- •Компьютерная технология квантово-химических расчетов с помощью программного пакета “gaussian” Методическое пособие
- •Введение
- •Строение электронной оболочки атома
- •Волновая функция электрона и стационарное уравнение Шредингера
- •1.2 Решение уравнения Шредингера для атома водорода и водородоподобных атомов
- •1.3 Многоэлектронные атомы
- •Аналитические аппроксимации атомных орбиталей и атомные базисные наборы
- •2.1 Метод молекулярных орбиталей (мо лкао)
- •Атомные псевдопотенциалы
- •II. Теория электронного строения молекул
- •В заключение этого раздела необходимо обратить внимание еще на одно весьма важное обстоятельство.
- •2.2 Теория возмущений Мёллера-Плессе
- •2.3 Теория функционала плотности
- •2.4 Полуэмпирические методы квантовой химии
- •2.5 Модель реакционного поля для учета эффектов сольватации
- •III. Порядок работы с программным пакетом квантово-химических расчетов “ гауссиан”
- •3.1 Структура файла исходных данных
- •0 1 (Спецификация молекулы)
- •Variables:
- •3.2 Структура выходного файла
- •Variables:
- •Initialization pass.
- •Isotopes: n-14,h-1,h-1,h-1
- •Item Value Threshold Converged? Maximum Force .043925 .000450 no
- •Virtual (a1) (e) (e) (e) (e) (a1) (a1) (e) (e) (a1)
- •Ir Inten -- 381.2474 22.7331 22.7331
- •22.61138 (Kcal/Mol)
- •Vibrational temperatures: 1230.35 2673.15 2673.15 5243.52 5468.34
- •Vibrational 22.653 .605 .172
- •3.3 Алгоритм составления z-матрицы
- •3.3.1. Использование внутренних координат атомов.
- •Variables:
- •Variables:
- •3.3.2 Использование декартовых координат атомов.
- •3.3.3 Смешанное использование внутренних и декартовых координат.
- •Variables:
- •3.3.4 Использование псевдоатомов.
- •Variables:
- •IV. Оптимизация молекулярной геометрии
- •Расчет молекулы при фиксированной геометрии
- •Оптимизация геометрии
- •V. Расчет путей химических реакций
- •5.1 Поверхность потенциальной энергии реакций
- •5.2 Поиск переходного состояния.
- •Variables:
- •Variable Old X -de/dx Delta X Delta X Delta X New X
- •Item Value Threshold Converged?
- •Variable Old X -de/dx Delta X Delta X Delta X New X
- •Item Value Threshold Converged?
- •Ir Inten -- 18.4533 18.9748 128.0921
- •1 Imaginary frequencies ignored.
- •Variables:
- •Variables:
- •Iteration 8
- •I X gradient displacement newx
- •Item value threshold converged?
- •Ir Inten -- 18.5781 18.9228 128.1958
- •1 Imaginary frequencies ignored.
- •5.3 Расчет пути химической реакции.
- •Irc calculation in mass-weighted internal coordinates
- •Variables:
- •VI. Учет влияния эффектов сольватации
- •Version: matrix inversion
- •174 Tesserae over a maximum of 1500
- •VII. Дополнительные сведения
- •7.1. Порядок следования разделов в исходном файле
- •7.2. Методы расчета, реализованные в Гауссиане
- •7.3. Встроенные базисные наборы и псевдопотенциалы атомов
- •7.4. Наиболее часто употребляемые директивы
- •7.4.1 Опции директивы Opt
- •7.4.2 Опции директивы Freq
- •7.4.3 Опции директивы scrf
- •7.4.4 Опции директивы scf
- •7.4.5 Опции директивы Pop
- •7.4.6 Опции директивы Guess
- •7.4.7 Опции директивы Geom
- •7.4.8 Опции директивы irc
- •7.5. Задание базисных наборов и псевдопотенциалов во входном файле
- •VIII. Заключение
Variables:
cn2 1.40
hn3 1.08
hnc3 170.0
Как следует из расчета элементов Гессиана на первом шаге оптимизации, такая начальная структура переходного состояния отвечает точке на ППЭ, в которой все собственные значения Гессиана положительны. В ходе оптимизации переходное состояние локализовать не удалось.
В Гауссиане реализован еще один алгоритм оптимизации геометрии, имеющий название EF, поскольку в его основе лежат основные идеи метода следования собственным значениям (Eigenvalue Following Method). Выбор этого алгоритма осуществляется заданием параметра EF. Алгоритм EF, так же как и алгоритм Берни, может быть использован для двух типов оптимизации геометрии. Поиск переходного состояния также задается параметром TS. Оптимизация геометрии в рамках алгоритма EF осуществляется во внутренних координатах8. Начальная геометрия системы должна задаваться с помощью Z-матрицы, составленной с использованием внутренних координат, а оптимизация будет проводиться по координатам, включенным в раздел переменных Z-матрицы. Число переменных, согласно действующему в рамках алгоритма EF ограничению, должно быть не больше 50. Отметим, что при оптимизации геометрии структур, отвечающих минимумам на ППЭ, алгоритм EF редко оказывается предпочтительнее алгоритма Берни, однако при оптимизации геометрии переходных состояний алгоритм EF работает надежнее, и находит седловую точку, даже стартуя с точки на ППЭ, в которой Гессиан не имеет «правильной» структуры.
Продемонстрируем работу алгоритма EF в случае оптимизации геометрии переходного состояния на примере все той же реакции HCNHNC. Входной файл с первой начальной структурой переходного состояния приведен ниже:
%chk=test.chk
# RHF/3-21G Opt=(ef,ts,calcfc) Freq
TS optimization using EF algorithm
0 1
N
C 1 cn2
H 1 hn3 2 hnc3
Variables:
cn2 1.14
hn3 1.58
hnc3 90.0
Далее приведен фрагмент выходного файла для этой задачи, содержащий как результаты последнего (восьмого) шага оптимизации, так и результаты расчета, задаваемого директивой Freq.
...
SCF Done: E(RHF) = -92.2460425669 A.U. after 9 cycles
Convg = 0.9563D-08 -V/T = 2.0019
S**2 = 0.0000
EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-EF-
EIGENVECTOR FOLLOWING TRANSITION STATE SEARCH
Hessian updated using Powell update
Iteration 8
EIGENVECTORS AND EIGENVALUES
1 2 3
EIGENVALUES -- -0.07550 0.83894 1.34116
1 cn2 -0.16492 -0.03425 0.98571
2 hn3 0.80369 0.57465 0.15444
3 hnc3 -0.57173 0.81768 -0.06725
TS SEARCH. TAKING P-RFO STEP
SEARCHING FOR LAMDA THAT MAXIMIZES ALONG THE LOWEST MODE
VALUE TAKEN LAMDA= 0.00000015
SEARCHING FOR LAMDA THAT MINIMIZES ALONG ALL OTHER MODES
VALUE TAKEN LAMDA= -0.00000015
STEP TAKEN. STEPSIZE IS 0.001439
CURRENT PARAMETER VALUES (INTERNAL COORDINATES)
I X gradient displacement newx
1 2.234585 -0.000415 0.000064 2.234650
2 2.659048 -0.000061 0.001267 2.660316
3 0.960908 -0.000151 -0.000678 0.960230
