- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
Все взаимодействия между атомами, независимо от их конкретной физической природы при формировании различных макромолекулярных структур и переходов между ними, можно разделить на два типа:
Взаимодействия ближнего порядка между атомами соседних звеньев
дальние взаимодействия (или объемные эффекты) между атомами, которые хотя и отстоят по цепи далеко друг от друга, но случайно сблизились в пространстве в результате изгибания цепи.
Клубок и глобула
Рассмотрим
гомополимер. Зададим его геометрические
размеры через
между его концами, а внутреннюю
пространственную структуру -
пространственным распределением
плотности звеньев n(x).
Вследствие объемных взаимодействий
плотность числа звеньев в пространстве,
занятом молекулой, может меняться от
точки к точке.
В полимерной нити вследствие взаимосвязи звеньев или линейной памяти изменение плотности в одной точке пространства связано с изменением плотности в другой точке, т.е. существует пространственная корреляция плотности. Если в макромолекуле отсутствуют всякие объемные эффекты, то она не имеет достоверной пространственной структуры. В этом состоянии флуктуации плотности – порядка самой плотности. Такое состояние носит название клубка. Радиус корреляции () флуктуации плотности здесь того же порядка, что и размеры макромолекулы [R=( )1/2; R, где RlN1/2].
Наличие объемных взаимодействий может привести к осуществлению такого состояния, в котором флуктуации плотности малы по сравнению с самой плотностью. Такое плотное образование называется глобулой. В нем радиус корреляции флуктуаций плотности много меньше размеров макромолекулы: <<R, причем RN1/3. Глобула, в отличие от клубка, обладает определенной компактной пространственной структурой. Сердцевина большой глобулы пространственно однородна с постоянной концентрацией звеньев no.
Условия существования клубка и глобулы.
Вследствие объемных взаимодействий сблизившиеся участки могут либо притягиваться, либо отталкиваться. Повышение температуры приведет к увеличению отталкивания между мономерами, понижение – к притяжению. Существует температура, при которой отталкивание мономеров полностью компенсируется их взаимным притяжением. Эта температура называется -точкой или -температурой. В -точке объемные взаимодействия отсутствуют, и макромолекула представляет клубок с RlN1/2, сохраняющийся и при T>. Однако в области Т> из-за увеличения сил отталкивания размеры клубка возрастают: R>lN1/2.
Таким образом
,
где
вычислено без учета дальних объемных
взаимодействий;
- коэффициент набухания макромолекулы;
в области T>,
>1,
при T=
=1,
а при T<,
<1.
В хороших растворителях притяжение атомов цепи и растворителя больше, чем между атомами цепи, что равносильно увеличению их взаимного отталкивания в таком растворителе (область T>, здесь >1).
Наоборот, в плохих растворителях взаимное притяжение звеньев полимера больше, чем их притяжение к молекулам растворителя (область T<, <1). В области T< в объемном взаимодействии превалируют силы притяжения, которые могут привести к конденсации полимерного клубка в плотную, слабо флуктуирующую глобулу. Эта глобула стабилизируется самосогласованным сжимающим полем, обусловленным силами притяжения между атомами мономеров. Оказывается, что в таком поле глобула обладает дискретным спектром значений свободной энергии. Температура выше критической приводит к исчезновению дискретного спектра и глобулярного состояния.
В реальной макромолекуле объемные взаимодействия в отсутствии внешнего поля создают самосогласованное поле, приводящее к образованию глобулы. Зависимость плотности звеньев от расстояния имеет вид:
|
Рис.7 Зависимость плотности звеньев макромолекулы от расстояния |
Энергия взаимодействия звеньев.
Изменение температуры приводит к изменению размеров макромолекулы, т.е. к изменению средней плотности n числа мономерных звеньев, а значит, и к изменению энергии их взаимодействия. Вклад сил притяжения и отталкивания в свободную энергию взаимодействия (F) звеньев зависит от n. При малом n свободная энергия (F) взаимодействия звеньев может быть разложена в ряд со степенями n:
(Bn2+Cn3+…),
где V – объем системы, В и С – коэффициенты разложения, называемые вириальными коэффициентами (В – второй вириальный коэффициент; С – третий и т.д.).
Первое слагаемое Вn2 – описывает вклад парных столкновений звеньев, второе – вклад тройных столкновений и т.д. Если энергия притяжения при столкновениях велика по сравнению с kT, то силы притяжения сталкивающихся частиц играют наиболее важную роль, давая отрицательный вклад в общую энергию системы (В<0). В результате макромолекула сжимается относительно размеров идеального клубка. Обратная картина, когда энергия притяжения меньше kT, а силы отталкивания дают в свободную энергию положительный вклад, вызывая набухание клубка (B>0). В отсутствие объемных взаимодействий при -температуре В()=0.
Случаю плохого растворителя отвечает B<0. Случаю хорошего растворителя отвечает B>0 (звенья отталкиваются). Типичный вид зависимости F глобулы от n: зависимость свободной энергии глобулы (1) и клубка (2) от плотности звеньев.
|
Рис.8 Типичный вид зависимости свободной энергии макромолекулы от плотности звеньев. 1 – глобула 2 – клубок |
