- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Метод Гуггенгейма
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
Воспользуемся следующей системой дифференциальных уравнений:
где -коэффициент, характеризующий размножение жертв в отсутствии хищников;
- коэффициент, в соответствии с которым жертвы вымирают при отсутствии добычи.
Благодаря встречам жертв с хищниками (вероятность встречи пропорциональна произведению популяций) количество животных-жертв уменьшается с коэффициентом 1, а количество хищников возрастает с коэффициентом 2.
Решаем это уравнение в пакете Mathcad следующим образом:
:=0.2 :=0.3
1:=0.001 2:=0.003
yb:=100 yr:=40 t0:=0 t1:=100 N:=4000
где: t0- начальный момент времени;
t1- конечный момент времени;
yb- начальная численность популяции жертв;
yr- начальная численность популяции хищников;
N - число шагов для численных расчетов;
Вводим вектор начальных значений численности популяции жертв и хищников:
Систему дифференциальных уравнений вводим в виде матрицы:
Для решения системы используем численный метод Рунге-Кутта (в используемой программе для этого предназначена специальная функция rkfixed)
Z:=rkfixed(Y,t0,t1,N-1,D)
t:=Z<0> yb:= Z<1> yr:=Z<2>
Задание
Строим на одной координатной плоскости график изменения численности жертв и хищников во времени во времени.
Строим фазовый портрет системы (зависимость yb от yr). Сделайте вывод об устойчивости стационарного состояния в системе.
Рассмотрите соотношение численности хищников и жертв при различных коэффициентах изменения численности особей.
Изменяя начальные параметры модели рассмотрите следующие случаи:
численность популяции хищников значительно больше количества особей жертв;
количество жертв намного превышает количество хищников;
Покажите, приведет ли истребление хищников, к росту популяции жертв?. Какие результаты можно получить, если истреблять хищника сезонно?
Задание 4
Рассмотрите модель хищник-жертва с учетом внутривидовой конкуренции. Дайте биологическую интерпретацию полученным результатам. По виду фазового портрета сделайте вывод об устойчивости стационарного состояния (коэффициенты, характеризующие внутривидовую конкуренцию: k1=0,001(жертвы); k2=0,002(хищники).
При изменении коэффициентов k1=0,011(жертвы); k2=0,005(хищники)- особая точка должна лежать на границе устойчивых узлов и фокусов.
Если коэффициенты имеют значения k1=0,0001 (жертвы); k2=0,0003(хищники)- происходит бифуркация- особая точка становится устойчивым фокусом.
Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
Предположим, что изучаемое заболевание носит длительный характер, так что процесс передачи инфекции — значительно более быстрый, чем течение самой болезни. Нас будет интересовать именно первый процесс. При этом будем предполагать, что зараженные особи не удаляются из колонии и передают при встрече инфекцию незараженным.
Пусть а и n — число зараженных и незараженных особей, соответственно, в начальный момент, x(t) — число незараженных в момент t, а y(t) — число зараженных к моменту t. Для всех моментов времени из некоторого не слишком большого промежутка 0 t T имеет место равенство
x+y=n+a
Так как инфекция передается при встречах зараженных с незараженными, то число незараженных будет убывать с течением времени пропорционально количеству встреч между теми и другими, т.е. пропорционально произведению xy. Для промежутка времени от t до t+t имеем
Эта формула дает закон убывания x(t) c течением времени.
Задание. Постройте временную зависимость численности зараженных особей. Сделайте соответствующие выводы.
