- •Введение
- •1. Краткий исторический очерк развития биохимии и молекулярной биологии
- •2. Объекты исследования биохимии и молекулярной биологии
- •Часть первая. Молекулярные основы и механизмы наследственности
- •Глава 1. Организация генетического аппарата клетки
- •1.1. Становление постулата «днк — носитель генетической информации»
- •1.2. Типы нуклеиновых кислот и их функции
- •1.3. Структура и функции гена. Организация генов в хромосомах
- •1.4. Генетический код
- •1.5. Репликация нуклеиновых кислот
- •Глава 2. Сохранение постоянства и изменчивость геномов
- •2.1. Явление рестрикции—модификации днк
- •2.2. Репарация днк
- •2.3. Мутационный процесс
- •2.4. Генетический обмен и рекомбинация
- •2.5. Деятельность мобильных элементов
- •Глава 3. Экспрессия генов
- •3.1. Транскрипция днк
- •3.2. Регуляция генной экспрессии на уровне транскрипции
- •3.3. Трансляция генетического кода
- •3.4. Посттрансляционная модификация белков
- •Часть вторая. Структура и функции клеточных компонентов
- •Глава 4. Биомембраны
- •4.1. Особенности организации мембранных липидов
- •4.2. Свойства полярных липидов и их агрегатов
- •4.3. Организация и функции мембранных белков
- •4.4. Характерные свойства биомембран
- •4.5. Транспорт веществ через мембраны
- •4.6. Рецепторные функции мембран
- •4.7. Генерация и проведение нервных импульсов
- •Глава 5. Клеточные полисахариды
- •5.1. Резервные полисахариды
- •5.2. Структура клеточных стенок растений
- •5.3. Структура клеточных стенок прокариот
- •5.4. Структура клеточных стенок грибов
- •Глава 6. Белки. Особенности организации и функции ферментов
- •6.1. Особенности структуры ферментных молекул
- •6.2. Специфичность ферментов
- •6.3. Механизм ферментативного катализа
- •6.4. Свойства ферментов
- •6.5. Регуляция активности ферментов
- •Глава 7. Кофакторы
- •7.1. Переносчики восстановительных эквивалентов
- •7.2. Переносчики фосфатных групп. Преобразование энергии в клетке
- •7.3. Переносчики карбоксильных групп
- •7.4. Переносчики ацильных групп
- •Часть третья. Метаболизм. Процессы, приводящие к запасанию энергии
- •Глава 8. Закономерности метаболизма
- •Глава 9. Катаболические пути
- •9.1. Окисление жирных кислот
- •9.2. Катаболизм углеводов
- •Глава 10. Брожение
- •10.1. Спиртовое брожение
- •10.2. Молочнокислое брожение
- •10.3. Реакции субстратного фосфорилирования
- •Глава 11. Цикл трикарбоновых кислот
- •11.1. Окислительное декарбоксилирование пирувата
- •11.2. Химизм цтк
- •11.3. Баланс цтк
- •11.4. Регуляция цтк
- •11.5. Другие пути окисления одно- и двухуглеродных субстратов
- •Глава 12. Дыхание
- •12.1. Характеристика компонентов дыхательной цепи
- •12.2. Окислительно-восстановительный потенциал компонентов
- •12.3. Механизм окислительного фосфорилирования
- •12.4. Энергетический баланс
- •12.5. Особенности анаэробного дыхания
- •12.6. Использование неорганических доноров электронов
- •Глава 13. Улавливание энергии света биомолекулами
- •13.1. Фотосинтез
- •13.2. Зрительное восприятие
- •13.3. Биолюминесценция
- •Часть четвертая. Метаболизм. Процессы, требующие притока энергии
- •Глава 14. Особенности биосинтеза.
