- •1.Самореплицирующиеся молекулы. Естественный отбор самореплицирующихся молекул. Значение возникновения мембранных структур в эволюции клетки.
- •2.Нуклеиновые кислоты. Строение азотистых оснований. Пуриновые и пиримидиновые основания. Строение нуклеозидов и нуклеотидов
- •3.Доказательства генетической роли нуклеиновых кислот. Явление трансформации у бактерий. Эксперименты Эйвери, Мак-Леонда и Мак-Карти.
- •4. Модель днк Уотсона и Крика
- •5. Вращение связей между атомами, формирующими сахарофосфатный остов днк и свободное вращение с-1/-n-гликозидной связи – основа структурных вариаций в днк. Cин- и анти-конформации.
- •6.Альтернативные двухспиральные структуры днк. Параметры b-, a- и z-форм днк.
- •7. Положение атомов n7,o6,n6в пуринах – положение Хугстена. Хугстеновское спаривание – основа формирования триплексов днк(н-днк).
- •8. Явление суперспирализации днк. Образование супервитков в концевых молекулах днк – основа формирования третичной структуры.
- •9. Регуляция топологии днк in vivo. Днк-топоизомеразы. Классификация днк-топоизомераз.
- •11. Характеристика волокон хроматина диаметром 10 нм и 30 нм. Мономерная нуклеосома. Структурирующая роль гистонов в организации генома эукариот.
- •12. Классификация гистонов. Эволюционная стабильность гистонов н3 и н4. Роль оснóвных n-концевых «хвостов» гистонов в конденсации днк.
- •13. Первый уровень упоковки днк в хромосомею Минимальная нуклеосома( нуклеосомный кор). Нуклеосома. Гистон-ацетилтрансфераза нат.
- •15. Доказательство полуконсервативного способа репликации днк. Эксперимент Месельсона и Сталя. Репликативная вилка. Одно- и двунаправленная репликация.
- •16. Типы репликации. Репликация кольцевых днк с образованием глазка. -структура. Репликация по типу катящегося кольца (репликация днк фагов м13, х174, ). Репликация с образованием d-петель.
- •18.Локус oriC – точка начала репликации. Структура локуса oriC. Предзатравочный комплекс. Роль белков dnaА, hu, dnaС и dnaВ в формировании предзатравочного комплекса.
- •19. Регуляция инициации репликации днк e. Coli. Dam-метилаза. Последовательности gatc. Терминация репликации.
- •20. Множественность точек начала репликации у эукариот. «Лицензирование» как механизм контроля согласованной активация точек начала репликации.
- •21.Точки начала репликации Saccharomyces cerevisiae. Аrs-элементы. Консервативные последовательности в составе ars-элементов.
- •23. Сборка предрепликационного комплекса. Комплекс днк-полимераза /праймаза. Инициаторная днк. Процессивный синтез днк с участием днк-полимеразы .
- •24. Системы рестрикции и модификации. Уникальный тип метилирования днк прокариот. Представление о метилированных, полуметилированных и неметилированных сайтах. Явление рестрикции днк.
- •25. Рестриктазы типа 2(класс 1). Характеристика рестриктазы Eco r1. Природа сайтов узнавания и рестрикции. «Липкие» и «тупые» концы.
- •26. Молекулярная основа мутаций. Точечные мутации. Транзиции и трансверсии. Горячие точки. Молчащие мутации. Нейтральные мутации.
- •27. Причины мутаций. Таутомерные формы оснований. Дезаминирование оснований. Апуринизация днк. Алкилирующие агенты.
- •28. Действие физических факторов (влияние на равновесие амино – имино-форм). Ошибки днк-полимеразы, связанные с включением аналогов природных нуклеотидов.
- •29. Система коррекции несоответствий спаривания оснований. Роль последовательностей gatc в mismatch репарации.
- •30. Эксцизионная репарация оснований. Ар-сайты. Днк-гликозилазы. Удаление урацила и тимина. Субстратная специфичность днк-гликозилаз ung, hGmug1, tdg и mbd4 человека.
- •31. Эксцизионная репарация нуклеотидов. Удаление пиримидиновых димеров. Нуклеаза авс (авс-эксцинуклеаза). Компоненты авс-эксцинуклеазы – белки UvrА, UvrB, UvrC. UvrD-геликаза.
