5.3 Особливості реплікації фітовірусів із позитивним та негативним геномами.

Процеси синтезу вірусних білків в клітині - господарі. Вірусний геном вміщує всю інформацію, необхідну для реплікації in vitro. Чи буде нуклеїнова кислота інфекційна чи ні залежить від двох факторів – фізична стабільність і різновидність. В першому випадку все залежить від стану фосфодиефірних зв’язків. Чи не зруйновані вони під впливом фізичних, хімічних факторів, чи ферментами. В другому випадку все залежить від різновиддя НК вірусу. Число генів, що знайдені у послідовностях фітовірусів коливається від одного – вірус-сателіт вірусу некрозу тютюну, до 12 для деяких реовірусів. Більшість одноланцюгових (+) РНК вірусних геномів кодують 7 білків. В додаток, слід зауважити, що кожна НК в ділянці кодування білку, має cis- кодон із сайтом розпізнавання та контролю функцій, що важливо для вірусної реплікації.

Цікавий факт показали вчені дослідивши економію використання геному фітовірусів. Так, геном фітовірусів використовується набагато компактніше в порівнянні із іншими вірусами:

* Кодуючі послідовності переважно компактно розміщені із невеликою кількістю некодуючих нуклеотидів між ними.

* Кодуючі регіони двох генів можуть частково перекриватись.

* Спільне використання термінуючих послідовностей при синтезі білків різної молекулярної маси та призначення.

* Функціональний вірусний фермент може використовувати клітинний білок в комбінації із вірусним поліпептидом.

* Регуляторні функції у послідовностях нуклеотидів можуть перекриватись із кодуючими послідовностями.

* Некодуючі послідовності 5’ та 3’ кінців одноланцюгових РНК вірусів можуть відповідати більш ніж за одну функцію.

5.4 Функціональність продуктів вірусних генів.

1). Структурні білки – капсидні білки маленьких вірусів; - матриксні або суперкапсидні білки реовірусів а також тих вірусів, що мають ліпопротеїнову мембрану (суперкапсид);

2). Ферменти – протеази; - ферменти, що використовуються у синтезі нуклеїнових кислот (полімерази, РНК-зал-РНК-пол або репліказа, РНК-зал- ДНК-пол або зворотна транскриптаза).

3). Білки руху вірусів та білки передачі – це специфічні вірусні білки, що зустрічаються в деяких вірусних групах і являються необхідним фактором для транспорту по рослині-господарю. Інші продукти вірусних генів являються допоміжними для передачі вірусів безхребетними переносниками (попелицями, кліщами, цикадками тощо). Також вірусні білки можуть бути включені до процесу передачі грибами.

4). Не ферментні білки при синтезі РНК – 5’VP білок, що знайдений у деяких вірусів і виступає у ролі праймеру.

5). Капсидний білок Іларвірусної групи – приймає участь у ініціації інфекції з боку вірусної РНК.

6). Білки, що розпізнають клітину-господаря – по зовнішній поверхні клітини. Висновок: слід відмітити про те, що тільки дві функції вірусних білків являються загальними для всіх вірусів, виключаючи віруси-сателліти. Відомі білки капсиду та ферменти, що включені до процесів синтезу геномів. Все більша кількість вірусів показує необхідність використання білків руху для транспорту по рослинному організму. Властивості рослинного організму, що використовуються вірусом. Так само як і інші віруси, віруси рослин прямо залежні від життєдіяльності рослинних клітин в багатьох моментах реплікації.

1). Віруси використовують амінокислоти та нуклеотиди, що синтезовані клітинами для побудови своїх власних білків та нуклеїнових кислот. Цікавий факт про те, що деякі спеціалізовані компоненти що кодуються самим вірусом, синтезуються також клітиною-господарем.

2). Енергетика – яка необхідна для синтезу білку та нуклеїнових кислот черпається із клітинних джерел, звично у вигляді нуклеозидтрифосфатів.

3). Синтез білку – віруси використовують рибосоми, транспортні РНК та асоційовані ферменти та фактори синтетичних систем клітини для синтезу вірусних білків використовуючи вірусні інформаційні РНК молекули. Всі віруси рослин, як показано, використовують 80S цитоплазматичні рибосомні системи. Більшість фітовірусів залежить також від клітинних ферментів у випадку посттрансляційної модифікації їхніх білків, наприклад – глікосилатону.