- •1. Строение молекулы днк: химический состав мономерных звеньев
- •7. Механизм реакции полимеризации днк и его катализ. Экзонуклеазные
- •8. Характеристика днк-полимерз e.Coli: размеры, субъединичный состав,
- •9. Структура днк-полимеразы III e.Coli, функции ее отдельных
- •10. Характеристика днк-полимераз эукариот: размеры, субъединичный
- •11. Структура вилки репликации: события на ведущей и отстающей нитях.
- •12. Регуляция инициации репликации у e.Coli: структура участка старта
- •15. Репарация неправильно спаренных оснований с помощью комплекса
- •16. Эксцизионная репарация оснований.
- •13. Механизм репликации концов линейных хромосом эукариот с
- •14. Прямая репарация тиминовых димеров, алкилированных оснований и
- •17. Эксцизионная репарация нуклеотидов с помощью белков uvrAbc.
- •19. Рекомбинационная репарация.
- •20. Механизм общей (гомологичной) рекомбинации: образование
- •21. Сайт-специфическая рекомбинация (механизм интеграция фага λ в
- •22. Характеристика is-элементов и транспозонов бактерий: структура и
- •23. Характеристика днк-транспозонов эукариот: структура, механизм
- •24,25(И на 24, и на 25 вопрос один ответ) Ретротранспозоны с длинными концевыми повторами: структура,
- •26. Понятие о кодирующей и некодирующей (матричной) цепях днк.
- •У прокариот имеется 2 типа рнк-полимеразы: одна из них синтезирует рнк-затравки для фрагментов Оказаки, а другая – все остальные типы рнк.
- •27. Особенности структуры рнк-полимеразы e.Coli: кор-фермент и
- •28. Альтернативные σ-факторы и их роль в инициации транскрипции.
- •29. Характеристика рнк-полимераз I, II и III эукариот: структура и синтезируемые ими молекулы.
- •30. Структура бактериального промотора и механизм его распознавания
- •31. Завершение транскрипции у прокариот: Rho-зависимые и независимые
- •36. Энхансеры, сайленсеры и изоляторы транскрипции.
- •37. Характеристика днк-связывающих доменов факторов транскрипции
- •38. Модификация 5' и 3'-концов молекул мРнк эукариот. Ферменты и
- •39. Процессинг пре-тРнк: формирование 5'- и 3'-концов тРнк, сплайсинг
- •40. Механизм сплайсинга пре-мРнк в ядре: определение границ интронов,
- •41. Характеристика сплайсосомы: ее структурные компоненты, механизм
- •42. Аутосплайсинг на примере рРнк тетрахимены: инициация процесса,
- •43. Примеры рибозимов и катализируемых ими реакций (l-19 рнк,
- •44. Процессинг рРнк у прокариот и эукариот (участвующие в процессе
- •45. Матричная (информационная) рнк, ее структура и функциональные
- •46. Основные свойства генетического кода. Особенности кодового
- •47. Кодон и антикодон, принципы их взаимодействия. Принцип нестрогого
- •48. Аминоацилирование тРнк как необходимый этап трансляции:
- •49. ТРнк: первичная, вторичная и третичная структура, роль
- •50. Структура рибосом про- и эукариот, входящие в их состав рибосомные
- •51. Механизм инициации трансляции у прокариот. Инициирующие кодоны
- •52. Механизм инициации трансляции у эукариот. Белковые факторы,
- •53. Механизм элонгации трансляции. Фактор элонгации 1 (еf-Тu или еf-1
- •54. Механизм терминации трансляции у про- и эукриот. Терминирующие
- •Собственно терминация – снятие полипептидной цепочки с последней тРнк.
- •55. Энергетика синтеза белка: количество макроэргических связей,
- •56. Особенности синтеза белка, имеющего n-сигнальную
- •57. Фолдинг белков: молекулярные шапероны семейств Hsp60 и Hsp70 у
- •58. Рабочий цикл шаперонных комплексов GroEls и DnaKj-GrpE.
