- •Компьютерная технология квантово-химических расчетов с помощью программного пакета “gaussian” Методическое пособие
- •Введение
- •Строение электронной оболочки атома
- •Волновая функция электрона и стационарное уравнение Шредингера
- •1.2 Решение уравнения Шредингера для атома водорода и водородоподобных атомов
- •1.3 Многоэлектронные атомы
- •Аналитические аппроксимации атомных орбиталей и атомные базисные наборы
- •2.1 Метод молекулярных орбиталей (мо лкао)
- •Атомные псевдопотенциалы
- •II. Теория электронного строения молекул
- •В заключение этого раздела необходимо обратить внимание еще на одно весьма важное обстоятельство.
- •2.2 Теория возмущений Мёллера-Плессе
- •2.3 Теория функционала плотности
- •2.4 Полуэмпирические методы квантовой химии
- •2.5 Модель реакционного поля для учета эффектов сольватации
- •III. Порядок работы с программным пакетом квантово-химических расчетов “ гауссиан”
- •3.1 Структура файла исходных данных
- •0 1 (Спецификация молекулы)
- •Variables:
- •3.2 Структура выходного файла
- •Variables:
- •Initialization pass.
- •Isotopes: n-14,h-1,h-1,h-1
- •Item Value Threshold Converged? Maximum Force .043925 .000450 no
- •Virtual (a1) (e) (e) (e) (e) (a1) (a1) (e) (e) (a1)
- •Ir Inten -- 381.2474 22.7331 22.7331
- •22.61138 (Kcal/Mol)
- •Vibrational temperatures: 1230.35 2673.15 2673.15 5243.52 5468.34
- •Vibrational 22.653 .605 .172
- •3.3 Алгоритм составления z-матрицы
- •3.3.1. Использование внутренних координат атомов.
- •Variables:
- •Variables:
- •3.3.2 Использование декартовых координат атомов.
- •3.3.3 Смешанное использование внутренних и декартовых координат.
- •Variables:
- •3.3.4 Использование псевдоатомов.
- •Variables:
- •IV. Оптимизация молекулярной геометрии
- •Расчет молекулы при фиксированной геометрии
- •Оптимизация геометрии
- •V. Расчет путей химических реакций
- •5.1 Поверхность потенциальной энергии реакций
- •5.2 Поиск переходного состояния.
- •Variables:
- •Variable Old X -de/dx Delta X Delta X Delta X New X
- •Item Value Threshold Converged?
- •Variable Old X -de/dx Delta X Delta X Delta X New X
- •Item Value Threshold Converged?
- •Ir Inten -- 18.4533 18.9748 128.0921
- •1 Imaginary frequencies ignored.
- •Variables:
- •Variables:
- •Iteration 8
- •I X gradient displacement newx
- •Item value threshold converged?
- •Ir Inten -- 18.5781 18.9228 128.1958
- •1 Imaginary frequencies ignored.
- •5.3 Расчет пути химической реакции.
- •Irc calculation in mass-weighted internal coordinates
- •Variables:
- •VI. Учет влияния эффектов сольватации
- •Version: matrix inversion
- •174 Tesserae over a maximum of 1500
- •VII. Дополнительные сведения
- •7.1. Порядок следования разделов в исходном файле
- •7.2. Методы расчета, реализованные в Гауссиане
- •7.3. Встроенные базисные наборы и псевдопотенциалы атомов
- •7.4. Наиболее часто употребляемые директивы
- •7.4.1 Опции директивы Opt
- •7.4.2 Опции директивы Freq
- •7.4.3 Опции директивы scrf
- •7.4.4 Опции директивы scf
- •7.4.5 Опции директивы Pop
- •7.4.6 Опции директивы Guess
- •7.4.7 Опции директивы Geom
- •7.4.8 Опции директивы irc
- •7.5. Задание базисных наборов и псевдопотенциалов во входном файле
- •VIII. Заключение
Variables:
cn2 1.14
hn3 1.58
hnc3 90.0
Из этого файла следует, что в ходе расчета ограниченным методом Хартри-Фока (RHF) в базисе 3-21G будет осуществляться оптимизация геометрии (директива Opt) переходного состояния (параметр TS) с использованием алгоритма Берни во внутренних координатах (параметр Z-matrix). Начальная структура переходного состояния, заданная с помощью внутренних координат, имеет угловое строение (валентный угол, образованный атомами водорода, азота и углерода, равен 90). Директива Freq, как мы уже упоминали в параграфе II, указывает программе, что после завершения оптимизации геометрии необходимо рассчитать значения силовых постоянных (элементов Гессиана), частот колебаний и термодинамических характеристик.
Вообще говоря, директиву Opt часто используют вместе с директивой Freq, поскольку по результатам задаваемого директивой Freq расчета можно проверить, действительно ли найденная в ходе оптимизации стационарная точка является минимумом (в случае поиска структур, отвечающих минимумам на ППЭ) или седловой точкой (в случае поиска переходных состояний). Кроме того, в последнем случае можно установить, какие исходные реагенты и продукты связывает найденное переходное состояние. Ясно, что локализованная в ходе оптимизации структура является переходным состоянием, если среди частот ее нормальных колебаний имеется одна (и только одна) мнимая частота6. Чтобы убедиться, что найденное переходное состояние относится именно к изучаемой реакции, необходимо проанализировать «элементы нормальной моды», отвечающей мнимой частоте. Дело в том, что программа выводит на печать коэффициенты (обозначенные как элементы нормальной моды, что, строго говоря, неточно), определяющие смещения ядер относительно текущих позиций (в той или иной исходной системе координат), которые будут происходить в случае движения по ППЭ вдоль направления, задаваемого нормальной модой. Анализируя эти коэффициенты для нормальной моды с мнимой частотой, можно установить какие деформации будет претерпевать найденное переходное состояние при движении по ППЭ вдоль этой моды. Таким образом, можно установить какие минимумы на ППЭ это переходное состояние связывает. Иногда по результатам такого анализа бывает трудно однозначно судить о пути реакции и приходится использовать более точную процедуру, о которой речь пойдет в следующем разделе.
Ниже приведены фрагменты выходного файла для рассматриваемой здесь задачи:
...
SCF Done: E(RHF) = -92.2016079440 A.U. after 13 cycles
Convg = 0.7023D-08 -V/T = 2.0023
S**2 = 0.0000
...
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Step number 1 out of a maximum of 20
All quantities printed in internal units (Hartrees-Bohrs-Radians)
Swaping is turned off.
Second derivative matrix not updated -- analytic derivatives used.
Eigenvalues --- -0.11555 0.03762 1.53639
Eigenvectors required to have negative eigenvalues:
cn2 hn3 hnc3
1 -0.00669 -0.47486 0.88004
Linear search not attempted -- option 19 set.
Maximum step size ( 0.300) exceeded in Quadratic search.
-- Step size scaled by 0.368
