- •Введение
- •1. Краткий исторический очерк развития биохимии и молекулярной биологии
- •2. Объекты исследования биохимии и молекулярной биологии
- •Часть первая. Молекулярные основы и механизмы наследственности
- •Глава 1. Организация генетического аппарата клетки
- •1.1. Становление постулата «днк — носитель генетической информации»
- •1.2. Типы нуклеиновых кислот и их функции
- •1.3. Структура и функции гена. Организация генов в хромосомах
- •1.4. Генетический код
- •1.5. Репликация нуклеиновых кислот
- •Глава 2. Сохранение постоянства и изменчивость геномов
- •2.1. Явление рестрикции—модификации днк
- •2.2. Репарация днк
- •2.3. Мутационный процесс
- •2.4. Генетический обмен и рекомбинация
- •2.5. Деятельность мобильных элементов
- •Глава 3. Экспрессия генов
- •3.1. Транскрипция днк
- •3.2. Регуляция генной экспрессии на уровне транскрипции
- •3.3. Трансляция генетического кода
- •3.4. Посттрансляционная модификация белков
- •Часть вторая. Структура и функции клеточных компонентов
- •Глава 4. Биомембраны
- •4.1. Особенности организации мембранных липидов
- •4.2. Свойства полярных липидов и их агрегатов
- •4.3. Организация и функции мембранных белков
- •4.4. Характерные свойства биомембран
- •4.5. Транспорт веществ через мембраны
- •4.6. Рецепторные функции мембран
- •4.7. Генерация и проведение нервных импульсов
- •Глава 5. Клеточные полисахариды
- •5.1. Резервные полисахариды
- •5.2. Структура клеточных стенок растений
- •5.3. Структура клеточных стенок прокариот
- •5.4. Структура клеточных стенок грибов
- •Глава 6. Белки. Особенности организации и функции ферментов
- •6.1. Особенности структуры ферментных молекул
- •6.2. Специфичность ферментов
- •6.3. Механизм ферментативного катализа
- •6.4. Свойства ферментов
- •6.5. Регуляция активности ферментов
- •Глава 7. Кофакторы
- •7.1. Переносчики восстановительных эквивалентов
- •7.2. Переносчики фосфатных групп. Преобразование энергии в клетке
- •7.3. Переносчики карбоксильных групп
- •7.4. Переносчики ацильных групп
- •Часть третья. Метаболизм. Процессы, приводящие к запасанию энергии
- •Глава 8. Закономерности метаболизма
- •Глава 9. Катаболические пути
- •9.1. Окисление жирных кислот
- •9.2. Катаболизм углеводов
- •Глава 10. Брожение
- •10.1. Спиртовое брожение
- •10.2. Молочнокислое брожение
- •10.3. Реакции субстратного фосфорилирования
- •Глава 11. Цикл трикарбоновых кислот
- •11.1. Окислительное декарбоксилирование пирувата
- •11.2. Химизм цтк
- •11.3. Баланс цтк
- •11.4. Регуляция цтк
- •11.5. Другие пути окисления одно- и двухуглеродных субстратов
- •Глава 12. Дыхание
- •12.1. Характеристика компонентов дыхательной цепи
- •12.2. Окислительно-восстановительный потенциал компонентов
- •12.3. Механизм окислительного фосфорилирования
- •12.4. Энергетический баланс
- •12.5. Особенности анаэробного дыхания
- •12.6. Использование неорганических доноров электронов
- •Глава 13. Улавливание энергии света биомолекулами
- •13.1. Фотосинтез
- •13.2. Зрительное восприятие
- •13.3. Биолюминесценция
- •Часть четвертая. Метаболизм. Процессы, требующие притока энергии
- •Глава 14. Особенности биосинтеза.
