- •«Российский государственный университет нефти и газа имени и. М. Губкина» в г. Оренбурге
- •Лекция n1
- •1.Предмет и задачи биотехнологии
- •2.Выбор биотехнологических объектов
- •Лекция №2 Метаболизм. Основные процессы клеточного метаболизма. Механизмы регуляции метаболитических процессов.
- •Регуляция синтеза белков с точки зрения молекулярной биологии.
- •Лекция № 3 Понятие о первичных и вторичных метаболитах.
- •Теоретические основы получения первичных метаболитов.
- •Анаэробные процессы.
- •Аэробные процессы
- •2.Получение глюконовой кислоты.
- •3.Получение итаконовой кислоты.
- •Процессы с полным окислением
- •1. Получение лимонной кислоты.
- •2.Получение кетокислот (пировиноградной и кетоглутаровой).
- •Лекция №4 Теоретические основы получения вторичных метаболитов
- •1. Получение антибиотиков
- •2.Производство аминокислот
- •3.Производство витаминов. (самостоятельно)
- •Производство водорастворимых витаминов (в2, в12).
- •Производство жирорастворимых витаминов (a, d).
- •Использование процесса микробной биотрансформации при промышленном получении витамина с. Лекция №5 биотрансформация и биодеградация органических соединений
- •1.Биотрансформация органических соединений
- •1.1.Процессы микробной химии
- •1.2.Методы микробной трансформации органических соединений.
- •I. Использование ферментативных свойств интактных (нормальных) клеток:
- •III. Конструирование штаммов с повышенной способностью к трансформации органических соединений.
- •IV. Использование ферментных препаратов, иммобилизованных ферментов и клеток.
- •1.2.1.Трансформация растущей культурой в периодических условиях
- •1.2.2.Трансформация суспензиями неразмножающихся клеток
- •1.2.3.Трансформация осуществляемая спорами грибов и актиномицетов
- •1.2.4.Непрерывные методы культивирования
- •1.2.5.Кометаболизм
- •1.2.6.Применение поврежденных и дезинтегрированных клеток
- •1.2.7.Ингибирование определенных участков метаболитических путей.
- •1.2.8.Применение мутантов с блокированным синтезом определенных ферментов
- •1.2.9. Конструирование штаммов с повышенной способностью к трансформации
- •1.2.10.Ферментные препараты и иммобилизованные ферменты
- •1.2.11.Иммобилизация клеток
- •1.2.12.Политрансформации
- •1.Подбор штамма, способного осуществлять нужную трансформацию
- •1.3.Микроорганизмы трансформирующие органические соединения
- •1.4.Примеры трансформации органических соединений
- •2.Биодеградация токсичных соединений
- •2.1.Деградация ксенобиотиков с помощью микроорганизмов
- •2.2. Использование методов генной инженерии для биодеградации ксенобиотиков
- •Лекция 6 Основы технологии, процессы и аппараты биотехнологических производств
- •Подготовка и стерилизация питательных сред.
- •Подготовка воздуха
- •Подготовка и наработка продуцента.
- •Основы технологии микробиологических производств
- •Поверхностное культивирование
- •Способы поверхностного культивирования
- •Выделение и очистка целевых продуктов
- •Глубинное культивирование
- •Процесс идеального (полного) вытеснения;
- •Процесс идеального (полного) смешения;
- •Лекция №7 основное оборудование биотехнологических производств.
- •Классификация ферментеров
- •Ферментеры с подводом энергии жидкой фазой (группа фж).
- •Ферментеры с подводом энергии жидкой и газовыми фазами (фжг).
- •Особенности конструирования и работы ферментационного оборудования
- •Термостатирование
- •Пеногашение
- •Проблемы масштабирования ферментационных процессов
- •Лекция № 8
- •1.Культуры клеток и тканей растений и животных
- •2.Технология культивирования клеток и тканей
- •2.1.Получение культуры каллуса, суспензионных культур и одиночных клеток.
- •2.2. Факторы, влияющие на продуктивность культур тканей
- •2.2.1. Происхождение ткани
- •2.2.2. Клеточная дифференциация in vitro.
