2. Ограничения существующих тест-систем для выявления лекарственной устойчивости

Тесты на резистентность выявляют только доминантные штаммы вируса. Минорные варианты (составляющие менее 20% от общей популяции вируса в крови) и популяции, которые сохраняются в «скрытых резервуарах», могут иметь мутации устойчивости, но не обнаружи­ваются.

Выявляя доминирующий вариант ВИЧ, методы выявления резистентности позволяют определить устойчивость к препаратам, принимаемым на момент тестирования, либо к препаратам, прием которых был прекращен за 1-4 недели до тестирования. Поэтому при выборе схемы лечения важно учитывать, какие АРВ препараты пациент принимал в прошлом, и каковы были результаты предыдущих тестов на резистентность, так как минорные устойчивые штаммы могут продолжать циркулировать.

Следует помнить, что после отмены APT вновь проявляется и размножается вирус дикого типа (так как жизнеспособность и репликативная активность вируса дикого типа выше). Обычно восстановление популяции вируса дикого типа происходит в течение 4 недель, хотя длительность этого периода зависит от схемы APT.

Современные тесты на резистентность имеют чувствительность 500-1000 копий/мл, что более чем на порядок ниже чувствительности современных тестов для определения вирусной нагрузки. В связи с этим при установлении факта вирусологической неэффективности терапии (двукратное выявление РНК ВИЧ на уровне выше 50 копий/мл через 12-16 недель лечения или повышение более 1000 коп/мл, если до этого был достигнут неопределяемый уровень РНК ВИЧ), анализ резистентности ВИЧ бывает невозможно провести немедленно, а лишь после достижения вирусной нагрузки, соответствующей уровню аналитической чувствительности используемых тестов (100-1000 копий/мл.).

Чтение и интерпретация результатов секвенирования участков генома ВИЧ бывают трудны в интерпретации из-за наличия смеси штаммов ВИЧ, часто с различным профилем резистентности, что требует высокой квалификации персонала.

Тесты на резистентность указывают на антиретровирусные препараты, к которым вирус устойчив и которые не следует назначать, но не позволяют определить наиболее эффективные препараты для данного пациента.

3. Альтернативные методы для выявления лекарственной устойчивости вич

В Российской Федерации доминирующее положение занимают методы, основанные на определении последовательности ВИЧ и идентификации специфических мутаций устойчивости (генотипирование). Альтернативной технологией является методика фенотипирования. Фенотипирование позволяет определить уровень функциональной устойчивости вируса к препарату. Фенотипическая резистентность определяется, как способность ВИЧ реплицироваться при высоких концентрациях АРВП. Она выражается как степень увеличения 50% подавляющей концентрации препарата (IC50) в отношении тестируемого штамма вируса по сравнению с IC50 для стандартного чувствительного штамма ВИЧ. Данная методика похожа на классическое исследование чувствительности микро­организмов in vitro, когда микроорганизмы выращивают на средах, содержащих различные концентрации антимикробных препаратов. Преимуществами метода фенотипирования является простота интерпретации результатов, отсутствие необходимости в знании мутаций, более точная суммарная оценка уровня устойчивости, особенно в случае мультирезистентности. Существенными недостатками, препятствующими широкому распространению методики, являются высокая трудоемкость и сложность процедуры, ее длительность и чрезвычайно высокая себестоимость исследования. В странах Европы и США доступны коммерческие наборы для фенотипирования.

Современные подходы к исследованиям в области молекулярной биологии и вирусологии совершенствуются чрезвычайно быстро. Постоянно появляются новые методы, позволяющие получать и обрабатывать данные на новом качественном и количественном уровне. Таким методом является секвенирование нового поколения – массовое параллельное секвенирование (next generation sequencing, NGS). Данный метод позволят единовременно получать большой массив данных, что наиболее актуально при проведении эпидемиологических исследований по резистентности, когда единовременно требуется провести исследование большого количества образцов. Другой особенностью метода является возможность детекции квазивидов на уровне до 1% от вирусной популяции в организме пациента. Эта особенность позволяет заблаговременно выявлять мутации лекарственной устойчивости вируса еще до их фенотипического проявления. Однако в ближайшие годы в России не ожидается широкого применения методики массового параллельного секвенирования для определения резистентности ВИЧ в связи с высокой себестоимостью этих исследований.