- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
Первые молекулярные моторы на основе днк
Ученые из Bell Labs и Оксфордского университета создали первые молекулярные моторы на основе ДНК. Устройства, напоминающие моторизованные щипчики в 100000 раз меньше булавочной головки.
Разработка двигателя на базе ДНК — это часть активно развивающегося направления. Ученые верят, что нанотехнологии позволят создать процессоры с миллиардами транзисторов (чем больше транзисторов в процессоре, тем он мощнее), вместо миллионов, что является сегодняшним порядком сложности в полупроводниковых технологиях. «Эта технология в потенциале может заменить сегодняшние методы производства интегральных схем, которые могут достичь своего действительного предела в течение ближайших десяти дет, когда закон Мура упрется в тупик» — говорит физик Бернард Юрке из Bell Labs. ДНК, обеспечивающая молекулярные чертежи для всех живых клеток, является идеальным инструментом для создания наноустройств. «Мы пользуемся тем свойством ДНК, что ее части — с миллиардами возможных комбинаций — соединяются только одним-единственным способом, как части головоломки», — говорит Юрке. Разработчики спроектировали части синтетической ДНК так, чтобы они опознавали друг друга на каждом шаге изготовления моторов. В результате, единственным необходимым ингредиентом в тестовой пробирке были сами ДНК.
«Поскольку ДНК являются и «топливом» для этих моторов, они полностью самодостаточны и не нуждаются в других химикатах», — говорит Юрке. Самосборка моторов на основе ДНК, также критически важна для производства наноустройств. «При данных масштабах никакой другой подход не представляется практически применимым», — говорит Юрке — «Это может привести к созданию пробирочных нанопроизводств, которые собирают сложные структуры, такие как электронные схемы, путем соответствующей подачи молекул».
Поскольку обычно ДНК имеет вид двойной юпирали — этакой перекрученной лесенки — исследователи начали с трех одиночных спиралей, каждая из которых напоминала половинку лестницы, разрезанную вдоль.
Спираль А имеет правильную структуру, совпадающую с половинами спиралей В и С и соответственно соединяется с ними. Спираль А имеет также свободную секцию между частями, соединяющимися со спиралями В и С, так, что обе «руки» — АВ и АС — могут двигаться свободно.
В свободном состоянии структура ДНК плавает с расставленными руками. Руки сцепляются при добавлении «топливной» спирали, которая спроектирована так, чтобы совпадать со свободными секциями спиралей В и С. Снова открыть щипчики можно, добавив другую спираль, совпадающую с «топливной» и удаляющую ее.
«Вся находящаяся в нескольких каплях раствора популяция из 30 триллионов щипчиков ДНК может быть последовательно открыта и закрыта, путем добавления соответствующих спиралей», — говорит Эндрю Терблфилж, физик Оксфордского университета, проведший последний календарный год в Bell Labs. Поскольку ДНК-моторы слишком малы, чтобы наблюдать за ними доступными микроскопическими средствами, исследователи воспользовались эффектом флюоресценции для фиксирования фактов открытия и закрытия щипчиков.
Пара молекул красителя была прикреплена к кончикам ДНК-моторов, и когда лазерный свет возбуждал краситель, количество флуоресцентного излучения определяло расстояние между двумя краями.
Юрке сказал, что на создание ДНК-моторов его вдохновило осознание того, что молекулярные белковые моторы в живых организмах отвечают за сокращение мышц и перемещение веществ в клетках.
В настоящее время ученые Bell Labs уже работают над тем, чтобы присоединить к ДНК электропроводящие молекулы, чтобы собрать элементарные молекулярные электрические контуры.
