- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Метод Гуггенгейма
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
Второй закон термодинамики
Этот закон устанавливает критерий, отражающий одностороннюю направленность необратимых процессов независимо от их конкретной природы.
Согласно
второму закону, состояние системы может
быть описано особой функцией состояния
- энтропией S.
Изменение энтропии dS
определяется суммарным значением
поглощенных системой приведенных теплот
.
При бесконечно малом изменении состояния
системы изменение энтропии dS
равно или больше значения поглощенной
системой элементарной приведенной
теплоты
(если процесс носил соответственно
равновесный или неравновесный характер):
Для
системы не совершающей теплообмена с
внешней средой,
и уравнение принимает вид:
В изолированных системах энтропия остается неизменной в равновесных и возрастает в неравновесных процессах. Это и является критерием направленности превращений в изолированной системе. Таким образом, протекающий в изолированной системе самопроизвольный неравновесный процесс всегда вызывает увеличение энтропии до ее максимальных значений при окончании процесса и установлении термодинамического равновесия.
Изменение энтропии при изменении температуры системы от T1 до T2 в отсутствие фазовых переходов:
При постоянном давлении
Если зависимостью теплоемкости системы от температуры можно пренебречь, то
При постоянном объеме
Энтропия и вероятность состояния
Самопроизвольное превращение работы в теплоту, сопровождающее неравновесные процессы, связано с переходом упорядоченного, организованного движения частиц системы в беспорядочное, хаотичное движение. Увеличение энтропии при такого рода процессах дает основание усмотреть связь ее со степенью беспорядка в системе. Часто оказывается возможным даже оценить направление изменения энтропии системы на основании только внешних признаков, отражающих степень беспорядка частиц в ней.
Оказывается, что можно установить количественную связь энтропии с так называемой вероятностью состояния системы. Беспорядочное движение частиц, когда в каждый момент для каждой частицы все направления движения в равной мере возможны, является более вероятным движением, чем организованное, вызванное определенными условиями. Это и отражается принципом возрастания энтропии.
Д
опустим,
имеется два одинаковых сосуда, разделенных
краном (рис.). Один из них содержит газ,
другой пустой. Если кран открыть, то под
действием разности давлений газ
распределиться равномерно в обоих
сосудах. Можно полагать, что последнее
состояние газа, равномерно распределенного
в двух сосудах, является более вероятным,
чем первое, при котором газ находится
в одном сосуде, соединенном с другим
при открытом кране.
Математическая вероятность появления случайного события представляет собой отношение числа случаев, которые благоприятствуют рассматриваемому событию, к числу всех возможных случаев. Если предположить, что вся система, т.е. вещество, находящееся в двух сосудах, состоит из одной молекулы, то, очевидно, вероятность нахождения ее в любом из двух сосудов будет одинакова. Математическая вероятность нахождения молекулы в определенном сосуде будет равна ½. Если система состоит из двух молекул, то легко показать, что имеется один шанс из четырех, что обе молекулы будут обнаружены в определенном сосуде. Таким образом, вероятность такого распределения будет ¼. Из теории вероятностей следует, что вероятность сложного события равна произведению вероятностей простых событий, независимых между собой. Для системы, состоящей из N молекул, вероятность нахождения всех молекул в одном определенном сосуде равна (½)N.
Стремление определить вероятность существования термодинамической системы в данном состоянии привело к понятию термодинамической вероятности. Его можно объяснить следующим образом. Макросостояние системы может быть определено двумя способами: 1) совокупностью макропараметров состояния (давление, температура и т.д.) и 2) совокупностью величин, характеризующих состояние каждой молекулы (координаты, скорость). Другими словами, макросостояние системы может быть определено фиксированием так называемого микросостояния. Одному и тому же макросостоянию может, очевидно, соответствовать очень большое число различных микросостояний. Неизменность макросостояния не означает, следовательно, неизменности микросостояния. В результате хаотического движения молекул и непрерывных их столкновений имеет место непрерывная смена микросостояний и, если они эквивалентны одному и тому же макросостоянию, это состояние остается неизменным.
Термодинамическая вероятность состояния (статистический вес) есть число микросостояний, которые реализует данное макросостояние; это число очень велико. Термодинамическая и математическая вероятности связаны между собой. Впервые связь энтропии S с термодинамической вероятностью состояния W была высказана немецким физиком Л. Больцманом.
Вид
аналитической зависимости S=S(W)
может быль получен следующим образом.
Положим, что две системы имеют энтропии
и термодинамические вероятности
.
Объединяя эти системы в одну, можно
утверждать, что термодинамическая
вероятность ее будет равна произведению
вероятностей:
(на основе теории вероятностей), а
энтропия – сумме энтропий:
(на основе свойства аддитивности).
Отсюда, имея в виду, что
,
,
а
,
можно записать
Продифференцировав
это выражение по
,
полагая
,
и по
при
,
получим
и
.
Умножив
первое уравнение на
,
а второе на
,
получим:
;
.
Приравнивая, имеем
или
Интегрирование дает
Как показывает дополнительный анализ, коэффициент пропорциональности k в этой формуле есть постоянная Больцмана, не зависящая от свойств вещества. Значение постоянной интегрирования c, как было установлено М.Планком, может быть принято равным нулю. Таким образом, уравнение, связывающее энтропию с термодинамической вероятностью, имеет вид:
где
–
постоянная Больцмана, равная частному
от деления универсальной газовой
постоянной на число Авогадро.
