- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
3.30. Денатурация глобулярных белков
Денатурацию глобулярных белков вызывают: нагревание, воздействие ультразвуком, радиационное воздействие, рН, состав растворителя.
Экспериментально было показано, что денатурацию вызывают слабополярные органические растворители. Их действие связано с контактами с гидрофобными группами белка. Было обнаружено, что денатурирующее действие спиртов на белки возрастает с увеличением размера алифатического радикала.
Глобула имеет фиксированную пространственную структуру и переход “глобула клубок” отличен от перехода “спираль - клубок” потому, что он происходит в трехмерной системе. С другой стороны, кооперативность перехода (которая определяет величину изменения температуры (интервал ΔT, в котором происходит переход), а ΔT примерно одинаково при плавлении α-спирали и глобулярного белка) связана не только с взаимодействием ближнего порядка, но и дальнего. Показательны денатурационные превращения в зависимости от рН. При уменьшении рН уменьшается изменение энтальпии и температура перехода.
Например, для химотрипсиногена:
рН |
Тm, 0С |
ΔН, ккал/моль |
2.3 |
43 |
78 |
2.8 |
51 |
110 |
3.4 |
58 |
130 |
5.0 |
62 |
148 |
Конформационные переходы белковых молекул связаны с разворачиванием полипептидной цепи и часто происходят малые, локальные и трудно наблюдаемые изменения, которые не сопровождаются сильными изменениями теплоемкости. Когда изменения теплоемкости при денатурации нативных белков велики, их связывают с нарушением гидрофобных взаимодействий. По существенным изменениям теплоемкости можно судить о характере перехода. Т.к. при денатурации глобулярных белков изменяется структура молекулы, то исследования могут способствовать установлению факторов, стабилизирующих белковую глобулу.
Факторы:
В ходе денатурации белки характеризуются большей поворотной гибкостью цепи, и поэтому среднее изменение энтропии Δ
является первой существенной составляющей
свободной энергии для дестабилизации
глобулярных белков. В расчете на
стабильный (развернутый) остаток
Δ
2-6
.Изменение энтальпии Δ
(связано с разрушением водородных
связей). Δ
2
.Изменение свободной энергии Δ
при нарушении гидрофобного взаимодействия
в ходе денатурации.Реакции денатурации белка сильно зависят от рН. Факторы, определяющие эту зависимость, делят на две группы:
а) дальнодействие электростатического взаимодействия;
б) аномальные группы и эффекты, связанные с титрованием.
Многие белки содержат ионизированные группы, рК которых отличаются на несколько единиц от нормального значения рК для этих групп в развёрнутом состоянии. В ходе денатурации происходит нормализация рК этих групп, т.е. изменяется связывание протонов с этими группами. Это приводит к появлению титрационной составляющей изменения свободной энергии (ΔFтитр.).
ΔFg
= p(N
- NT Δ
+
Δ
i)
+ ΔFэл + ΔFтитр..
р – доля пептидной цепи, развернутой в ходе денатурации, или степень разворачивания.
N – число звеньев в молекуле.
