- •Раздел I. Кинетика ферментативных процессов
- •1.1. Формальная кинетика
- •Закон действующих масс
- •Константа скорости реакции
- •Порядок химической реакции
- •Обратимые химические реакции
- •Влияние температуры на скорость химической реакции
- •Метод Гуггенгейма
- •Кинетика реакций Реакции первого порядка
- •Кинетическое уравнение реакции второго порядка
- •1.2. Кинетика ферментативных реакций Механизм действия ферментов
- •II. Уменьшить энергию активации
- •Уравнение Михаэлиса-Ментен
- •1. Зависимость от концентрации фермента
- •2. Зависимость скорости реакции от концентрации субстрата.
- •2 . Метод Хейнса
- •3 . Метод Скэтчарда (Иди–Хофсти)
- •Ингибирование ферментов
- •Конкурентное ингибирование
- •Графическое определение параметров конкурентного ингибирования
- •Бесконкурентное ингибирование
- •Графические методы определения параметров бесконкурентного ингибирования
- •1. Лайнуивера-Берка
- •2 . Хейнса
- •4. График Диксона
- •Неконкурентное ингибирование
- •1. Метод Лайнуивера-Берка
- •4. График Диксона
- •1. Общие сведения.
- •2. Ввод данных.
- •3. Построение графика.
- •4. Определение параметров поставленной задачи.
- •Лабораторная работа № 2. Определение кинетических параметров ферментативной реакции.
- •Задание для самостоятельной подготовки
- •Задание к работе.
- •Задания к лабораторной работе 2 Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Вариант 10.
- •Вариант 1
- •Вариант 2
- •Вариант 3
- •Вариант 4
- •Вариант 5
- •Вариант 6
- •Вариант 7
- •Вариант 8
- •Вариант 9
- •Р аздел іі. Изучение динамических моделей биологическихпроцессов Общие принципы описания кинетического поведения биологических систем
- •Качественное исследование простейших моделей биологических процессов
- •Простейшие математические модели
- •1. Модель экспоненциального роста популяций
- •Решение представляет собой формулу экспоненциального роста
- •2. Модель сезонного роста
- •3. Модель логистического роста
- •Качественные методы исследования систем дифференциальных уравнений
- •Устойчивость стационарного состояния. Фазовые портреты
- •Модели биологических процессов, описываемые системой дифференциальных уравнений
- •1. Виды конкурируют за одну и ту же пищу, запасы которой ограничены
- •2. Модель логистического роста (модель плотностного давления)
- •3. Модель хищник – жертва Вольтерра
- •4. Биологический метод борьбы с нежелательным видом. Метод Кюрасао.
- •Мы изучаем наиболее простую модель, предложенную Базыкиным.
- •Возможности MathCad, которые можно использовать при изучении темы
- •1. Символьное решение определителя матрицы для нахождения корней характеристического уравнения
- •2. Нахождение частных производных с помощью программы MathCad
- •3. Символьное решение уравнений и систем уравнений
- •Лабораторная работа 1 Численные методы решения дифференциальных уравнений и систем дифференциальных уравнений
- •I. Изменение численности популяции описывается одним дифференциальным уравнением
- •Задание 1
- •Задание 2
- •Изменение численности популяции описывается системой уравнений. Один вид ведет себя по отношению к другому как хищник Задание 3
- •Задание 4
- •Лабораторная работа № 2 Математические модели распространения инфекционных заболеваний Модель 1
- •Модель 2.