- •33. Репарация, включающая рекомбинацию. Sos-ответ. Понятие sos-генов. Ферменты и белки sos-репарации. Белки RecA и LexA.
- •35.Строение информационных рнк. Строение информационных рнк прокариот. Лидерные, трейлерные и кодирующие участки. Полицистронность иРнк прокариот.
- •36. Строение иРнк эукариот. Структурные элементы иРнк эукариот. Полиаденилирование и кэпирование иРнк. Структура кэпов. Метилирование кэпов.
- •37.Специфические участки взаимодействия рнк-полимераз с днк. Структура промоторов. Стартовая точка, положения по ходу транскрипции и положения против хода транскрипции. Блок Прибнова и –35-блок.
- •38. Классификация рнк-полимераз эукариот.
- •39. Промоторы эукариот. Блок Хогнесса. –70-блок.
- •40.Закрытый и открытый двойные комплексы. Тройной комплекс. Роль σ-фактора.
- •41. Терминация транскрипции. Ρ-зависимые и ρ-независимые терминаторы.
- •42. Прерывистость генов э. Процессинг и сплайсинг транскриптов рнк-полимеразы II.
- •43. Интроны, подчиняющиеся «правилу gu/ag». Донор сплайсинга и акцептор сплайсинга. Точка ветвления интрона. Малые ядерные рнк (мяРнк) и сплайсисома.
- •44.Процессинг транскриптов, синтезируемых рнк-полимеразой III.
- •45. Механизм сплайсинга тРнк. ТРнк-лигаза.
- •47. Представления об интронах группы I как о рибозимах. Самосплайсинг рРнк Tetrahymena thermophila.
- •48. Интроны группы II – второй класс самосплайсирующихся интронов. Явление рнк-интерференции и редактирование рнк.
- •49. Экспериментальная расшифровка генетического кода. Синтетические олигонуклеотиды. Метод связывания рибосом.
- •50. Периодические сополимеры Кораны. Установление значения терминирующих кодонов.
- •51. Строение тРнк. Пространственная l-форма тРнк. Минорные компоненты тРнк.
- •52. Гипотеза «качаний».
- •53. Активация аминокислот. Активные центры в аминоацил-тРнк-синтетазах. Аминоацил-тРнк-синтетазы – самокорректирующие ферменты.
- •54.Стадии активации ак.
- •55. Инициация трансляции. Инициаторные тРнк прокариот. Факторы инициации прокариот.
- •56. Элонгация. Факторы элонгации. Образование пептидной связи.
- •57. Терминация синтеза полипептидных цепей. Терминирующие кодоны. Rf-1 и rf-2 – белковые факторы терминации. Фактор терминации rf-3.
- •58. Перепрограммирование трансляции. Включение Se-цистеина как один из механизмов перекодирования трансляции. Уникальность структуры тРнкSeс п. И э.
- •59. Явление транс-трансляции. Бактериальная тм-рнк. Совмещение свойств транспортной и матричной рнк в тмРнк.
- •60. Методы промышленной микробиологии. Суперпродукция лизина.
- •61. Представления о принципах генетической рекомбинации с использованием подвижных генетических элементов.
- •62. Способы соединения фрагментов днк invitro. Метод линкеров. Коннекторный метод.
- •63.Понятие вектора. Векторы в генетической инженерии. Свойства «идеального» вектора.
- •64. Плазмиды, классификация плазмид. Структура сайтов рестрикции эндонуклеаз типа II. «Тупые» и «липкие» концы.
- •65. Трансформация, трансфекция, клонирование.
- •66. Способы получения днк для клонирования.
35.Строение информационных рнк. Строение информационных рнк прокариот. Лидерные, трейлерные и кодирующие участки. Полицистронность иРнк прокариот.
иРНК различаются по количеству кодируемых ими белков. Различают моноцистронные и полицистронные иРНК. Моноцистронные иРНК – иРНК, кодирующие один белок. Полицистронные иРНК - кодируют несколько белков.