- •Биосинтез углеводов
- •14.1. Закономерности обмена и биосинтеза моносахаридов
- •14.2. Биосинтез полисахаридов
- •Глава 15. Биосинтез липидов
- •15.1. Биосинтез насыщенных жирных кислот
- •15.2. Образование ненасыщенных жирных кислот
- •15.3. Биосинтез полярных и неполярных липидов
- •Глава 16. Метаболизм азотсодержащих соединений
- •16.1. Белковый обмен
- •16.2. Круговорот азота в природе
- •16.3. Фиксация азота и включение его в состав органических молекул
- •16.4. Биосинтез аминокислот
- •16.5. Расщепление аминокислот
- •16.6. Выведение аммиака из организма
- •16.7. Судьба углеродных скелетов аминокислот
- •16.8. Метаболизм нуклеотидов
- •Глава 17. Биологическая роль и биосинтез витаминов
- •17.1. Общая характеристика витаминов
- •17.2. Жирорастворимые витамины
- •17.3. Водорастворимые витамины
- •Глава 18. Биологическая роль и закономерности биосинтеза антибиотиков
- •18.1. Механизмы действия антибиотиков на клеточные мишени
- •18.2. Закономерности биосинтеза антибиотиков
- •18.3. Механизмы устойчивости микроорганизмов к антибиотикам
- •19.1. Роль ключевых промежуточных соединений в интеграции метаболизма
- •Глава 19. Интеграция метаболизма
- •19.2. Регуляция метаболизма
- •Часть пятая. Основы генетической инженерии
- •Глава 20. Создание и анализ клонотек геномов
- •20.1. Получение генов
- •20.2. Введение гена в состав вектора
- •20.3. Стратегия клонирования генов
- •20.4. Создание клонотек геномов и идентификация в них генов.
- •20.5. Секвенирование днк
- •Глава 21. Практическое использование методов генетической инженерии
- •21.1. Получение эукариотических белков и решение проблем
- •Экспрессии чужеродных генов
- •21.2. Локализованный мутагенез и белковая инженерия
- •21.3. Достижения генетической инженерии в конструировании штаммов-продуцентов биологически активных веществ
- •21.4. Генетическая инженерия на службе медицины и сельского хозяйства
9.2. Катаболизм углеводов
Основными источниками углерода и энергии, а значит, и пищевыми субстратами для большинства организмов (исключая растения) служат углеводы. Среди них на планете в наибольшей мере распространены целлюлоза, ее производные и крахмал. Кроме этих полисахаридов, большое значение имеют гликоген, инулин, хитин, ксиланы, пектиновые вещества и др. Большинство перечисленных полисахаридов расщепляется при участии специфических ферментов на моносахариды, среди которых преобладают гексозы и пентозы. Зачастую расщепление поли- и олигосахаридов осуществляется при участии ферментов фосфорилаз, и тогда образованные продукты оказываются фосфорилированными.
Особенностью сахаров является наличие при каждом атоме углерода атома кислорода, что делает возможным химическую атаку этих субстратов практически в любой точке молекулы. Кроме того, моносахариды и в первую очередь их фосфорилированные формы способны к изомеризации: карбонильные группы, атомы водорода могут легко перемещаться в соседнее положение или изменять свое пространственное положение в молекуле с помощью изомераз. Таким образом, появляется возможность перехода от любой гексозы или пентозы к любой другой, изомерной ей. По этой причине, несмотря на многообразие и сложность процессов обмена углеводов, можно выделить несколько типичных путей их превращения, в частности катаболизма, имеющих выраженные отличительные особенности. Такими путями служат: гликолиз, пентозофосфатные пути и путь Энтнера—Дудорова.
К закономерностям катаболизма моносахаридов относится обязательная начальная стадия активации свободных моноз, которая осуществляется в ходе фосфорилирования. В результате образуются фосфорные эфиры моносахаридов, способные вступать в дальнейшие превращения.
Гликолиз. Этот способ катаболизма сахаров называют иначе фруктозо-1,6-дифосфатным путем (по названию ключевого соединения) или путем Эмбдена—Мейергофа—Парнаса (по именам его исследователей).
Гликолиз считается наиболее универсальным и самым выгодным с энергетической точки зрения путем катаболизма гексоз. Процесс открыт в 1897 г. братьями Бухнерами, и его название происходит от двух греческих корней: glicos — сахар и lysis — растворять. В ходе гликолиза происходит не требующее участия молекулярного кислорода многоэтапное превращение гексоз в пируват, что сопровождается образованием АТР и восстановительных эквивалентов.