- •Модели эпидемий с переносчиками
- •Раздел ііі. Термодинамика биологических процессов обзор по равновесной термодинамике
- •1. Первый и второй законы термодинамики
- •Второй закон термодинамики
- •Энтропия и вероятность состояния
- •2. Характеристические функции
- •Для равновесных процессов:
- •Для неравновесных процессов:
- •Самопроизвольные процессы при постоянных t и p
- •Полезная работа и приращение свободной энергии
- •Выражение для свободной энергии в явном виде
- •Стандартные состояния. Стандартные условия
- •Химический потенциал
- •Электрохимический потенциал
- •Расчеты стандартных энергий биохимических реакций
- •Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
- •1. Второй закон термодинамики в открытых системах
- •Особенности открытых систем
- •Возрастание энтропии вследствие необратимых процессов внутри открытых систем
- •Диссипация энергии в скалярных необратимых процессах
- •Диссипация энергии в векторных необратимых процессах
- •Диссипация свободной энергии в сопряженных скалярных и векторных процессах
- •Соотношения между значениями движущих сил и скоростей процессов. Соотношения Онзагера
- •Примеры линейных соотношений
- •– Соответствуют возможной взаимосвязи двух потоков и носят название коэффициентов взаимности Онзагера.
- •Пример:
- •Теорема Пригожина.
- •Список рекомендованной литературы Основная литература
- •Дополнительная литература
Описание систем в термодинамике неравновесных процессов
1. Второй закон термодинамики в открытых системах
Рассмотрим следующую систему:
Необратимый
процесс происходит в области, обозначенной
(О). Хотя процесс ограничен этой областью,
его влияние ощущается в окружающей
области (1). Область (О) может представлять
собой бактерию, митохондрию или даже
синтетическую мембрану, обладающей
ферментативной активностью. Во всех
случаях субстраты, присутствующие в
(1), входят в (О), подвергаются реакции и
возвращаются в (1) в виде продуктов.
Область (1) можно представить себе как
часть локального окружения области
(О), достаточно большую для полного
обеспечения всех возможных процессов
в (О). По аналогии с обычными методами
классической равновесной термодинамики
предполагается, что область (1) хорошо
перемешана, так что всюду достигается
равновесие, т.е. температура T,
давление P,
химический потенциал
везде постоянны.
В таком случае возникают две возможности.
Первая состоит в том, что область (О) является закрытой системой, которая может обмениваться с областью (1) только теплом. Для такой ситуации трудно найти пример в биологии. Записывая первый закон термодинамики для области (О), получим:
где
–
изменение внутренней энергии области
(О) в результате поглощения некоторого
количества тепла
из области (1) и совершения определенного
количества работы
над окружающей средой (1) в процессе
бесконечно малого изменения состояния.
Согласно второму закону, область (О)
подчиняется неравенству
;
Так
как мы рассматриваем реальные (необратимые)
процессы, то
всегда больше чем
–
действительно поглощенное тепло. Из
этого следует, что на практике область
(О) не в состоянии извлечь из своего
окружения максимальное количество
тепла, которое теоретически могло бы
превратиться в работу. Вместо неравенства
для реальных процессов можно записать:
(1)
где
–
действительное потребление тепла и
–
положительная величина. По существу
основой неравновесной термодинамики
является вычисление величины
как функции соответствующих переменных.
Ясно, что
есть дополнительное тепло, которое
должно было бы поглотиться из среды
(1), если бы изменение происходило
обратимо. При действительном изменении
состояния прирост энтропии
определяется также производством
некоторого количества энтропии
.
Эта величина может представлять собой,
например энтропию реакции в области
(О).
В неравновесной термодинамике уравнение (1) принято записывать в форме (2).
(2)
является
обменным вкладом изменения энтропии в
области (О), а
– “внутренним” вкладом, создаваемым
благодаря энтропии необратимого
процесса, протекающего в области (О).
Вторая возможность состоит в том, что область (О) является открытой системой, которая может обмениваться с областью (1) как веществом, так и теплом. Уравнение (2) можно написать для области (О), но члены в правой части больше не будут отождествляться с соответствующими членами уравнения (1). Чтобы лучше понять смысл величины , полезно рассмотреть изменения энтропии в обеих областях системы, имея при этом в виду, что необратимый процесс возникает только в области (О). Общее изменение энтропии в такой системе равно
(3)
,
(4,5)
так как изменение энтропии области (1) обусловлено исключительно обменом с областью (О).
Из уравнений 3–5 следует, что
Таким
образом,
представляет собой общее увеличение
энтропии в окружающей среде благодаря
процессам, проходящим в области (О).