- •2.2.3.Питательные среды для культивирования клеток и тканей.
- •2.2.4.Асептика
- •2.2.5.Физические факторы, влияющие на развитие клеточных культур.
- •2.2.6. Химические факторы, влияющие на синтез вторичных метаболитов.
- •2.2.7. Способы выделения целевого продукта.
- •3.Культуры органов растений
- •3.2. Культура корней
- •4. Клональное микроразмножение растений
- •1.Клеточная инженерия
- •1.1.Получение протопластов
- •1.2.Культивирование протопластов
- •1.3.Слияние протопластов
- •1.4.Гибридизация соматических клеток
- •2.Генетические основы совершенствования биообъектов.
- •2.1.Селекция микроорганизмов – продуцентов практически важных веществ.
- •2.2.Методы и подходы в селекции
- •Основы генетической инженерии.
- •1.Технология конструирования и работы с рекомбинантными днк
- •Лекция №11 Оптимизация экспрессии клонированных генов.
- •Экспрессия генов при участии сильных регулируемых промоторов
- •Регулируемые промоторы
- •Интеграция чужеродной днк в хромосому хозяина
- •Химерные белки
- •Расщепление химерных белков
- •Повышение эффективности секреции
- •Метаболитическая перегрузка
- •Направленный мутагенез: методика
- •Направленный мутагенез
- •Получение рекомбинантных белков с помощью эукариотических систем
- •Лекция № 12 Получение лекарственных препаратов белковой природы на основе методов генной инженерии
- •1.Получение инсулина.
- •2.Получение соматостатина
- •3.Синтез соматотропина
- •5.Иммуномодуляторы
- •6.Использование трансгенных животных и растений для получения лекарственных препаратов белковой природы
- •Лекция №13 Использование рекомбинантных микроорганизмов для получения коммерческих продуктов небелковой природы.
- •1.Синтез l-аскорбиновой кислоты
- •2.Антибиотики
- •2.1.Синтез новых антибиотиков
- •2.2.Разработка новых методов получения поликетидных антибиотиков
- •2.3.Усовершенствование производства антибиотиков
- •Лекция №14
- •1.Генная инженерия в производстве вакцин.
- •2. Генная терапия онкологических заболеваний.
- •3.Лекарственные препараты на основе олигонуклеотидов
- •3.1..«Антисмысловые» олигонуклеотиды как лекарственные средства
- •3.2. Рибозимы как лекарственные средства
- •3.3. Малые интерферирующие рнк.
- •Лекция №15
- •1.Моноклональные антитела в диагностике и лечении.
- •1.1.Использование антител в иммуноферментном анализе
- •1.2.Моноклоналъные антитела
- •1.3.Образование и отбор гибридных клеток
- •1.4.Идентификация гибридных клеточных линий, секретирующих специфические антитела
- •1.5.Моноклональные антитела как лекарственные средства
- •1.6. Лекарственные вещества, связанные с моноклоналъными антителами
- •1.7. Профилактика отторжения трансплантированных органов
- •2.Системы днк-диагностики
- •Примеры днк-диагностики Диагностика малярии
- •Диагностика Trypanosoma cruzi
- •Лекция №16
- •1.Геномика, протеомика и биоинформатика. Медицинская биотехнология в “постгеномную эру”
- •Новые подходы к разработке лекарств в постгеномную эру.
- •1. Кризис классической фармакотерапии и фарминдустрии.
- •2. От гена до прототипа лекарства. Новые подходы к разработке лекарств в постгеномную эру.
- •2.1. Поиск биомишеней для создания новых лекарственных средств на основе анализа геномных данных
- •2.1.1. Основные критерии селекции мишеней для создания антимикробных средств.
- •2.1.2. Экспериментальные технологии валидации потенциальных мишеней.
- •Методы валидации биомишеней.
- •1. Протеомные методы валидации потенциальных мишеней.
- •2. Геномные методы валидации потенциальных мишеней.
- •3. Валидация потенциальных мишеней in vivo.
