- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
4.2. Химическая кинетика и катализ
Ферменты – катализаторы (ускорители) всех биохимических реакций, в реакциях они не расходуются.
Скорости химических реакций зависят от температуры. Формула Аррениуса для константы скорости реакции.
где
-
энергия активации, характеризующая
барьер, который частица должна преодолеть
для осуществления реакции.
Эта формула следует из распределения Больцмана по энергиям; экспонента указывает на долю молекул, обладающих достаточной для реакции энергией активации при данной температуре T. k – определяет скорость реакции.
В обратимой реакции
скорости равны
и
.
,
где [A] и [B] – концентрации веществ А и В.
.
В равновесии
=
,
и константа равновесия K
=
/
.
Разность свободных энергий продуктов реакции и исходных реагентов равна:
;
где dH и dS – разность энтальпий и энтропий. Реакция возможна, если
dG < 0 (свободная энергия понижается).
Это необходимое условие, но не достаточное для реакции. может быть большой, при этом константа скорости мала, и реакция не идет.
Катализатор служит для понижения активационного барьера, т.е. уменьшения разности между энергией фермент-субстратного комплекса и энергией активации реагентов.
Э
йринг
предложил теорию
абсолютных скоростей реакции (теория
переходных состояний или
активированного комплекса).
При этом в теории вводятся следующие
допущения:
1. Предполагается, что ход реакции не нарушает больцмановского распределения молекул по состояниям с разной энергией.
2. Прохождение реакции требует преодоления энергетического барьера.
d
Рис.6.
Профиль свободной энергии для химической
реакции. Здесь
ξ – реакционная координата
- свободная энергия
активации в процессе 1
2
Находят число
систем, находящихся в некотором интервале
δ реакционной координаты ξ на вершине
барьера. Среднее время прохождения
через барьер:
,
где
-
средняя скорость перемещения частиц
на вершине барьера.
Скорость реакции — это число систем, преодолевающих энергетический барьер в единицу времени. Средняя скорость движения системы равна:
.
В уравнении (5)
воспользовались распределением
Максвелла-Больцмана по кинетическим
энергиям
.
Скорость реакции, т.е. число переходов
через барьер в единицу времени:
,
где
-
число систем в единице объема, находящихся
в пределах отрезка δ.
Вместе с тем
где
,
-
концентрации реагентов
Из (6) и (7) имеем
.
—
константа равновесия
для перехода реагентов A,B….
в активированное состояние.
Константа равновесия выражается через статсуммы z:
где
-
энергия i-го
состояния системы. Суммирование ведётся
по всем состояниям. В нашем случае:
где
,
—
статсуммы для активированного комплекса
и реагентов.
Для поступательного движения частицы набор состояний непрерывен, сумма (9) заменяется интегралом, который равен
где h
– постоянная Планка, m-
масса частицы,
-
это статсумма по трем степеням свободы
поступательного движения.
Т.к. система имеет только одну такую степень свободы — вдоль направления реакции, получаем
где
-
статсумма для активированного комплекса
по всем степеням свободы, кроме
поступательной.
Из (8), (10), (12) получаем:
Условная длина сократилась
и, следовательно,
Здесь
—
избыток свободной энергии активированного
комплекса по сравнению с суммарной
свободной энергией реагентов, т.е.
свободная
энергия активации. При
выводе (15) полагалось, что, достигнув
активационного барьера, система
обязательно вступит в реакцию. Этого
может и не быть. Поэтому вводят
трансмиссионный коэффициент χ ≤ 1
Тогда формула Эйринга для константы скорости гомогенной газовой реакции:
,
—
энтропия и энтальпия активации. Условие
χ = 1 отвечает адиабатическому течению
реакции (т. е. когда параметры изменяются
медленно); χ << 1 — для неадиабатического
процесса (может достигать ~
).
В газовых реакциях χ обычно стремится
к 1 (т.е. реакции эти обычно адиабатичны;
kT/h
при обычных T
~
).
Сравнивая (1) и (16) видим, (отождествляя энтальпию и энергию активации) что в формуле Аррениуса
Значения параметров активации определяют по температурной зависимости k. При χ = 1
слабо
зависит от T,
и этим членом можно пренебречь. По
наклону прямой lnk
от 1/T
находят
,
а по отрезку, отсекаемому на оси ординат,
—
.
Нелинейность
зависимости lnk
от 1/T
свидетельствует об усложнении процесса
(о его кооперативности, в таком процессе
зависит от числа уже прореагировавших
систем и тем самым от 1/T,
т.е. не постоянна). Нельзя трактовать
h/(kT)
как время существования активированного
комплекса, т.к. за
с не может установиться статистическое
равновесие. В реальности время
существования системы в состоянии,
отвечающем значениям реакционной
координаты от ξ до ξ + δ, пропорционально
δ. Это время аналогично времени
существования состояний в теории
Максвелла-Больцмана. Из малости h/(kT)
нельзя делать вывод о невозможности
установления равновесия между
активированным комплексом и реагентами.
Термин "активированный комплекс"
относится к атомной системе, претерпевающей
превращения, и не означает состояние
метастабильного комплекса.
Теория Эйринга применима к реакциям в газах, но не в жидкой фазе. Общий метод качественного рассмотрения пригоден для различных кинетических процессов (диффузия, вязкое течение и т.д.).
В ряде случаев
реакция идет без преодоления активационного
барьера, посредством
туннельного эффекта
(квантовомеханического просачивания
через барьер в реакциях переноса
или протона). В этом случае скорость
реакции практически не зависит от T).