- •Биосинтез углеводов
- •14.1. Закономерности обмена и биосинтеза моносахаридов
- •14.2. Биосинтез полисахаридов
- •Глава 15. Биосинтез липидов
- •15.1. Биосинтез насыщенных жирных кислот
- •15.2. Образование ненасыщенных жирных кислот
- •15.3. Биосинтез полярных и неполярных липидов
- •Глава 16. Метаболизм азотсодержащих соединений
- •16.1. Белковый обмен
- •16.2. Круговорот азота в природе
- •16.3. Фиксация азота и включение его в состав органических молекул
- •16.4. Биосинтез аминокислот
- •16.5. Расщепление аминокислот
- •16.6. Выведение аммиака из организма
- •16.7. Судьба углеродных скелетов аминокислот
- •16.8. Метаболизм нуклеотидов
- •Глава 17. Биологическая роль и биосинтез витаминов
- •17.1. Общая характеристика витаминов
- •17.2. Жирорастворимые витамины
- •17.3. Водорастворимые витамины
- •Глава 18. Биологическая роль и закономерности биосинтеза антибиотиков
- •18.1. Механизмы действия антибиотиков на клеточные мишени
- •18.2. Закономерности биосинтеза антибиотиков
- •18.3. Механизмы устойчивости микроорганизмов к антибиотикам
- •19.1. Роль ключевых промежуточных соединений в интеграции метаболизма
- •Глава 19. Интеграция метаболизма
- •19.2. Регуляция метаболизма
- •Часть пятая. Основы генетической инженерии
- •Глава 20. Создание и анализ клонотек геномов
- •20.1. Получение генов
- •20.2. Введение гена в состав вектора
- •20.3. Стратегия клонирования генов
- •20.4. Создание клонотек геномов и идентификация в них генов.
- •20.5. Секвенирование днк
- •Глава 21. Практическое использование методов генетической инженерии
- •21.1. Получение эукариотических белков и решение проблем
- •Экспрессии чужеродных генов
- •21.2. Локализованный мутагенез и белковая инженерия
- •21.3. Достижения генетической инженерии в конструировании штаммов-продуцентов биологически активных веществ
- •21.4. Генетическая инженерия на службе медицины и сельского хозяйства
7.2. Переносчики фосфатных групп. Преобразование энергии в клетке
Кофакторы — переносчики фосфатных групп являются обязательными компонентами не менее 225 ферментов. Подавляющее большинство этих ферментов специфично к аденозиндифосфату (ADP), и их называют киназами. Типичную киназную реакцию можно представить схематически:
где x-Pi — фосфорилированный субстрат, выполняющий роль донора неорганического фосфата (Pi); ADP — акцептор фосфатной группы; х —дефосфорилированный донор; АТР — аденозинтрифосфат.
После этой реакции может осуществиться другая киназная (уравнение 7.2) либо синтетазная (уравнение 7.3) реакция:
Нетрудно заметить, что в реакциях типа 7.2 и 7.3 высвобождается ADP, который снова может принимать участие в реакции типа 7.1, что и дает основание отнести аденозиндифосфат к кофакторам.
В реакции типа 7.1 формируется АТР — богатое энергией вещество, основной поставщик энергии в клеточных процессах. В реакции типа 7.2 АТР выполняет роль донора фосфатной группы, а в реакции типа 7.3 —донора энергии для взаимодействия вещества «y» с веществом «z». Но по сути АТР служит сопрягающим агентом, позволяющим осуществиться реакциям 7.2 и 7.3 за счет распада вещества x-Pi (реакция 7.1).
Особенности структуры молекулы АТР. Аденозинтрифосфат имеет своеобразное строение (рис. 7.6): при значениях рН, близких к 7, трифосфатный компонент несет около четырех отрицательных зарядов, которые находятся в непосредственной близости друг к другу и сильно взаимоотталкиваются. Электростатическое отталкивание между заряженными группами ослабляется при гидролизе АТР. Кроме того, АТР характеризуется меньшей резонансной стабилизацией, чем продукт его гидролиза — ADP и Pi . Таким образом, АТР является термодинамически неустойчивой молекулой и гидролизуется с образованием ADP или АМР. При этом расщепляются макроэргические связи (обозначаются знаком ~) и выделяется большое количество энергии.
