- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
Истинный раствор высокомолекулярного соединения – это термодинамически устойчивая гомогенная, равновесная система, которая образуется самопроизвольно при контакте полимера с низкомолекулярной жидкостью при наличии сродства между ними. Растворению предшествует набухание. В очень разбавленных растворах макромолекулы изолированы, практически не взаимодействуют друг с другом и непрерывно изменяют свою конформацию при тепловом движении. Чем сильнее взаимодействует полимер с растворителем, тем больше клубок разбухает. С увеличением концентрации полимера клубки в растворе разворачиваются и макромолекулы взаимодействуют друг с другом с образованием неупорядоченных ассоциатов. В очень концентрированных растворах образуются упорядоченные надмолекулярные ассоциаты типа пачек.
Следует иметь в виду, что потенциальная энергия гидратации:
U = (p*q)*cosφ/r2
φ - угол между направлением диполя и линией, связывающей молекулу воды и ион,
q - заряд иона,
p - дипольный момент молекулы воды,
r - сумма кристаллохимических радиусов молекулы воды и иона.
3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
Добавление органического растворителя (этанола, ацетона) в воду уменьшает растворимость большинства белков до такой степени, что они выпадают в осадок. Было выявлено, что растворимость белков при определенных значениях рН и ионной силы зависит от диэлектрической проницаемости среды и от способности добавленного растворителя понижать степень гидратации ионных групп. Т.к. при снижении диэлектрической проницаемости силы притяжения между двумя противоположными зарядами возрастают, то создаются условия для образования ионных пар. Этанол, у которого диэлектрическая постоянная меньше, чем у воды, способствует агрегации белка, т.е. снижает их растворимость. Это можно использовать для выделения и разделения белков.
3.16. Влияние температуры на растворимость белка
В интервале от 0 до 40ºС растворимость белков возрастает. Однако существуют исключения. При температуре 40-50ºС большинство белков денатурируют (утрачивают стабильность), а денатурация сопровождается резким снижением растворимости в области нейтральных рН.
3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
Многие важные свойства белков в растворе объясняются очень большими размерами белковых молекул. Они не диффундируют через полупроницаемые мембраны, через которые проходит вода и низкомолекулярные вещества. Например, изготавливают целлофановые мембраны, которые используют для удаления низкомолекулярных веществ из растворов, которые содержат белки – это диализ. Если отделить раствор белков от чистой воды полупроницаемой мембраной, то наблюдается осмос (т.к. термодинамическая активность молекул воды в белковом растворе меньше, чем в чистой воде). Система компенсирует различие в активности за счет перемещения молекул чистой воды в пространство, содержащее раствор белка. Перемещение продолжается до тех пор, пока концентрация воды с обеих сторон не выровняется.
Осмотическое давление – это сила, которую нужно приложить, чтобы предотвратить осмотическое движение молекул воды. Посредством измерения осмотического давления можно разработать метод определения молекулярной массы белков: из уравнения Вант-Гоффа (π = RTC) следует, что, как и все энтропийные термодинамические эффекты, осмотическое давление в разбавленных растворах не зависит от природы растворителя и растворенного вещества, а при постоянной температуре определяется только общим числом кинетических элементов (ионов, молекул, коллоидных частиц) в единице объема раствора. Это и позволяет определить среднечисловую молекулярную массу белков:
M = RTС/π;
С − концентрация белка, взятого для измерения.
