2. Основные правила интерпретации результатов

Результатом исследования лекарственной устойчивости ВИЧ является список выявленных мутаций вируса, приводящих к фенотипическим изменениям, выражающихся в способности к репликации в присутствии АРВ препарата. Выявленные мутации принято обозначать кодом «аминокислота-кодон-аминокислота», отражающим характер замены. Аминокислоты обозначаются однобуквенными кодами; кодон обозначается номером, по сути, указывающим номер аминокислоты в белке (обратной транскриптазе, протеазе, интегразе). Так как нумерация в каждом белке начинается с единицы, следует всегда указывать, о каком белке (гене) идет речь.

А	Аланин	G	Глицин	М	Метионин	S	Серии
С	Цитозин	Н	Гистидин	N	Аспарагин	Т	Треонин
D	Аспарагиновая кислота	I	Изолейцин	Р	Пролин	V	Валин
Е	Глутаминовая кислота	К	Лизин	Q	Глутамин	W	Триптофан
F	Фенилаланин	L	Лейцин	R	Аргинин	Y	Тирозин

Например, мутация устойчивости к ламивудину M184V в гене обратной транскриптазы обозначает замену метионина на валин в позиции 184 аминокислоты.

Для проведения интерпретации используют списки известных мутаций резистентности или формализованные алгоритмы виртуального фенотипирования. Данные алгоритмы могут быть включены в программное обеспечение коммерческих тестов для определения лекарственной устойчивости ВИЧ. Однако ввиду постоянного пополнения баз данных мутаций устойчивости ВИЧ и усовершенствовании алгоритмов интерпретации рекомендуется использовать международные открытые базы данных, размещенные в сети интернет. ВОЗ рекомендует использование для интерпретации результатов базу данных и алгоритмы Стэнфордского университета адрес в интернет (http://www.hivdb.stanford.edu/). Зеркало алгоритма интерпретации результатов Стэнфордского университета на русском языке реализовано во «Всероссийской базе данных устойчивости ВИЧ к антиретровирусным препаратам» адрес в интернет (http://www.hivresist.pcr.ru). На обоих ресурсах возможна интерпретация как введенной в специализированное окно нуклеотидной последовательности ВИЧ, так и загруженных файлов с последовательностями fasta. Результаты интерпретации представлены в таком виде, что для каждого препарата из группы ингибиторов протеазы и обратной транскриптазы указывается степень устойчивости ВИЧ по шкале чувствительности к препарату (устойчивость низкой, средней или высокой степени). Наличие устойчивости высокой степени является строгим показанием к замене препарата, устойчивости средней и низкой степени допускает сохранение препарата при введении в схему других препаратов, к которым вирус полностью чувствителен (актуально при мультирезистентности).