Реакции гликолитического пути осуществляются в цитозоле. Все промежуточные соединения имеют фосфорилированную форму. Для запасания энергии используется механизм субстратного фосфорилирования.
Превращение глюкозы в пируват (рис. 9.3) требует участия десяти ферментов и осуществляется в ходе следующих стадий: подготовка к разрыву гексозной цепи, разрыв цепи и образование глицеральдегид-3-фосфата, первое и второе субстратное фосфорилирование.
Процесс начинается с фосфорилирования глюкозы (активация молекулы) с участием АТР (донор фосфатной группы) и фермента гексокиназы. Образующийся глюкозо-6-фосфат в следующей реакции изомеризуется глюкозофосфатизомеразой во фруктозо-6-фосфат, который претерпевает второе фосфорилирование за счет АТР с образованием фруктозо-1,6-дифосфата.
Фруктозо-1,6-дифосфат является ключевым промежуточным продуктом гликолитического пути: именно данное соединение отличает гликолиз от других путей катаболизма сахаров. Кроме того, на уровне этого вещества осуществляется регуляция скорости всего процесса гликолиза. Активность катализирующего данную реакцию фермента (фосфо-фруктокиназы) ингибируется высокими концентрациями АТР, при этом снижается сродство фосфофруктокиназы к субстрату — фруктозо-6-фосфату. Кроме того, фосфофруктокиназа ингибируется цитратом —ранним промежуточным продуктом цикла трикарбоновых кислот. Известна и активация фосфофруктокиназы: ее осуществляют ADP и неорганический фосфат. Таким образом, фосфофруктокиназа наиболее активна в условиях, когда в клетке мало АТР (много ADP) и недостает строительных блоков.
На следующем этапе гликолиза фруктозодифосфат расщепляется с участием фруктозодифосфатальдолазы на два триозофосфата: дигидроксиацетонфосфат и глицеральдегидтрифосфат. Эти продукты представляют собой изомеры и легко переходят один в другой под действием триозофосфатизомеразы. Однако направление этой реакции сдвинуто в сторону образования глицеральдегид-3-фосфата, поскольку он все время выводится из реакционной смеси, претерпевая дальнейшие превращения. Глицеральдегид-3-фосфат служит субстратом первого субстратного фосфорилирования.
В ходе оставшихся этапов гликолиза, в отличие от предыдущих, энергия выделяется и запасается в форме АТР. Одной из подобных реакций является окисление глицеральдегид-3-фосфата. Фермент, катализирующий данную реакцию (глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа), использует в качестве кофермента NAD и характеризуется содержанием большого количества сульфгидрильных групп (SH-групп). Окисление начинается со связывания глицеральдегид-3-фосфата с SH-группой фермента — формируется субстратферментный комплекс. Далее фермент катализирует перенос водорода с субстрата на NAD+, и восстановленный кофермент отделяется. Реакция дегидрирования и служит окислительной реакцией, поставляющей энергию: возникает комплекс фермента с ацильным остатком (тиоэфир), богатый энергией. Затем осуществляется фосфоролиз — перенос остатка глицеральдегид-3-фосфата совместно с макроэргической связью на фосфорную кислоту, что приводит к образованию 1,3-дифосфоглицериновой кислоты и исходной формы фермента. 1,3-Дифосфоглицерат представляет собой смешанный ангидрид фосфорной и карбоновой кислот и имеет высокий потенциал переноса фосфатной группы. Богатая энергией фосфатная группа переносится с 1,3-дифосфоглицерата на ADP с участием фосфоглицераткиназы и образованием продуктов: 3-фосфоглицерата и АТР. Так осуществляется первое субстратное фосфорилирование в гликолизе.