- •59. Деградация белков: 26s-протеасома эукариот.
- •60. Система убиквитинилирования белков эукариот.
- •61. Сенсорные механизмы эукариот с помощью рецепторов, сопряженных
- •62. Способы передачи сигнала в ядро в сигнальных путях tgFβ-Smad,
- •68. Семейства гомологичных генов. Ортологи и паралоги.
- •69. Псевдогены.
- •70. Типы повторяющихся последовательностей.
24,25(И на 24, и на 25 вопрос один ответ) Ретротранспозоны с длинными концевыми повторами: структура,
механизм перемещения, представители.
Ретротранспозоны без длинных концевых повторов: структура,
механизм перемещения, представители.
Вирусоподобные ретротранспозоны и ретровирусы для интеграции используют стадию РНК. Клеточная РНК-полимераза осуществляет транскрипцию ДНК ретротранспозона, транскрипция начинается с промотора, расположенного в одном из LTR-повторов, образуется полная РНК-копия, которая затем используется как матрица дл синтеза кДНК при помощи обратной транскриптазы. Далее эта кДНК узнается белком интегразой, котрая связывает её конца и отрезает несколько нуклеотидов с 3'конца двух цепей. Интеграза катализирует реакцию встраивания в ДНК-мишень 3'ОН концов при помощи реакции трансэтерефикации. Однако поскольку было удалено несколько нуклеотидов с каждой стороны, то в ДНК-мишени у ретропозона будут эти коротенькие участки. Слева расположены участки R и U5, справа U3,R.
Геном ретровируса включает три гена: gag(кодирует белки капсида), pol (кодирует обратную транскриптазу, интегразу и эндонуклеазу) и env (кодирует поверхностный белок вириона и трасмембранный белок для обеспечения контакта с клеткой хозяина).
Механизм ретротранспозиции: синтез минус-цепи ДНК
Обратной транскриптазе (ревертазе) требуется затравка (это тРНК)
Синтез полноразмерной “–“ цепи требует смены матрицы. Ретровирус попадает в клетку как”+” цепь РНК.
Механизм: Геном ретровируса (или транскрипт ретротранспозона) содержит плюс-цепь РНК.
Праймер (тРНК) отжигается с РНК-матрицы => обратная транскриптаза начинает синтез минус-цепи ДНК => Фермент дочитывает матрицу до конца => образует. Strong-stop фрагмент”-“ цепи ДНК => обратная транскриптаза деградирует 5‘-конец РНК => происходит первая смена матрицы: 3’-конец ДНК отжигается с 3’-концом другой молекулы РНК => обратная транскриптаза завершает синтез минус-цепи ДНК.
Механизм ретротранспозиции: синтез плюс-цепи ДНК
Синтез полноразмерной “+” цепи требует прыжка затравки по матрице, затравочная тРНК уходит.
Механизм: удаление тРНК-праймера => деградация цепи РНК оставляет короткие праймеры для инициации синтеза следующей цепи => синтезируется Strong-stop фрагмент “+”=> начинается синтез плюс-цепи ДНК => происходит вторая смена матрицы => завершается синтез плюс-цепи ДНК => завершается синтез минус-цепи ДНК.
26. Понятие о кодирующей и некодирующей (матричной) цепях днк.
Единица транскрипции у про- и эукариот и ее структурные элементы.
РНК-полимераза – Фермент, осуществляющий матричный синтез РНК из рибонуклеозидтрифосфатов. В зависимости от используемой матрицы – ДНК или РНК – различают ДНК-зависимую и РНК-зависимую РНК-полимеразу.
лучше охарактеризованы РНК-полимераза Е. коли. У эубактерий синтез мРНК, рРНК и тРНК осуществляет одна и та же РНКП. Общее число молекул РНКП в клетках коли около 7000. Значительная часть из них может быть вовлечена в транскрипцию. В зависимости от условий роста в синтезе РНК может быть задействовано 2000-5000 молекул фермента. Полный фермент или холофермент имеет молекулярную массу – 465кДа.