- •2.1.3. Пространственная структура мишеней.
- •2.1.3.1. Экспериментальные методы расшифровки пространствен-ных структур белков
- •2.1.3.2. Моделирование пространственных структур белков.
- •2.1.4. Конечная селекция и приоритезация потенциальных мишеней
- •2.2. Основные типы биомишеней.
- •2.2.1.Генные мишени
- •2.2.2. Белковые биомишени.
- •2.2.2.1. Белковые мишени для разработки противовирусных препаратов.
- •2.2.2.2. Белковые мишени для антибактериальных и противо-опухолевых препаратов
- •2.2. Стратегия поиска соединений – лидеров.
- •2.2.1. Комбинаторная химия и высокопроизводительный скрининг
- •2.2.2.1.Технология комбинаторного синтеза
- •Жидкофазный синтез
- •1. Синтез смесей
- •2. Параллельный синтез
- •Преимущества жидкофазного синтеза:
- •Недостатки:
- •Твердофазный синтез
- •2.2.2.2. Планирование и дизайн комбинаторного синтеза
- •1.Темплейты
- •2. Дизайн молекул. Структурные критерии.
- •Критерии выбора центроидов.
- •Варьирование заместителей
- •3. Дизайн библиотек для оптимизации лидера
- •2.2.2.3.Оптимизация скрининга
- •2.3. Медицинская химия
- •2.4. Рациональный дизайн лекарств. Общая схема.
- •Конструирование лекарств на основе известной структуры мишени (технология sbdd)
- •Конструирование лекарств на основе структур лигандов (технология lbdd)
- •2.4.2. Разработка лекарств на базе соединений – лидеров.
- •2.5. Фармакогеномика и новые подходы к терапии и клиническим испытаниям лекарств.
- •2.6. Лекарство, действующее на несколько молекулярных мишеней в организме: исключительная ситуация или будущее фармакотерапии?
2.2. Факторы, влияющие на продуктивность культур тканей
Способность культур тканей растений к синтезу и накоплению вторичных метаболитов является установленным фактором. Однако для многих культур до сих пор не удается определить условия накопления продуктов, хотя бы в количествах, характерных для родительских растений. Как правило, клеточные культуры, напрямую полученные из растений, характеризуются низким содержанием искомых веществ. Это связано с тем, что в растениях обычно синтез и накопление вторичных метаболитов разобщены во времени и происходят в разных органах или тканях, а синтез их в недифференцированных тканях сильно репрессирован или вообще невозможен. Только благодаря использованию методов селекции и правильно разработанной технологии культивирования высокопроизводительных штаммов к настоящему времени получены культуры тканей, в которых содержание вторичных продуктов достаточно велико, чтобы их получение было рентабельным с экономической точки зрения.
На выход вторичных продуктов в культуре ткани могут влиять следующие факторы.
2.2.1. Происхождение ткани
Обычно в качестве источника клеток для получения культуры ткани проводят поиск наиболее продуктивных растений в надежде, что эта способность будет перенесена и в культуру. Однако однозначной зависимости между продукционной способностью растения и клеточной культуры, полученной из него обычно не наблюдается. Например, культуры тканей Catharanthus roseus, полученные из высокоалкалоидных растений, проявляли тенденцию к синтезу большего количества алкалоидов, чем культуры, полученные от малопродуктивных растений. В то же время клеточные культуры Duboisia myoporoides растения, наиболее богатого тропановыми алкалоидами (5,0%), не накапливали значительных количеств алкалоидов. Наибольшее содержание тропановых алкалоидов отмечено в культуре ткани Hyoscyamus niger (0,01-0,02%), хотя растение не отличается высокой алкалоидной продуктивностью. Как известно, коробочки Papavеr somniferum не является источником сырья для получения алкалоида сангвинарина. Но в культуре ткани этого растения под влиянием элиситоров накапливается 2.9% сангвинарина. Клетки Cinchona ledgeriana в культуре ткани накапливают главным образом антрахиноны, а не алкалоиды.
2.2.2. Клеточная дифференциация in vitro.