Заключительный этап гликолиза — второе субстратное фосфорилирование — начинается со внутримолекулярной перестройки, в ходе которой 3-фосфоглицерат изомеризуется в 2-фосфоглицерат (фермент фосфоглицератмутаза). 2-Фосфоглицерат дегидратируется в фосфоенолпируват при участии енолазы. В результате этой реакции образуется соединение, характеризующееся высоким потенциалом переноса фосфатной группы, таким образом, отщепление молекулы воды от 2-фосфоглицерата сопровождается перераспределением энергии внутри молекулы, и фосфатная связь у 2 атома углерода превращается из низко- в высокоэнергетическую. Последняя реакция гликолиза катализируется пируваткиназой, и в ходе нее фосфатная группа переносится на молекулу ADP и образуется конечный продукт пути — пируват.
Гликолитическое расщепление одной молекулы глюкозы приводит к образованию 4 молекул АТР (по две на каждую молекулу глицеральдегид-3-фосфата), из которых 2 расходуются на образование фруктозодифосфата. Таким образом, запасается всего 2 молекулы АТР. Кроме того, на одну молекулу глюкозы в этом процессе запасается 2 молекулы NADH (при окислении 2 молекул глицеральдегид-3-фосфата). Баланс гликолиза выглядит следующим образом:
Гликолитический процесс служит клетке для запасания энергии и восстановительных эквивалентов, а также является поставщиком «строительных блоков» в виде трехуглеродного, частично окисленного соединения —пировиноградной кислоты и некоторых промежуточных продуктов, в частности глицеральдегид-3-фосфата.
Пентозофосфатные пути. Эти пути катаболизма сахаров довольно разнообразны. В зависимости от условий и видовой принадлежности организма результатом данных процессов могут быть различные вещества. Осуществление реакций пентозофосфатных путей в обратном направлении используется клетками при фиксации СО2. Основной отличительной особенностью путей является образование в качестве промежуточных соединений пятиуглеродных сахаров, а также последовательное отщепление от 6-углеродного фосфорилированного сахара по одному атому углерода, который высвобождается в среду в виде СО2.
Пентозофосфатные пути (иначе, схема Варбурга—Диккенса—Хореккера, гексозомонофосфатный шунт, фосфоглюконатный путь) реализуются организмами реже, чем гликолиз, и обнаруживаются чаще всего в клетках бактерий.
После традиционной реакции активации глюкозы в ходе фосфорилирования образованный глюкозо-6-фосфат подвергается дегидрированию. Данную реакцию катализирует глюкозо-6-фосфатдегидрогеназа, а восстановительные эквиваленты акцептирует ее кофермент — NADP+. Образуется 6-фосфоглюконолактон (рис. 9.4). Данное соединение подвергается гидролизу (раскрытие кольца) с участием глюконолактоназы, а образованная 6-фосфоглюконовая кислота претерпевает второе дегидрирование (фосфоглюконатдегидрогеназа), после которого сразу же следует декарбоксилирование и образуется рибулозо-5-фосфат. Рибулозо-5-фосфат изомеризуется в два пятиуглеродных сахара — ксилулозо-5-фосфат и рибозо-5-фосфат (рис. 9.4).
Следующий этап пентозофосфатных путей представляет собой многократные межмолекулярные перестройки и изомеризацию промежуточных соединений, формирующихся из рибулозо-5-фосфата. Эти реакции направлены на образование 6-углеродного соединения (глюкозо-6-фосфата), которое может снова подвергнуться окислению и декарбоксилированию. В результате из 6 молекул рибулозо-5-фосфата получается 5 молекул глюкозо-6-фосфата (рис.9.5).
Система структурной перестройки сахаров включает два фермента —транскетолазу и трансальдолазу, которые катализируют перенос двухуглеродных и трехуглеродных фрагментов, разрывая С—С-связи в двух положениях: по соседству с карбонильной (a) и у соседнего с карбонильной группой углеродного атома (b) (на рис. 9.5 места, в которых связи подвергаются расщеплению, обозначены пунктирной линией).
