- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
Жидкая форма днк
Исследователям из Университета Северной Калифорнии Чапль-Хилла, США, удалось создать жидкую форму молекулы ДНК. Если помните, эта молекула имеет спиралевидную структуру и содержит множество отдельных элементов, которые служат своего рода программой для синтеза белка в живых клетках.
Обычно для изучения ДНК молекулы помещают в водный раствор. Теперь группа химиков под руководством Холдена Торпа и Ройса Мюррея предложила разжижать сами молекулы путём химической связи отрицательно заряженных молекул ДНК (в кристаллической форме) с положительно заряженным расплавом ряда солей металлов. Получающаяся в результате густая жидкость проводит электрический ток и, вероятно, может быть применена для реализации давешней идеи генетиков о распознавании последовательностей генов при помощи самой ДНК. Кроме того, жидкая ДНК растворяется в тех растворителях, которым она не поддавалась в твёрдом виде, что может принести новые способы изучения этой таинственной молекулы.
Однако на этом эксперименты не завершились. Во французской Лаборатории физики твёрдых тел Алик Казумов с коллегами показали, что ДНК способна проводить электрический ток и оставаясь в кристаллическом состоянии. Учёные изготовили специальную установку из двух миниатюрных сверхпроводящих электродов, выполненных из рения и углерода, отстоящих друг от друга на расстояние в 0,5 нанометра и соединённых между собой молекулой ДНК. Пропустив по образовавшейся цепи ток, они смогли измерить электрическое сопротивление, которое составило менее 100 кОм на молекулу. Интересно, что физический механизм, ответственный за перенос зарядов, не ясен до сих пор. Но самое интересное, что проводимость ДНК слабо зависит от температуры: вплоть до 1 Кельвина она остаётся почти неизменной, а ещё ниже, по всей вероятности, ДНК обретает свойства сверхпроводника.
Сверхпроводимость днк
Сегодня физики утверждают, что никакой собственной электропроводности, а тем более сверхпроводимости у ДНК нет - все наблюдаемые на молекуле наследственности электрические эффекты обусловлены связанными с ней молекулами воды.
Со сверхпроводимостью ДНК, демонстрируемой в разных лабораториях мира, связывались многие надежды - от использования этой молекулы в нанотехнологиях до создания ДНК-ового компьютера. Публикация в последнем выпуске специального издания Physical Review Letters по выражению издания New Scientist, "забила в гроб этих представлений последний гвоздь". Ученые из Калифорнийского Университета в Лос-Анджелесе (University of California, Los Angeles) показали, что проводимость в цепях ДНК напрямую зависит от влажности, под которой подразумевается слой молекул поляризованной воды, покрывающий биологическую молекулу. "ДНК имеет водный слой практически в любых условиях. Мы систематически изменяли число водных слоев и показали, что проводимость происходит от молекул воды, а нет от электронов ДНК" –говорит руководитель исследования Георг Грюнер (George Gruner).
До сих пор ДНК считалась проводником переменного, но не постоянного тока. И калифорнийские ученые указывают на то, что именно этого следовало ожидать в том случае, если электропроводность ДНК обусловлена обволакивающей ее водой. Вода – это полярная молекула, перемещаясь по которой электроны производят переменный ток. Они не могут свободно проходить молекулу за молекулой, создавая сплошной поток, называемый постоянным током. Самым естественным объяснением наблюдаемых на ДНК явлений, по мнению соавтора Грюнера Питера Эрмитажа (Peter Armitage), является то, что ДНК вообще не проводит электричество. В другой работе, выполненной в Принстонском Университете в Нью-Джерси (Princeton University in New Jersey) Фуаном Онгом (Phuan Ong) и опубликованной месяц назад и вовсе утверждается, что ДНК – это изолятор. Онг удалил налипшие на ДНК воду и соль, затем привязал эти "очищенные" молекулярные цепочки к золотым электродам. Биологический полимер, коим является ДНК, перестал проводить электричество. В свете новых данных предполагается, что сверхпроводимость ДНК, о которой, в частности, писал журнал Science в 2001 году, могла быть обусловлена покрывающими ее в эксперименте атомами рения. Кое-кто из физиков говорит, что ДНК может служить полупроводником, если к ней подмешать атомы с избытком электронов. Иными словами, для использования молекулы наследственности не по прямому назначению в перспективе еще не все потеряно.