В настоящее время большое число экспериментальных данных свидетельствует о том, что образование и накопление вторичных продуктов в растениях - сложный, пространственно и повременно организованный процесс, который часто в той или иной форма включает транспорт этих соединений на клеточном и субклеточном, уровнях. В целом ряде случаев показано резкое разграничение мест первичного синтеза и накопления алкалоидов. Установлено, что, эти два процесса могут быть локализованы в различных клетках в пределах одного и того, же органа или даже одной и той же ткани.
Известно, например, что люпиновые алкалоиды в растениях сем. Leguminosae синтезируются в зеленых частях растений, а накапливаются в корнях. Тропановые алкалоиды синтезируются в корнях, а затем транспортируются в стебли.
В культурах тканей растений, также как и в растениях, накопление вторичных метаболитов зачастую тесно связано с процессом вторичной тканевой дифференциации. В таких культурах обычно наблюдается формирование секреторные канальца, млечники, слизевые клетки, железки или специализированные клетки, где накапливаются конечные продукты, т.е. происходит процесс разобщения синтеза и накопления вторичных веществ. В недифференцированных клетках и тканях синтез таких продуктов сильно репрессирован.
Установлено, например, что практически все клетки в каллусе Macleya microcarpa обладают способностью синтезировать изохиноликовые алкалоиды, однако их накопление осуществлялось лишь в специализированных, так называемых "алкалоидных" клетках.
Исследователи, работающие с культурами тканей, неоднократно наблюдали, что при образовании в каллусной ткани морфологических структур (побегов, корней, эмбриоидов и т.д.) содержание искомых продуктов в культуре увеличивается. Например, культура ткани Atroра belladonna при недифференцированном росте не продуцировала гиосциамин, а при образовании корней в каллусе, начинается синтез алкалоида. Сердечные гликозиды наперстянки синтезировались только при образовании в культуре ткани эмбриоидов.
Существенным диагностическим признаком культуры ткани раувольфии змеиной является наличие выделительных образований с различной степенью морфологической специализации: клетки-идиобласты и удлиненные секреторные образования типа млечников. Микрохимический и люминесцентный анализ показал, что основная масса алкалоидов находится в этих структурных образованиях, причем максимальное содержание алкалоидов наблюдается в период увеличения количества секреторных идиобластов и образований типа млечников. В растениях рода раувольфия наивысшее содержание алкалоидов также отмечается в аналогичных секреторных структурах - идиобластах и млечниках.
Индукция морфогенеза в культуре ткани Papaver bracteatum привела к появлению алкалоидов тебаина и морфина, тогда как недифференцированные каллусные ткани накапливали сангвинарин и допамин.
Быстрое увеличение содержания лимонена и нарингенина наблюдалось в процессе образования побегов в культуре тканей видов Citrus, что свидетельствует о корреляции их биосинтеза с клеточной дифференциацией.
Интерес представляют процессы цитодифференцировки, происходящие в тканях Catharanthus roseus при переносе их из "ростовой среды" в "продукционную". В цитоплазме паренхимных клеток при выращивании их в течение двух недель на "алкалоидпродуцирующей" среде появлялись большие липидные капли, что коррелировало с накоплением алкалоидов.
Обнаружена четкая корреляция между ультраструктурной организацией пластид (хлоропластов и этиопластов) и биосинтетической способностью каллусных культур чайного растения, что подчеркивает важную роль хлоропластов в образовании фенольных соединений. С наличием развитых хлоропластов в растущей на свету культуре ткани Lupinus polyphyllus также связано увеличение (в 10 раз) образования хинолизидиновых алкалоидов лупинана и спартеина.
Ультраструктура клеточных линий Coptis japonica, продуцирующих алкалоиды типа протоберберина существенно отличалась от клеточных линий, неспособных к синтезу алкалоидов: в продуцирующих алкалоиды клетках перед началом синтеза алкалоидов обнаружен больший объем вакуолей, чем в непродуцирующих клетках. Кроме того, в продуцирующих клетках можно было наблюдать многочисленные везикулы, содержащие в цитоплазме плотный осадок.
