- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
Переходы клубок-глобула
Когда F перестает иметь минимум при некотором n глобула распадается и происходит переход глобула-клубок (Г-К). Точке перехода соответствует F=0. Это переход между разными фазами (между разными агрегатными состояниями макромолекулы).
Фазовые переходы I рода происходят между двумя состояниями, каждое из которых стабильно по одну сторону от точки перехода и метастабильно – по другую. Переход между ними при изменении внешнего параметра (Т) сопровождается тепловым эффектом (например, плавление льда и образование жидкой водной фазы).
Фазовые переходы II рода происходят без тепловых эффектов, а в области перехода существует лишь один минимум свободной энергии.
При фазовых переходах I рода энтропия и внутренняя энергия меняются скачком вследствие затраты конечной теплоты перехода и конечного изменения удельного объема системы.
При фазовых переходах II рода в точке перехода 2-го рода теплоемкость меняется скачком, а энтропия и внутренняя энергия – непрерывно, удельный объем системы не испытывает скачка. (Переход Не в сверхтекучее состояние, металлов в сверхпроводящее, переход из ферромагнитного в парамагнитное состояние в точке Кюри).
Фазовые переходы определены строго для случая, когда число частиц в системе N. В реальных полимерах, где N – большое, но конечное число, существует конечная ширина температурного перехода (Т). Конформационный переход является фазовым, если его ширина стремится к 0: > при N. Ландау и Лившицем, Гросбергом и Хохловым было показано, что в случае жесткой цепи переход клубок - глобула происходит как фазовый переход I рода (1), хотя и с малой теплотой перехода. Для гибких молекул переход происходит как фазовый переход II рода (2).
|
Рис.9 Фазовые переходы для жестких (1) и гибких (2) макромолекул
Конечный скачок
плотности наблюдается несколько ниже
-точки,
причем
.
В случае гибких цепей переход происходит
как плавный переход II рода, растянутый
на всю -область.
Замечания к разделу
Плавное спадание гауссовой функции наводит на представление о клубке как об объекте относительно плотном в центре и более рыхлым на периферии. Это неверно. Балабаев смоделировал на ЭВМ тепловое движение идеальной цепи из 626 звеньев и показал, что цепочка совершенно не заполняет объема клубка. Распределение Гаусса возникает только после усреднения по огромному числу разных конформаций, откуда видно, сколь значительна роль флуктуаций плотности в полимерном клубке.
Представление об идеальной цепочке плодотворно, но оно недостаточно для понимания большинства явлений в полимерных системах: необходим учет взаимодействия звеньев разных макромолекул, а также сблизившихся не соседних звеньев одной полимерной цепи, т.е. учет объемных взаимодействий. Возникает вопрос, как проявляется то факт, что полимерная цепь не бестелесная, каждое звено имеет объем, и внутренность этого объема недоступна для других звеньев. Эту проблему исключенного объема можно сформулировать также как задачу о случайных блужданиях частицы (звена), избегающей пересекать свой след.
Размер идеального Гауссова клубка RlN1/2. Клубок занимает объем R3l3N3/2. Но полимерная цепь не заполняет этот объем. Если собственный объем звена V, то общий объем макромолекулы N•V. При N>>1 l3N3/2>>V•N, т.е. доля объема, занятого звеньями внутри клубка, очень мала:
φ
Это в какой-то мере оправдывает представление об идеальном клубке: раз плотность мала, то столкновения звеньев редки. Считая клубок облаком независимых частиц-звеньев, распределенных в объеме l3N3/2, можно оценить число столкновений. Число двойных столкновений оценивают так: есть N частиц, и на каждую из них с вероятностью φ налетает партнер, значит, число двойных столкновений Nφ, число тройных Nφ2, четверных Nφ3 и т.д.
Число р-кратных столкновений:
Np
Nφp-1N(3-p)/2
.
Видно, что число многократных столкновений редко: Np<<1 при p>3. Даже число тройных столкновений 1 на всю длинную цепь. Число двойных - N1/2, т.е. хотя и мало по сравнению с N (т.е. каждое звено сталкивается редко), но велико по сравнению с 1.
С другой стороны, клубок очень податлив, модуль упругости его мал 1/N. Поэтому можно ожидать, что парные столкновения звеньев приведут к существенному изменению фактических размеров клубка.
Первая теория
набухания полимерного клубка в хорошем
растворителе была предложена Флори:
равновесное набухание клубка определяется
компенсацией расталкивающего влияния
исключенного объема и стягивающей
энтропийной упругости. Как и ожидалось,
несмотря на чрезвычайную рыхлость
клубка и малую вероятность столкновений,
эффект исключенного объема очень велик:
при N
параметр набухания неограниченно
возрастает.