При гидролизе макроэргических связей АТР при рН 7 в стандартных условиях изменение свободной энергии составляет от –30 до –35 кДж/моль, независимо от того, какая из ангидридных связей АТР при этом расщепляется. Эта энергия может быть расходована для запуска реакций, требующих притока энергии, или для активации молекул (некоторые вещества способны подвергаться превращениям только в активированном виде). При этом термодинамически невыгодная реакция может быть превращена в термодинамически выгодную путем сопряжения с гидролизом АТР.
Действующей формой АТР является комплекс с ионом Mg2+, кординационно связанным с a- и b-фосфатом.
Строго говоря,
АТР является непосредственно
используемым донором свободной энергии,
а не формой ее запасания: обычно моле
человек в покое расходует до 40 кг АТР
за 24 ч, а во время интенсивной работы
скорость использования АТР может
достигать 0,5 кг/мин. Такие жизненно
важные процессы, как движение, активный
транспорт веществ через мембраны,
биосинтез, поддержание температуры
организма, осморегуляция, генерация
и проведение нервных импульсов,
свечение, мышечные сокращения, требуют
непрерывной регенерации АТР. Как же
образуется АТР?
Образование АТР. Аденозинтрифосфат — «основная энергетическая валюта клетки» — может образовываться в ходе нескольких процессов, сопровождающихся следующими механизмами.
1. Окислительное фосфорилирование, которое осуществляется в процессе дыхания (аэробного либо анаэробного) и требует обязательного участия мембран. Движущей силой синтеза АТР служит энергия протонного градиента на мембране.
2. Фотофосфорилирование — механизм трансформирования световой энергии в энергию макроэргических связей АТР, реализующийся при фотосинтезе. Также требует участия биомембран, поскольку и в этом случае движущей силой синтеза АТР выступает энергия протонного градиента на мембране.
3. Субстратное фосфорилирование. Здесь АТР синтезируется при расщеплении макроэргических связей некоторых метаболитов. Процесс не требует участия мембран и реализуется в катаболитных путях и в ходе некоторых типов брожения.
Во всех перечисленных процессах АТР образуется из АDP и неорганического фосфата. В свою очередь, АDP может образовываться из АТР и АМР, чему способствуют взаимопревращения, катализируемые ферментом аденилаткиназой согласно следующему уравнению реакции:
АТР + АМР ↔АDP + АDP (7.4)
Важно отметить, что по потенциалу переноса фосфатной группы АТР занимает промежуточное положение в ряду биологически важных фосфорилированных молекул, выполняя функцию и доноров, и акцепторов энергии в обмене веществ. Это означает, что должны существовать соединения, характеризующиеся более высоким потенциалом переноса неорганического фосфата, чем АТР. Данные соединения (ацетилфосфат, креатинфосфат, фосфоенолпируват, 1,3-дифисфоглицерат, карбамоилфосфат и некоторые другие) также содержат макроэргические связи и называются макроэргическими соединениями.
Основным признаком макроэргической связи является то, что при ее расщеплении или новообразовании изменение уровня свободной энергии составляет гораздо большую величину (в среднем 25—50 кДж/моль), чем при преобразовании нормальной связи (порядка 12,5 кДж/моль). Макроэргические связи представлены в основном сложноэфирными связями, в том числе тиоэфирными, ангидридными (как в молекуле АТР) и фосфоамидными. Практически все известные макроэргические соединения содержат по месту локали зации данных связей атомы серы и фосфора. Аденозиндифосфат, как кофактор киназ, представляет собой подвижный переносчик фосфатной группы и может быть отнесен к коферментам.
Некоторые ферменты используют в качестве переносчиков фосфатных групп другие нуклеозиддифосфаты — GDP, UDP или CDP, однако такие реакции встречаются нечасто.