При полном окислении глюкозы в пентозофосфатных путях молекула глицеральдегид-3-фосфата, образующаяся на конечном этапе, подвергается изомеризации с участием триозофосфатизомеразы в дигидроксиацетонфосфат, который затем вступает в реакцию альдольной конденсации со второй молекулой глицеральдегид-3-фосфата, и образуется фруктозодифосфат. Данная реакция является обратимой процессу расщепления фруктозодифосфата, которое имеет место в гликолизе (рис. 9.3), а фермент фруктозодифосфатальдолаза катализирует и прямое, и обратное превращения. Молекула фруктозо-1,6-дифосфата дефосфорилируется с образованием фруктозо-6-фосфата (фермент фосфатаза), а он, в свою очередь, изомеризуется в глюкозо-6-фосфат и возвращается к начальному этапу дегидрирования.
Таким образом, на одну молекулу глюкозы при полном окислении в пентозофосфатных путях затрачивается 1 молекула АТР и образуется 6 молекул СО2 и 12 молекул NADPH. Таким образом, основной задачей пентозофосфатных путей является обеспечение клетки NADPH, который используется в процессах биосинтеза.
В ходе пентозофосфатных путей может и не происходить полного окисления глюкозы. В этом случае глицеральдегид-3-фосфат претерпевает иные превращения, например подвергается реакциям субстратного фосфорилирования под действием ферментов гликолитического пути.
Большое значение пентозофосфатные пути имеют для биосинтетических процессов: здесь образуются промежуточные соединения, играющие роль предшественников многих веществ. В частности, эритрозо-4-фосфат используется бактериями и растениями для синтеза ароматических ами-
нокислот. Рибозо-5-фосфат служит субстратом для синтеза азотистых оснований и некоторых аминокислот.
Путь Энтнера—Дудорова (2-кето-3-дезокси-6-фосфоглюконатный). Этот процесс является еще одним способом катаболизма гексоз и представлен в основном в клетках микроорганизмов. Особое значение данный путь имеет для расщепления глюконата. Начальные стадии превращения глюкозо-6-фосфата совпадают с таковыми для пентозофосфатных путей, вплоть до образования 6-фосфоглюконовой кислоты. Далее, однако, 6-фофоглюконат подвергается а не окислению, а реакции дегидратации, с участием фермента 6-фосфоглюконат-дегидратазы. Образуется ключевое соединение данного пути — 2-кето-3-дезокси-6-фосфоглюко-нат. Стадия дегидратации осуществляется через образование промежуточного соединения (енола), который в результате таутомерного превращения переходит в 2-кето-3-дезокси-6-фосфоглюконат (рис. 9.6).
Далее альдолаза катализирует расщепление ключевого соединения на пируват и глицеральдегид-3-фосфат. Последний может вступать в гликолитический путь и подвергаться дальнейшим превращениям.
Как следует из баланса пути Энтнера—Дудорова, этот процесс менее выгоден с энергетической точки зрения, чем гликолиз: на молекулу глюкозы здесь запасается только 1 молекула АТР (из двух синтезированных одна тратится на фосфорилирование глюкозы).
Обзор основных катаболических путей позволяет увидеть, что расщепление «топливных» молекул при их неполном окислении сопровождается образованием двух основных метаболитов — пировиноградной кислоты и ацетил СоА. Данные вещества могут использоваться как в биосинтетических путях в качестве «строительных блоков», так и подвергаться дальнейшим превращениям, обеспечивающим запасание клетками энергии. Поскольку в данном разделе обсуждаются процессы, приводящие к запасанию энергии, следует отметить, что судьба пирувата и ацетил-СоА зависит в первую очередь от наличия молекулярного кислорода в клетке, а также от ее ферментативного оснащения. Так, в клетках анаэробных микроорганизмов и тканей высших организмов пируват и ацетил-СоА могут подвергаться различного рода брожениям, завершающим процессы катаболического расщепления субстратов. В аэробных и факультативно-анаэробных клетках при наличии молекулярного кислорода пируват может подвергаться процессу окислительного декарбоксилирования, и образующийся ацетил-СоА вступает в цикл трикарбоновых кислот, где осуществляется его полное окисление до СО2 и Н2О, а формирующиеся восстановительные эквиваленты поступают в дыхательную цепь. Перечисленные процессы будут рассмотрены в следующих главах.