В составе всех иРНК можно выделить участки двух типов: кодирующий и некодирующий участки. Кодирующий участок состоит из набора кодонов: начинается с инициирующего кодона- AUG (GUG) и заканчивается одним из трех терминирующих кодонов - UAG, UGA, UAA.
Некодирующий участок: представлен лидерной и концевой (трейлерной) последовательностями. Эти послед-ти не используются для кодирования белка.
Лидерная последовательность – послед-ть, находящаяся на 5`-конце и предшествующая первому инициирующему кодону.
Концевая (трейлерная) послед-ть – послед-ть, находящаяся на 3`-конце за последним терминирующим кодоном.
Полицистронная иРНК:
5` 3`
Лидерная послед-ть |
Кодирующий участок. AUG (GUG) - инициир кодоны. UAG, UGA, UAA – термин. кодоны
|
Межцистронная послед-ть (от 1 до 30-40 оснований) – разделяет термин-й кодон одного гена и инициир-й кодон другого гена |
Кодирующий участок. AUG (GUG)- инициир кодоны. UAG, UGA, UAA – термин. кодоны
|
Концевая послед-ть |
36. Строение иРнк эукариот. Структурные элементы иРнк эукариот. Полиаденилирование и кэпирование иРнк. Структура кэпов. Метилирование кэпов.
Эукариотические иРНК содержат на 3/-конце последовательность из полиадениловой кислоты (poly(A)-конец).иРНК, имеющую такую структуру обозначается как poly(A)+, катализируется poly(A)-полимеразой (фермент узнает 3` -ОН конец иРНК и добавляет остатки адениловой кислоты). poly(A)-концы имеются в иРНК всех эукариот, а также в митохондриальных иРНК.
Эукариотическая иРНК имеет «заблокированный» 5/-конец, за которым расположен нетранслируемый лидер, содержащий промоторную последовательность. Кодирующая область связана также с нетранслируемым трейлером, имеющим на 3/-конце poly(A)-«хвост». Полиаденилированный конец постоянно укорачивается, в результате эндонуклеолитических разрывов. Закономерность: уменьшение длины фрагмента poly(A) с «возрастом» информационной РНК.Теории: 1.фрагмент poly(A) способствует увеличению стабильности молекулы. 2. poly(A) нужны для транспорта иРНК из ядра в цитоплазму. 3. отдельные звенья 3/-концевых участков poly(A) обеспечивают возможность многократной трасляции иРНК. фракция иРНК poly (A)(1/3 от общ к-ва кл). Основной компонент представлен молекулами гистоновых иРНК, но остальная часть poly (A)ни функционально, ни по размерам не отличается от poly(A)+.
К
эп
– структура на 5`-конце иРНК; образуется
после транскрипции за счет присоединения
5`-конца ГТФ к 5`-концевому основанию
иРНК. Эта структура может быть метилирована
по присоединенной молекуле гуанина.
Строение кэпа: 7МеG5`ррр5`Np…..
Значение кэпирования иРНК: стабилизации из-за присутствия «кэпов», защищающих 5/-концы молекул от действия фосфатаз и нуклеаз; повышают эффективность трансляции иРНК в системах синтеза белка; служит субстратом для модификаций, которые включают реакции метилирования. Все «кэпы» содержат 7-метилгуанилат, присоединенный пирофосфатной связью к 5/-концу. В cap O остаток рибозы не метилирован, в cap 1 метилирован один остаток рибозы, в cap 2 – два остатка рибозы.
Этапы метилирования:1.добавление CH3-группы по 7-ому положению концевого остатка гуанина (катализирует гуанил-7-метил-трансфераза) , cap O (у одноклеточных эукариот).
2.добавление еще одной CH3-группы по 2/-О-положению первого нуклеотида (2/-O-метил-трансфераза), cap 1(у всех эукариот за исключением одноклеточных организмов). В некоторых случаях у высших эукариот продолжается метилирование, но уже по NH2-группе и только после предварительного метилирования остатка рибозы (2/-О-метиладенозил-N6-метил-трансфераза). у не которых видов организмов метильная группа может добавляться ко второму нуклеотиду иРНК. Субстрат: иРНК с cap 1, Метильная группа добавляется по 2/-O-положению рибозы второго нуклеотида. В результате образуется сар 2.
