-АТР-азы заключается в следующем: при гидролизе одной молекулы АТР из клетки выкачивается 3 иона Na+ , а извне в клетку проводится 2 иона K+ , т. е. выводится больше положительных ионов, чем проводится внутрь клетки. Так на внутренней стороне мембраны создается избыточный отрицательный заряд, и клетка становится электрогенной. В мембранах обычно присутствуют проводящие пути для облегченной диффузии ионов натрия и калия по электрохимическому градиенту, и этот транспорт, хотя и с малой скоростью, совершается. Однако в жизнеспособной клетке не происходит уравнивания концентраций ионов, создающих электрохимический градиент на мембране, благодаря постоянной работе первичных активных переносчиков, таких, как (Na+/K+)-АТР-аза. Таким образом, ионные насосы, принимающие участие в первичном активном транспорте, осуществляют перемещение заряда на мембране и создают на ней электрохимический градиент, в котором заключена энергия.
Вторичные активные переносчики используют электрохимические градиенты в качестве движущей силы для транспорта растворимых веществ. Этот процесс можно проследить на примере клеток эпителия кишечника. Образуемые в кишечнике при переваривании пищи строительные блоки (аминокислоты, глюкоза и др.) поступают в кровь при диффузии через мембраны кровеносных сосудов, и эта диффузия осуществляется в ходе симпорта (однонаправленного транспорта) с ионами натрия. Ионы натрия стремятся возвратиться в клетку согласно закономерностям облегченной диффузии и как бы тянут с собой молекулы питательных веществ. В мембранах обнаружены специфические переносчики сахаров и разных аминокислот, которые функционируют в системе активного транспорта, накапливая в клетке эти вещества, извлекая их даже из очень разбавленных растворов, т. е. против химического градиента. Эти же транспортные системы могут участвовать и в облегченной диффузии, если вещества транспортируются по химическому градиенту. Кроме описанного выше примера симпорта питательных веществ вместе с возвращающимися в клетку ионами натрия, существует и разнонаправленный транспорт — антипорт. Например, белок полосы 3 эритроцитов осуществляет сопряженный транспорт Cl- и HCO3- в противоположных направлениях через эритроцитарную мембрану.
У аэробных бактерий транспорт питательных веществ в клетку осуществляется в ходе симпорта не с ионами Na+ , а с протонами. Наилучшим образом охарактеризованным примером подобного переносчика служит лактозопермеаза кишечной палочки. Этот интегральный белок использует протонный электрохимический градиент, созданный на мембране в результате окислительного фосфорилирования, для симпорта лактозы: с каждым возвращенным в клетку протоном переносится одна молекула лактозы.
Следует отметить, что АТР-азы представляют собой ферменты, катализирующие взаимообратимые реакции: при гидролизе АТР ионы транспортируются против электрохимического градиента, а перенос ионов по электрохимическому градиенту через каналы АТР-азы может запускать синтез АТР.
Эндоцитоз и экзоцитоз. Эти способы переноса веществ через мембраны связаны с образованием впячиваний (инвагинаций) мембраны и формированием особых мембранных везикул, обеспечивающих прохождение через мембрану крупных макромолекул и частиц. При этом эндоцитоз обеспечивает поглощение клеткой веществ, а экзоцитоз — выделение из клетки. Принято делить цитозы еще на два типа: пиноцитоз и фагоцитоз. Пиноцитоз — это механизм, с помощью которого через мембрану проводятся белки и другие макромолекулы в жидкой фазе. Фагоцитоз представляет собой поглощение клеткой крупных частиц, например бактерий, вирусов. Эти виды транспорта характерны в основном для эукариотических клеток, причем у животных фагоцитоз осуществляют только специализированные клетки, такие, например, как макрофаги. Для многих простейших, например амеб, фагоцитоз является основным способом питания.
Важной особенностью цитозов является последовательное образование и слияние везикул, в которых заключено транспортируемое вещество, причем секретируемые и поглащаемые молекулы локализуются в везикулах и не смешиваются с другими макромолекулами или органеллами клетки. С помощью не установленного пока механизма каждый пузырек сливается только со специфическими мембранными структурами (рис. 4.12).
В основе цитозов лежит еще одно характерное свойство липидных слоев биомембран — способность к агрегации, в результате чего мелкие везикулы объединяются в более крупные или происходит объединение везикул с плазматической мембраной клетки. Такой механизм основан на универсальности структуры биомембран, участвующих в формировании клеточных органелл и протопластов. Аналогичное явление можно наблюдать в пенах, где мыльные пузыри, также состоящие из амфифильных молекул (мыла — соли жирных кислот), обладают тенденцией к объединению с образованием более крупных структур. Способность мембран к агрегации лежит в основе такого широко распространенного способа переноса генетической информации, как слияние протопластов.
Скорость цитозов удивительно высокая. Показано, что клетки печени поглощают путем эндоцитоза за 1 ч количество жидкости, составляющее не менее 20% их объема, и количество мембранного материала, по площади превышающее в пять раз площадь их плазматической мембраны. Сходство цитозов с другими способами транспорта веществ через биомембраны состоит в том, что переносимое вещество должно быть «узнано» мембранными компонентами, иными словами, и в этом случае проявляется избирательная проницаемость мембран для различных соединений.
