- •Оглавление
- •Глава 1. Введение ……………………………………………………………………...
- •Глава 2. Физика макромолекул …………………………………………………………
- •Глава 3. Физика белка …………………………………………………………………...
- •Глава 4. Физика ферментов ……………………………………………………………..
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот ………………………………………………….
- •Глава 6. Регуляция генной активности …………………………………………………
- •Предисловие
- •1.1. Физика и биология
- •Глава 1. Введение.
- •1. На атомно-молекулярном уровне с одной стороны,
- •2. И как целостных систем с другой.
- •1.2. Молекулярная биофизика и её задачи
- •1.3. Методы, используемые в молекулярной биофизике
- •Глава 2. Физика макромолекул.
- •2.1. Элементы стереохимии и поворотно-изомерная теория макромолекул
- •Изотактический полистирол Синдиотактический полистирол
- •Начала термодинамики
- •2.2. Внутреннее вращение и поворотная изомерия
- •2.3. Конформационная теория макромолекул
- •2.4. Поворотно-изомерная теория макромолекул
- •2.5. Объемные взаимодействия и переходы глобула-клубок в полимерных макромолекулах
- •Клубок и глобула
- •Переходы клубок-глобула
- •Замечания к разделу
- •2.6. Упругость полимерной цепи с исключенным объемом
- •2.7. Осмотическое давление полимерного раствора
- •2.8. Статистика линейных полимеров
- •Фракционирование полимеров
- •Глава 3. Физика белка.
- •3.1. Общая характеристика белков
- •3.2. Функции белков
- •3.3. Аминокислоты
- •3.4. Первичная структура
- •3.5. Вторичная структура
- •3.6. Третичная структура
- •3.7. Четвертичная структура
- •3.8. Физико-химические свойства белков
- •3.9. Простые и сложные белки
- •3.10. Химические реакции пептидов
- •3.11. Кислотно-основные свойства белков
- •3.12. Осаждение белков в виде солей
- •3.13. Растворимость белков
- •3.14. Растворы высокомолекулярных соединений
- •3.15. Влияние растворителя на растворимость белка
- •3.16. Влияние температуры на растворимость белка
- •3.17. Осмос и мембранное равновесие белков
- •3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
- •3.19. Диффузия
- •3.20. Характеристическая вязкость
- •3.21. Седиментация
- •3.22. Электрофоретическая подвижность
- •3.23. Конформационные переходы у пептидов
- •3.24. Метод Линдерштрема и Ланга
- •3.25. Метод измерения удельного вращения плоскости поляризации света
- •3.26. Поглощение света
- •3.27. Спектроскопия в инфракрасной области
- •3.28. Дисперсия оптической активности
- •3.29. Переходы “спираль-клубок”
- •3.30. Денатурация глобулярных белков
- •3.31. Метод Тенфорда определения разности свободной энергии денатурированного и нативного белка по денатурации в растворе мочевины
- •3.32. Калориметрические измерения денатурационных изменений в белках
- •Миоглобин
- •Гемоглобин
- •Транспорт газов
- •Гуморальный иммунитет гаммаглобулины
- •Классы иммуноглобулинов
- •Синтез иммуноглобулинов
- •Строение толстых и тонких нитей мышечного волокна
- •Элементарный акт мышечного сокращения
- •Рабочий цикл актомиозинового комплекса
- •Кооперативная и "индивидуальная трудовая деятельность" миозина
- •Глава 4. Физика ферментов.
- •4.1. Общая характеристика действия ферментов (определения)
- •4.2. Химическая кинетика и катализ
- •Катализ
- •4.3. Кинетика простых ферментативных реакций
- •4.4. Химические аспекты действия ферментов
- •4.5. Конформационные свойства ферментов
- •4.6. Физика фермент-субстратного взаимодействия
- •4.7. Электронно-конформационные взаимодействия
- •4.8. Ферментативная активность лизоцима
- •Глава 5. Физика нуклеиновых кислот.
- •5.1. Основная характеристика
- •5.2. Первичная структура
- •5.3. Состав днк
- •5.4. Состав рнк
- •5.5. Вторичная структура нуклеиновых кислот
- •5.6. Природа межнуклеотидных связей
- •5.7. Межнуклеотидная связь в днк
- •5.8. Конформационный анализ днк
- •5.9. Необычные структуры днк
- •5.10. Физические модели днк
- •5.11. Третичная структура днк
- •5.12. Межнуклеотидная связь в рнк
- •5.13. Макромолекулярная структура тРнк
- •5.14. Физико-химические свойства днк
- •Вязкость
- •Оптические свойства
- •5.15. Денатурация и ренатурация
- •5.16. Кинетика расплетания двойной спирали
- •5.17. Термодинамика плавления двойной спирали (переходов спираль - клубок)
- •5.18. Процессинг днк и рнк
- •5.19. Репликация
- •5.20. Транскрипция
- •5.21. Синтез белка
- •Глава 6. Регуляция генной активности.
