- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
3.20. Характеристическая вязкость
[η]
=
;
ηуд
=
;
- вязкость
растворителя,
- вязкость раствора.
[η] = kMα;
k, α = const.
Для определения молекулярной массы белков используют разбавленный раствор. Если раствор концентрированный, то в области высоких молекулярных масс справедливо:
lgη = 3,4lgM + c.
c=const (зависит от природы полимера и температуры).
3.21. Седиментация
Молекулярная
масса белка от 6000
6
млн. Ультрацентрифугирование позволяет
определить константу седиментации
(S):
S
=
,
где
- скорость перемещения молекулы белка
в пробирке центрифуги, r
– расстояние от оси вращения до белковой
полосы в пробирке.
S
=
,
V – удельный объем,
f – константа поступательного трения или гидродинамический коэффициент белка, зависит от размера и формы макромолекулы,
ρ – плотность растворителя.
f·D = k·T,
где D – это коэффициент диффузии в том же растворителе, т.к. kNa = R, то:
M
=
.
3.22. Электрофоретическая подвижность
Подвижность белка в изоэлектрической точке равна нулю. При сдвиге рН на две единицы в любую сторону, подвижность белка становится сравнима с подвижностью малых ионов. Она зависит также от ионной силы и температуры, поэтому о подвижности следует говорить, когда хорошо известны условия среды. Основной причиной различий подвижности является белковый заряд. Но нельзя все сводить только к заряду. Согласно теории Дебая-Хюккеля в растворе электролита каждый заряд экранирован диффузной атмосферой противоионов, плотность которой убывает с расстоянием по закону:
ρ = ρ0е-ær ,
r – расстояние,
=1/æ
– средняя толщина ионной атмосферы.
æ
=
,
J
=
– ионная
сила, е – заряд электрона,
−
число Авогадро,
− диэлектрическая проницаемость.
Подвижность сферических частиц, движущихся при электрофорезе, с точностью до коэффициента определяется формулой Смолуховского:
U
=
,
- это вязкость
среды,
- разность потенциала в двойном слое,
окружающем частицу.
Рассмотрим два случая:
1) низкие ионные силы (разбавленный раствор электролита): J << 0,01.
В этих растворах толщина дебаевской диффузной оболочки больше размеров частиц. При таких условиях:
=
,
где z
- заряд белковой частицы,
– ее радиус.
Заряд глобулы пропорционален её поверхности:
z = 4πa2αe , где αе – заряд единицы поверхности. Тогда электрофоретическая подвижность:
U
=
.
2) ионная сила
J
0,1.
Толщина
ионной атмосферы
<10
Å
(т. е. меньше
размера белковой глобулы
<
).
Скачок потенциала
сосредоточен полностью в слое
1/æ.
В этих условиях:
æ-1
U
=
æ-1.
В этом случае подвижность не зависит от размера частицы, от молекулярной массы белка. Это ближе к реальным условиям электрофореза белков, который при не слишком низких ионных силах буферных растворов определяется зарядом, но не сильно чувствителен к молекулярным массам и размерам белков.
