- •3.1.1. Профилактика инфекционных заболеваний
- •Содержание
- •Надзор за распространением штаммов вич резистентных к арв препаратам
- •1. Область применения
- •2. Введение
- •3. Общие положения
- •Ключевые составляющие системы надзора за циркуляцией резистентных штаммов вич по рекомендациям (воз, 2012)
- •Порядок осуществления надзора за резистентностью вич к арв препаратам
- •Мониторинг индикаторов раннего предупреждения развития резистентности вич
- •Набор индикаторов раннего предупреждения развития резистентности вич и рекомендованные воз целевые показатели (2012 г.)
- •4.3. Исследования по мониторингу приобретенной резистентности вич к арв препаратам среди пациентов, получающих арт первой линии
- •4.4. Исследования по мониторингу резистентности вич перед началом арв терапии
- •5. Общие принципы методов для определения лекарственной устойчивости вич на основе секвенирования
- •Основные правила формирования консенсусной (результирующей) нуклеотидной последовательности
- •Основные правила интерпретации результатов
- •Мутации резистентности вич к нуклеозидным ингибиторам обратной транскриптазы (ниот), (Stanford hiv Drug Resistance Database summary June 22, 2013)
- •Мутации резистентности вич к ненуклеозидным аналогам ингибиторов обратной транскриптазы (нниот) (Stanford hiv Drug Resistance Database summary June 22, 2013)
- •5.5 Мутации резистентности вич к ингибиторам протеазы (ип)
- •5.6. Мутации резистентности вич к ингибиторам интегразы
- •Современные тест-системы для выявления лекарственной устойчивости вич
- •Основные характеристики современных тест-систем на основе секвенирования для выявления лекарственной устойчивости вич
- •Ограничения существующих тест-систем для выявления лекарственной устойчивости
- •Альтернативные методы для выявления лекарственной устойчивости вич
- •Противопоказания к назначению анализа на выявление резистентности вич
- •Неэффективность антиретровирусной терапии
- •Прекращение антиретровирусной терапии
- •Интерпретация результатов. Современные электронные базы данных по вопросам лекарственной устойчивости вич
- •База данных лекарственной устойчивости вич Стэнфордского университета (Stanford University hiv Drug Resistance Database)
- •8.2. Российская база данных устойчивости вич к антиретровирусным препаратам
- •Интерпретация результатов при помощи «Российской базы данных устойчивости вич к арвп»
- •8.3. Другие электронные базы данных по вопросам лекарственной устойчивости вич
- •Мониторинг и оценка качества исследований по надзору за циркуляцией генетических вариантов вич
- •Представление результатов об исследованиях по резистентности вич к арв препаратам в целях эпидемиологического надзора за резистентностью вич
- •Распространение результатов
- •Обозначения и сокращения
- •Список сокращений названий лекарственных арв препаратов
- •Список литературы
- •Коды для донесения о результатах исследования по определению лекарственной резистентности вич Код показания к направлению образца на исследование по резистентности к арв препаратам
- •Код обследования на вич
- •Коды причин заражения вич
- •Сведения о мероприятиях по профилактике вич-инфекции, гепатитов в и с, выявлению и лечению больных вич по разделу мониторинг резистентности к арвп
- •На регистрацию на сайте «Российская база данных устойчивости вич к антиретровирусным препаратам».
- •Инструкция
8.2. Российская база данных устойчивости вич к антиретровирусным препаратам
Российская база данных устойчивости ВИЧ к АРВП создана в 2009 г. референс- центром по мониторингу ВИЧ и ВИЧ-ассоциированных инфекций ФГУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора.
Основной задачей базы данных является скоординированный сбор информации о результатах анализов на резистентность ВИЧ к АРВП, проводимых на территории Российской Федерации.
База данных представляет собой информационный портал по лекарственной устойчивости ВИЧ на территории Российской Федерации. Она позволяет проводить интерпретацию результатов анализа на лекарственную устойчивость ВИЧ, осуществлять сбор данных для эпидемиологического надзора за лекарственной устойчивостью ВИЧ на территории Российской Федерации.
Интерпретация результатов при помощи «Российской базы данных устойчивости вич к арвп»
Интерпретация результатов в «Российской базе данных устойчивости ВИЧ к АРВП» происходит через автоматическую интеграцию с Базой данных Стэндфордского университета. Для этого необходимо:
1. Войти на сайт «Российской базе данных устойчивости ВИЧ к АРВП» на интернет странице http://hivresist.pcr.ru/
2. В главном меню выбрать пункт «интерпретация результатов».
3. Ввести анализируемую последовательность
Информация о нуклеотидной последовательности может быть введена в формате FASTA или в текстовом формате.
А. «Окно 1»
Предназначено для введения нуклеотидной последовательности в текстовом формате. т.е. необходимо предварительно скопировать нуклеотидную последовательность и вставить в «окно1»
B. «Окно 2»
Предназначено для введения нуклеотидной последовательности в формате fasta.
Курсором мыши необходимо нажать кнопку «прикрепить», после чего выбрать файл с расширением fasta, содержащий анализируемую нуклеотидную последовательность, после чего, нажать кнопку «проанализировать».
База данных проводит виртуальное фенотипирование последовательности через автоматическую интеграцию с Базой данных Стэндфордского университета и генерирует отчет на русском языке.
8.3. Другие электронные базы данных по вопросам лекарственной устойчивости вич
Помимо указанных выше электронных баз данных, функционируют и другие информационные ресурсы, которые могут помочь в решении задач эпидемиологического надзора за лекарственной устойчивостью ВИЧ. К наиболее актуальным из них относятся:
hiv.lanl.gov – крупнейшая база данных нуклеотидных последовательностей ВИЧ, созданная на базе Национальной лаборатории, Лос-Аламос, США.
Geno2pheno (geno2pheno.org) – крупный биоинформационный ресурс, созданный совместно Институтом вирусологии Кёльнского университета и Институтом молекулярной физиологии растений им. Макса Планка, позволяет определять уровни лекарственной устойчивости ВИЧ, ВГC и ВГВ, а также тропизм ВИЧ.
Comet (COntext-based Modeling for Expeditious Typing) http://comet.retrovirology.lu/ – высокопроизводительный ресурс для осуществления субтипирования ВИЧ и ВГC.
EuResist (euresist.org) – ресурс создан научной сетью EuResist и входит в число крупнейших баз данных генотипов ВИЧ; позволяет прогнозировать эффективность АРВ терапии для пациентов.