- •6.1. Генетический код
- •6.2. Транспортные рнк и супрессия
- •6.3. Регуляция активности генов
- •Приложение жидкокристаллические формы нуклеиновых кислот
- •Конденсированное состояние высокомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние низкомолекулярных двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллические дисперсии двухцепочечных днк
- •Жидкокристаллическое состояние днк в биологических системах
- •Практическое применение частиц жидкокристаллических дисперсий днк
- •Первые молекулярные моторы на основе днк
- •Новый метод хранения днк
- •Первый самособираемый нанотранзистор на днк основе
- •Жидкая форма днк
- •Сверхпроводимость днк
- •Рекомендуемая литература
3.18.Термодинамическое сродство полимера и растворителя
Мерой термодинамического сродства полимера к растворителю является разность химического потенциала растворителя в растворе (μ1) и химического потенциала чистого растворителя (μ10):
Δμ = μ1 – μ10
При самопроизвольном процессе растворения Δμ < 0. Чем больше |Δμ|, тем выше сродство. Растворитель с большим сродством к полимеру – хороший, с малым – плохой. Термодинамическое сродство оценивают, измеряя осмотическое давление разбавленных растворов:
Δμ = -πVp,
где Vp – парциальный молярный объем растворителя. Термодинамическое сродство компонентов в растворе зависит от парциального изменения энтальпии и энтропии смешения (ΔНс, ΔSc):
ΔНс – определяет энергетические изменения при растворении;
ΔSc – определяет изменения во взаимном расположении молекул и изменении конформации макромолекул;
Δμ =ΔНс - ТΔSc
Самопроизвольное растворение, сопровождающееся уменьшением химических потенциалов, может происходить только при:
( ΔНс - ТΔSc ) < 0.
Для гибких цепей ΔНс≈ 0, а ΔSc ≥.0. Это означает, что их растворимость − это следствие резкого возрастания энтропии системы. Растворение полимера с жесткими цепями сопровождается выделением тепла и ΔНс< 0, ΔSc ≤ 0, следовательно изменение энтропии системы падает. Это показывает, что способность полимера растворяться зависит:
от соотношения полярности полимера и растворителя;
от фазового состояния полимера;
от гибкости макромолекулы;
от плотности их упаковки.
Сильно полярные полимеры с жесткими цепями с неполярными жидкостями вообще не взаимодействуют. Они набухают в полярных растворителях и растворяются только в очень активных растворителях. Аморфные полимеры растворяются гораздо легче кристаллических. Неполярные полимеры с гибкими молекулами неограниченно растворяются в неполярных растворителях. Плотная упаковка макромолекул с сильными межмолекулярным взаимодействием ухудшает их растворимость.
3.19. Диффузия
В растворе в состоянии равновесия суммарное перемещение молекул растворенного вещества за некоторый промежуток времени равно нулю. Если в растворе создать градиент концентрации, то молекулы белка из области с высокой концентрацией будут перемещаться в область с низкой до тех пор, пока не установится равновесие.
Суммарное перемещение молекул растворенного вещества под влиянием градиента концентрации называется диффузией. Диффузия является следствием 2-го начала термодинамики. Следовательно, все процессы протекают в сторону возрастания энтропии, т.е. к уменьшению упорядоченности системы.
Скорость диффузии:
= -AD
(закон Фика) определяется некоторым
количеством растворенного вещества
(
),
диффундирующего
через перпендикулярно направленную
площадку А и пропорциональна изменению
концентрации. Коэффициент
диффузии (D)
– это количество растворенного вещества,
диффундирующее за 1с через поверхность
площадью 1см2
при градиенте концентрации, равном
единице (минус т.к. диффузия идет против
градиента концентрации). Коэффициент
диффузии зависит от размера и формы
молекулы, а также от сопротивления,
обусловленного внутренним трением
(вязкостью молекул). Для сферических
молекул, которые по размеру >> молекул
воды коэффициент диффузии
D
~
;
D
~
.
В принципе величина коэффициента диффузии уменьшается при увеличении молекулярной массы растворенного вещества, однако, в случае очень больших молекул зависимость коэффициента диффузии от молекулярной массы выражается слабо. Это объясняется тем, что процессу диффузии противодействует сопротивление, обусловленное внутренним трением между молекулами белка и растворителя, следовательно, коэффициент диффузии не может служить мерой молекулярной массы белка.
