- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
3.2. Функции белков
Белки выполняют следующие функции:
транспортная: транспортировка и запасание кислорода, жиров, железа, меди и др. элементов;
гормональная: белки-гормоны регулируют обмен веществ. (Например, белки гипофиза, поджелудочной железы);
каталитическая: белки являются ферментами;
защитная (иммунная): белки являются антителами иммунных процессов – в гуморальном иммунитете участвуют γ-глобулины, в клеточном иммунитете участвуют лимфоциты, выполняющие свои функции благодаря белкам, расположенным на лимфоцитарных мембранах.
белки в составе крови способствуют ее свертываемости.
структурная (опорная): белки являются компонентами соединительной ткани (коллаген), кожи, волос (кератин), сосудов (эластин), хрящей. Вместе с углеводами белки входят в состав секретов (гликопротеиды). Они являются компонентами слизистых оболочек, связок, сухожилий.
сократительная (механохимическая): белки преобразуют энергию АТФ в механическую энергию.
сигнальная: обеспечение рецепции и передачи химических сигналов, участвуют в распространении нервных импульсов.
регуляторная (белки осуществляют обратную связь в метаболических цепях).
белки входят в состав рецепторных систем организма, перекодируя внешние сигналы в электрохимический импульс.
энергетическая (питательная): белки являются источниками питания для развития плода (казеин).
Многие белки являются токсинами, защищающими организм от вредных воздействий.
Белки поддерживают рН (буферы) и сохраняют онкотическое давление в клетках крови.
Существует множество иных специальных функций белков.
Гормональная функция.
Каждый белок выполняет одну узкоспециальную функцию и только в некоторых случаях выполняет несколько взаимосвязанных функций. Гормон мозгового слоя надпочечников – адреналин поступает в кровь, повышая потребление кислорода, повышает артериальное давление; с другой стороны, он повышает уровень содержания сахара в крови и стимулирует обмен веществ. У холоднокровных животных адреналин – это медиатор нервной системы.
Каталитическая функция.
Биохимические реакции в организме зачастую идут в мягких условиях (при температуре примерно 40ºС и рН, стремящемся к 7.0). Но в этих условиях скорости протекания большинства биохимических реакций малы, следовательно, чтобы в организме они имели место, эволюционно возникли биологические катализаторы – ферменты.
Ферменты – это либо белки, либо комплексы белков с каким-либо ко-фактором (ион металла или какая-нибудь органическая молекула).
Ферменты обладают высокой избирательностью действия, в основе которой лежит определенная конформация белковой молекулы. Любое отклонение будет приводить к уменьшению избирательности и, следовательно, к ухудшению катализа.
Транспортная функция.
Внутрь клетки должны поступать многочисленные вещества (и строительный материал, и энергия), а биомембраны построены по одному принципу: двойной слой липидов, в который погружены различные белки, при этом гидрофильные участки макромолекул располагаются на поверхности мембраны, а гидрофобный хвост белка находится в толще мембраны. Такая структура мембран непроницаема ни для крупных молекул (аминокислоты, сахара), ни для относительно малых (ионы металлов). Их проникновение идет с помощью транспортных белков.
У многоклеточных организмов существует и другая система транспорта веществ. Это гемоглобин крови или сывороточный альбумин (обладающий способностью образовывать прочный комплекс с жирными кислотами, с гидрофобными аминокислотами (триптофан), со стероидными гормонами, с лекарственными препаратами (аспирин, пенициллин) и переносить их в различные органы), трансферрин обеспечивает перенос ионов железа, церуплазмин – ионы меди.
Рецепторная функция.
Для функционирования организма большое значение имеют белки-рецепторы, вмонтированные в плазматическую мембрану клеток, которые служат для восприятия и преобразования сигналов, поступающих в клетку (как от окружающей среды, так и от соседних клеток). Например, рецепторы ацетилхолина находятся в межнейронных контактах на мембране клеток, в том числе в коре головного мозга. Эти белки специфически взаимодействуют с ацетилхолином. Это взаимодействие приводит к такому изменению конформации белка, в результате которого становится возможной передача сигнала внутрь клетки. После получения и преобразования сигнала, нейромедиатор (ацетилхолин) удаляется, и клетка готовится к восприятию следующего сигнала. Чтобы он ушел, существует специальный фермент – ацетилхолин эстераза, катализирующий гидролиз ацетилхолина до ацетата и холина.
