5.6. Мутации резистентности вич к ингибиторам интегразы

(Stanford HIV Drug Resistance Database summary June 22, 2013)

	66	92	138	140	143	147	148	155
Cons	T	E	E	G	Y	S	Q	N
Raltegravir (RAL)	A	Q	KA	SAC	CRH		HRK	H
Elvitegravir (EVG) Dolutegravir (DTG)	IAK	Q Q	KA KA	SAC SAC		G	HRK HRK	H
Жирный/подчеркнутый: высокий уровень снижения чувствительности к антиретровирусным препаратам или вирусологического ответа. Жирный: снижена чувствительность или вирусологический ответ. Не выделенный текст: снижение чувствительности только в сочетании с другими мутациями. Добавочные мутации: H51Y, L74M, T97A, S153YF, G163RK, S230R, R263K, E92GV, G118R, F121Y, Y143KSGA, P145S, Q146P, N155ST.

6. Современные тест-системы для выявления лекарственной устойчивости вич

Для проведения молекулярных лабораторных исследований могут быть использованы зарегистрированные на территории Российской Федерации тест-системы или применены рекомендованные Министерство здравоохранения Российской Федерации методики. Исследования могут осуществляться в лабораториях, имеющих лицензию на соответствующий вид деятельности.

1. Основные характеристики современных тест-систем на основе секвенирования для выявления лекарственной устойчивости вич

В Российской Федерации в 2013 г. были зарегистрированы 3 коммерческих набора реагентов для определения мутаций устойчивости ВИЧ, принцип работы которых различается способом определения нуклеиновых последовательностей.

Общий принцип секвенирования состоит в том, что терминирующие дидезоксинуклеотидтрифосфаты ddNTP останавливают удлинение цепи ДНК. По окончании реакции циклического секвенирования фрагменты ДНК различной длины регистрируются путем капиллярного электрофореза или с помощью электрофореза в полиакриламидном геле.

Первым способом определения нуклеотидных последовательностей является секвенирование, где в реакции присутствуют все четыре дидезоксинуклеотидтрифосфата ddNTP, помеченные различными красителями. В одной пробирке присутствует только один праймер, используемый для удлинения цепи. Регистрируя длину фрагмента ДНК и ddNTP, находящий на конце фрагмента, программное обеспечение прибора определяет нуклеотидную последовательность.

Второй способ определения нуклеотидных последовательностей (CLIP-секвенирование) отличается от первого тем, что в одной пробирке находятся только один немеченый краской дидезоксинуклеотидтрифосфат ddNTP и два помеченых разными красками праймера, используемых для удлинения цепи.

Аналитическая чувствительность большинства современных тестов для выявления устойчивости ВИЧ к АРВП составляет 500-1000 копий/мл. Если значение вирусной нагрузки <1000 копий/мл, то получение результата анализа не гарантировано. Ввиду того, что уровнем эффективной супрессии репликации вируса считается нагрузка менее 50 копий/мл, существующая чувствительность тестов на резистентность не позволяет оперативно реагировать на возникновение устойчивости. В настоящее время наиболее высокая чувствительность тестов составляет 100 копий/мл при экстракции нуклеиновых кислот из 1 мл плазмы крови.

Аналитическая специфичность превышает 99%. Тесты не дают перекрестных реакций. Лишь в редких случаях результат секвенирования указывает на наличие амплифицированной последовательности ДНК человека, которая, благодаря определению нуклеотидной последовательности, при интерпретации легко распознается и исключается из анализа.