Многие гормоны не проникают внутрь клетки-мишени, а связываются со специфическими рецепторами на поверхности этих клеток. Это связывание уже является сигналом для запуска в клетке физиологического процесса.
Защитная функция.
Иммунная система обладает способностью отвечать на появление в организме чужеродных частиц выработкой лимфоцитов, и с другой стороны, отвечать производством белков (иммуноглобулинов). В первом случае говорим о клеточном иммунитете, во втором – о гуморальном. В ходе клеточного иммунитета лимфоциты разрушают чужеродные клетки, патогенные бактерии, раковые клетки, вирусы; во втором случае В-лимфоциты вырабатывают иммуноглобулины или антитела, которые, связываясь с чужеродными молекулами (антигенами), связывают и снимают эффект их действия.
Если в роли антигена выступает большая молекула, то антитело опознает не всю молекулу, а ее определенный участок и этот участок называется антигенной детерминантой.
Т.к. иммуноглобулины взаимодействуют с небольшой частью антигена, это позволяет лимфоцитам производить антитела, которые узнают специфические небольшие молекулы даже синтетической природы.
Согласно современным представлениям каждый тип иммуноглобулина, вырабатываемый В-лимфоцитами, произошедшими от одного общего предшественника, называется клоном.
Структурная функция.
Наряду с белками, выполняющими специализированные функции, существуют белки, которые выполняют структурные функции (прочность, эластичность и др. свойства отдельных тканей организма: коллаген – основной белковый компонент соединительной ткани (у млекопитающих он составляет до 25% массы белков)). Он синтезируется в фибробластах. Первоначально, он возникает в виде проколлагена, который проходит определенную обработку (окисление остатков пролина и лизина до гидроксипролина и гидроксилизина) в фибробластах. Коллаген – это три скрученные в спираль полипептидные цепи. Выходя из фибробластов, эти спирали объединяются в коллагеновые фибриллы (волокна) и образуют коллагеновые нити, которые можно наблюдать под микроскопом.
Двигательные белки.
Мышечные сокращения – это процесс, при котором происходит преобразование химической энергии, запасенной в пирофосфатных связях молекул АТФ, в механическую работу. Участвуют два белка актин и миозин.
Миозин состоит из длинной нитевидной части (хвоста) и двух глобулярных головок. Общая длина одной молекулы порядка 1600 нм, на головки приходится ~200 нм. Выделяют миозин в виде гексомера, образованного двумя цепями с молекулярной массой 200 тыс. и четырьмя легкими цепями с молекулярной массой около 20 тыс. Тяжелые цепи закручены спирально одна вокруг другой и образуют хвост. На одном конце нити находятся глобулярные головки, ассоциированные с легкими цепями. На головках миозина находятся два функциональных центра: 1-ый – каталитический (осуществляет расщепление пирофасфатной связи АТФ), 2-ой центр обеспечивает миозину способность специфически связываться с другим мышечным белком – актином.
Актин – это глобулярный белок, с молекулярной массой 42 тыс (G-актин в глобулярном виде). G-актин обладает способностью полимеризоваться с образованием длинной структуры F-актина. В такой форме он может взаимодействовать с головкой миозина, и это взаимодействие сильно зависит от наличия АТФ. При высокой концентрации АТФ комплекс актина и миозина разрушается. После того, как под действием миозиновой атефазы происходит гидролиз АТФ, комплекс снова восстанавливается. Этот процесс часто наблюдают в растворе, содержащем оба белка. Без АТФ − это вязкое, высокомолекулярное соединение, добавление АТФ сразу уменьшает вязкость, а по мере разрушения АТФ опять происходит комплексообразование (конденсация). Эти превращения важны при мышечных сокращениях.
